PDB-9c5h: Trypanosoma cruzi beta-3-HBDH structure in complex with NADPH and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c5h

タイトル

Trypanosoma cruzi beta-3-HBDH structure in complex with NADPH and malonate

要素

Hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / NADPH / malonate / beta-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Hashimoto, H. / Debler, E.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (HBDH) is NADP-dependent enzyme.
著者: Hashimoto, H. / Debler, E.W.

履歴

登録	2024年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c5h.cif.gz	660.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c5h.ent.gz	503 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c5h_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c5h_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9c5h_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	9c5h_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9c5iC 9c5jC 9c5kC 9c5lC 9c5mC 9c5nC 9c5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.575, 81.525, 121.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.400, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-420- HOH
2	1	D-541- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 28617.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 株: Sylvio X10/1 / 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED624 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1

#1: タンパク質

Hydroxybutyrate dehydrogenase

分子量: 28617.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA
由来: (組換発現)

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: Sylvio X10/1 / 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED624 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1

-
非ポリマー , 5種, 871分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, 2% Tacsimate, pH 5.0, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→29.66 Å / Num. obs: 149409 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.87 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 1.329 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 14345 / CC_1/2: 0.64 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→29.66 Å / SU ML: 0.1964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1658	1990	1.34 %	random
R_work	0.1446	147036	-	-
obs	0.1449	149026	98.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7759	0	267	853	8879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	8196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0189	11132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	1302
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4351	2933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.63	0.3377	130	0.3216	9657	X-RAY DIFFRACTION	91.3
1.63-1.67	0.2951	139	0.2734	10272	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.67-1.72	0.2739	140	0.2362	10440	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.72-1.78	0.2329	142	0.2023	10449	X-RAY DIFFRACTION	98.39
1.78-1.84	0.2062	142	0.1864	10468	X-RAY DIFFRACTION	98.89
1.84-1.91	0.2127	141	0.1864	10519	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.91-2	0.2173	142	0.156	10502	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2-2.11	0.1495	144	0.1478	10575	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.11-2.24	0.189	143	0.1379	10625	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.24-2.41	0.155	144	0.1345	10614	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.41-2.65	0.1841	145	0.1331	10652	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.65-3.04	0.1846	146	0.1379	10721	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.04-3.82	0.1518	145	0.1326	10692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-29.66	0.1196	147	0.1259	10850	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.76315658645	-1.23940019483	0.483164042926	3.26808254417	-0.390099112249	2.63662907925	0.00784249024361	0.294700053627	0.075445572949	-0.162144136561	0.0282932564721	0.0895927350906	-0.271154600892	0.0218852161739	-0.0694888527992	0.395926336464	-0.0870586527261	-0.00695195823445	0.279795988857	0.0305507210349	0.171635548784	-33.0220133332	16.7774721096	11.1712966997
2	6.89411148281	-3.05653514131	1.89924474921	2.25137313341	-1.12767568932	2.16900724362	0.0450959918685	0.336144458984	-0.118816839194	-0.250239653646	-0.0503474023884	0.00446123151164	-0.233173313836	0.0103891656884	-0.00528905967747	0.503358490065	-0.126802983737	0.00875918824158	0.351387974393	0.0604596930425	0.247000933985	-30.3634387279	20.5405630559	7.84814149672
3	7.31184177905	-4.93507243131	-1.38425031784	7.32064998553	1.19658230748	1.73012029209	-0.241830533441	0.319895296275	0.70377391277	0.370212441558	0.0531123630887	-0.601588004861	-0.776003866291	0.353349860786	-0.0149882993212	0.62614056436	-0.218543505959	-0.0448941645647	0.383858009396	0.072607978594	0.338130729967	-21.957140459	25.5991596047	16.8982996621
4	2.68249988091	-2.59846960618	-0.675340456597	3.88410190794	0.598745402716	1.39121186281	-0.0262467337875	0.17331390478	0.0251610247278	-0.193292857778	-0.0202977597796	-0.243886108779	-0.202569987899	0.283114217878	0.158173224624	0.369891121955	-0.126396723684	0.0449624112002	0.393602402962	0.00567925597796	0.254892833339	-20.1577981547	6.40701048349	14.8569498788
5	1.94806595082	-1.1487958012	-0.688813290732	2.53562272885	0.784486429263	2.49838029834	0.0609119840142	0.252015587912	0.171358469368	-0.225041803253	-0.0951281468965	-0.332259158725	-0.532969792532	0.283907104051	-0.0402164485426	0.442647171911	-0.173804177704	0.00291697674421	0.350399994171	0.0349658619487	0.288142117075	-18.7134376367	13.3642475514	22.0991311743
6	0.800213645911	-0.294916435388	-0.026828262081	1.23165866093	-0.0933709813037	1.54000678928	-0.0383577199983	0.149769888686	-0.0312838708381	-0.116619812737	0.0366086676279	-0.0767035465075	-0.200544865341	0.168727939648	0.0232715146264	0.297143470688	-0.104652233821	0.0157649889876	0.266200460979	-0.014042542077	0.207758022079	-26.4154427716	4.32988338591	22.9125568899
7	7.10417227836	-5.10104238018	-5.4627965059	6.46177524185	5.61070813966	5.70924388485	0.225680348849	0.235035166315	0.0483314317171	-0.942477409836	0.229152248152	-0.340478908173	-0.541977121381	0.733713043313	-0.430877868631	0.536777791825	-0.106493115173	0.042601072862	0.526647383746	-0.06938320937	0.23337039385	-22.9655904315	-5.22774615938	0.909379672403
8	4.0815042872	-0.473552081433	-5.4338107934	6.28667491052	-2.87283089998	9.41355540326	0.0620002648524	0.0685633225616	-0.32717229889	-0.242336766092	-0.380474585002	0.221622593353	0.0557495751865	-0.593630300288	0.307466884774	0.460111938757	-0.0038069993417	-0.0259929867644	0.459015258472	-0.13089028619	0.276212084354	-28.7652365867	-11.9556925276	0.744715449099
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31	1.87014427031	-0.244313637385	0.06765532265	1.45133098274	0.293475648184	2.43416417275	-0.0819060699465	0.0607310353627	-0.208481247319	0.0820943961864	0.0600202826408	-0.209276408147	-0.0373128040772	0.270898611024	0.008105670481	0.217574711275	-0.0631147482445	-0.00660865541266	0.290428327746	-0.0234736156496	0.322866317481	-15.8450250434	-11.8017666756	39.5517072145

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 47 )	A	A	5 - 47	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 48 through 71 )	A	A	48 - 71	44 - 67
3	3	chain 'A' and (resid 72 through 85 )	A	A	72 - 85	68 - 81
4	4	chain 'A' and (resid 86 through 108 )	A	A	86 - 108	82 - 104
5	5	chain 'A' and (resid 109 through 137 )	A	A	109 - 137	105 - 133
6	6	chain 'A' and (resid 138 through 195 )	A	A	138 - 195	134 - 191
7	7	chain 'A' and (resid 196 through 209 )	A	A	196 - 209	192 - 205
8	8	chain 'A' and (resid 210 through 223 )	A	A	210 - 223	206 - 219
9	9	chain 'A' and (resid 224 through 266 )	A	A	224 - 266	220 - 262
10	10	chain 'B' and (resid 5 through 47 )	B	B	5 - 47	1 - 43
11	11	chain 'B' and (resid 48 through 71 )	B	B	48 - 71	44 - 67
12	12	chain 'B' and (resid 72 through 85 )	B	B	72 - 85	68 - 81
13	13	chain 'B' and (resid 86 through 108 )	B	B	86 - 108	82 - 104
14	14	chain 'B' and (resid 109 through 195 )	B	B	109 - 195	105 - 191
15	15	chain 'B' and (resid 196 through 209 )	B	B	196 - 209	192 - 205
16	16	chain 'B' and (resid 210 through 223 )	B	B	210 - 223	206 - 219
17	17	chain 'B' and (resid 224 through 266 )	B	B	224 - 266	220 - 262
18	18	chain 'C' and (resid 5 through 47 )	C	H	5 - 47	1 - 43
19	19	chain 'C' and (resid 48 through 71 )	C	H	48 - 71	44 - 67
20	20	chain 'C' and (resid 72 through 85 )	C	H	72 - 85	68 - 81
21	21	chain 'C' and (resid 86 through 195 )	C	H	86 - 195	82 - 191
22	22	chain 'C' and (resid 196 through 209 )	C	H	196 - 209	192 - 205
23	23	chain 'C' and (resid 210 through 223 )	C	H	210 - 223	206 - 219
24	24	chain 'C' and (resid 224 through 266 )	C	H	224 - 266	220 - 262
25	25	chain 'D' and (resid 6 through 47 )	D	M	6 - 47	1 - 42
26	26	chain 'D' and (resid 48 through 71 )	D	M	48 - 71	43 - 66
27	27	chain 'D' and (resid 72 through 85 )	D	M	72 - 85	67 - 80
28	28	chain 'D' and (resid 86 through 195 )	D	M	86 - 195	81 - 190
29	29	chain 'D' and (resid 196 through 209 )	D	M	196 - 209	191 - 204
30	30	chain 'D' and (resid 210 through 223 )	D	M	210 - 223	205 - 218
31	31	chain 'D' and (resid 224 through 266 )	D	M	224 - 266	219 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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