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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c4c | ||||||
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タイトル | The structure of two MntR dimers bound to the native mnep promoter sequence | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Manganese / metal ion homeostasis / transcription regulation / transcription activation / cooperative binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, H. / Fu, Y. / Glasfeld, A. / Ahuja, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of two MntR dimers bound to the native mnep promoter sequence. 著者: Shi, H. / Fu, Y. / Glasfeld, A. / Ahuja, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c4c.cif.gz | 281.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c4c.ent.gz | 226.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 45181 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 11936.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 11748.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 16787.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mntR, yqhN, BSU24520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54512 #4: 化合物 | ChemComp-MN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194072 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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