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万見
- PDB-9c4h: Double helical structure of influenza D RNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c4h
タイトルDouble helical structure of influenza D RNP complex
要素
  • Nucleoprotein
  • viral RNA
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN/RNA / Influenza / Ribonucleoprotein complex / nucleoprotein / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Peng, R. / Chang, Y.-W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of influenza ribonucleoprotein complex assembly and processive RNA synthesis.
著者: Ruchao Peng / Xin Xu / Binod Nepal / Yikang Gong / Fenglin Li / Max B Ferretti / Mingyang Zhou / Kristen W Lynch / George M Burslem / Sandhya Kortagere / Ronen Marmorstein / Yi-Wei Chang /
要旨: Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo- ...Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo-electron tomography, we define the influenza RNP as a right-handed, antiparallel double helix with the viral RNA encapsidated in the minor groove. Individual nucleoprotein subunits are connected by a flexible tail loop that inserts into a conserved pocket in its neighbor. We visualize the viral polymerase in RNP at different functional states, revealing how it accesses the RNA template while maintaining the double-helical architecture of RNP by strand sliding. Targeting the tail loop binding interface, we identify lead compounds as potential anti-influenza inhibitors. These findings elucidate the molecular determinants underpinning influenza virus replication and highlight a promising target for antiviral development.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
G: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
X: viral RNA
I: Nucleoprotein
J: Nucleoprotein
K: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein
M: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,246,97717
ポリマ－1,246,97717
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 61329.227 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9LG94
#2: RNA鎖 viral RNA


分子量: 265709.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Influenza D virus RNP complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 61.64 ° / 軸方向距離/サブユニット: 26.87 Å / らせん対称軸の対称性: D1
3次元再構成解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44679 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5N2U

5n2u


Accession code: 5N2U / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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