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- PDB-9c5j: Trypanosoma cruzi beta-3-HBDH APO structure (P43212 space group) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c5j
タイトルTrypanosoma cruzi beta-3-HBDH APO structure (P43212 space group)
要素Hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / NADPH / malonate / beta-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / : / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Debler, E.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI165840 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (HBDH) is NADP-dependent enzyme.
著者: Hashimoto, H. / Debler, E.W.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxybutyrate dehydrogenase
B: Hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2342
ポリマ－57,2342
非ポリマー00
水79344
1
A: Hydroxybutyrate dehydrogenase
B: Hydroxybutyrate dehydrogenase

A: Hydroxybutyrate dehydrogenase
B: Hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4684
ポリマ－114,4684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.930, 71.930, 229.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量: 28617.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: Sylvio X10/1 / 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED624 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→46.51 Å / Num. obs: 18576 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 67.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1339 / CC1/2: 0.823 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→46.51 Å / SU ML: 0.405 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.6634
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 881 5.01 %Random
Rwork0.2359 16719 --
obs0.237 17600 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 0 46 3672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49384997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.78351306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.860.40341430.31152702X-RAY DIFFRACTION99.75
2.86-3.080.38651430.32252719X-RAY DIFFRACTION99.83
3.08-3.390.28271440.27422733X-RAY DIFFRACTION99.83
3.39-3.880.27651450.24222762X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.890.21781490.20712810X-RAY DIFFRACTION100
4.89-46.510.22861570.21622993X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.603296063512.02063359965-2.774584268039.67692574622-0.3428629049236.55927379321-0.1352486491111.787685193250.0727439893202-0.5426549991820.2008503607680.5182928619590.254113556703-0.965392932904-0.1344752271520.7439930686570.0298022566178-0.05300631591630.973848587732-0.1999415657420.527860925662-6.94188897549-28.5296034589-21.0338683904
23.55963496232-0.631689947906-2.197522629513.103373013121.740178857624.18594016401-0.1412847664350.729760982457-0.726660435986-0.167338076995-0.05673763469080.1831893369490.716824946968-0.5424022743770.2539841270631.04206903255-0.0981684146833-0.04035935034151.11651384171-0.2729093762940.833437321511-11.7137691467-35.1298028015-18.4738398953
32.628660173260.08171603957410.2154079861963.43083097966-0.4127259782443.790343064460.03209605323110.665441860964-0.0188938391284-0.153729542250.138794797318-0.1253081133730.144074914914-0.115947949153-0.1705486775930.448930998383-0.01905712593-0.04044749802270.677819020047-0.02954256329720.3350539823-12.1895003867-17.0267475045-11.2615267563
40.79641972044-0.189578514547-0.1005411180493.31854314495-1.767291915950.9902200028510.2615730702210.149146962731-0.843222425956-0.2451219019470.246178959993-0.6083828475890.3464320931370.675135158284-0.2237460729430.71752699178-0.002217760879660.08600079745951.46697323959-0.1268169765361.0351312579518.4109660545-9.8988710826-17.6522137947
51.85690159723.674665390073.478691410467.391258417066.702719710737.28197518607-0.03195721556920.514750462239-0.3561351181110.1568987150961.62223189693-1.423876857760.5529292839323.71533153963-1.711484058850.939212722397-0.02410040716860.02807147371882.16979224668-0.2889718701171.5282684278826.283072272-7.0505948108-14.783626846
61.472616511540.6838046427460.1040226572360.822360468683-0.3994575020910.406454581431-0.421411702770.2991711158680.704018864536-0.3533861299370.1534105685450.112104586192-0.2159040544730.191479572008-0.05649714329331.13141793067-0.7234028976680.4350074925821.94879160844-0.591626935672.2997957796721.84538847516.6270802059-19.3365349537
72.932475546520.23754816962-1.370973170832.420474508740.3378402615290.826629932920.1423901141360.1712079843480.5265965786940.03300869103480.356669581894-0.673727624484-0.8707747179961.31459987099-0.517268365250.622093436689-0.2379540198230.1197172826050.88726969486-0.09551618894680.8201140957599.646897839541.30062077036-6.82676891526
85.001616568385.36615992539-1.364993220429.36857958248-1.660589985832.767697647940.914719467983-2.35937179399-1.460024609942.56548777527-0.828661893986-2.674420239730.3265679398931.31955539911-0.02530476719831.230600765010.00415707830142-0.4579441895361.61160871733-0.1491022758821.6567482112311.3855872666-18.08818242796.2691824333
93.40250866812-0.296192839229-2.577483572614.007441745541.047759436562.76128724846-0.3429673216490.449945316669-0.1292636278260.03621479257210.598666434868-0.7395209812410.7193931921231.07522845246-0.3870751468370.565860247212-0.0808309448446-0.006057533963281.00133672891-0.2013059098130.88400660328110.9146996964-14.3676533188-12.6097054159
104.32162877559-1.72361190755-1.582222681723.691392299370.5383451509371.22204296168-0.03427111803780.5780210445180.162027844042-0.2205351134360.278683704953-0.465421303518-0.677488893707-0.054258789307-0.1682110023690.565699769062-0.0715140078824-0.09112021163730.753303325511-0.09052311903160.613450362841.95854603239-11.0330577664-9.05741590777
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 47 )AA5 - 471 - 43
22chain 'A' and (resid 48 through 85 )AA48 - 8544 - 81
33chain 'A' and (resid 86 through 266 )AA86 - 26682 - 262
44chain 'B' and (resid 5 through 46 )BB5 - 461 - 35
55chain 'B' and (resid 47 through 71 )BB47 - 7136 - 60
66chain 'B' and (resid 72 through 85 )BB72 - 8561 - 74
77chain 'B' and (resid 86 through 190 )BB86 - 19075 - 179
88chain 'B' and (resid 191 through 233 )BB191 - 233180 - 198
99chain 'B' and (resid 234 through 245 )BB234 - 245199 - 210
1010chain 'B' and (resid 246 through 266 )BB246 - 266211 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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