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Yorodumi- PDB-9c5m: Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9c5m | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in complex with NADH and malonate (P1 space group) | ||||||
Components | Hydroxybutyrate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / NADH / malonate / beta-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase | ||||||
| Function / homology | Function and homology information3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Hashimoto, H. / Debler, E.W. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Trypanosoma cruzi D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (HBDH) is NADP-dependent enzyme. Authors: Hashimoto, H. / Debler, E.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9c5m.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9c5m.ent.gz | 1000.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9c5m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9c5m_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9c5m_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 9c5m_validation.xml.gz | 116.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 9c5m_validation.cif.gz | 155.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5m | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9c5hC ![]() 9c5iC ![]() 9c5jC ![]() 9c5kC ![]() 9c5lC ![]() 9c5nC ![]() 9c5oC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28578.861 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: R19T, K20S, C64Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: genomic DNA / Source: (gene. exp.) ![]() Details (production host): His-3C-TcHBDH R19T/K20S/C64Y mutant Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-MLI / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-NAI / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M Sodium Tartrate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033167 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2023 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.69→40.16 Å / Num. obs: 237502 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.69→1.73 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.115 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 17320 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.69→40.16 Å / SU ML: 0.1719 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 18.9887 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 24.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→40.16 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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