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- EMDB-45181: The structure of two MntR dimers bound to the native mnep promote... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45181
タイトルThe structure of two MntR dimers bound to the native mnep promoter sequence.
マップデータSharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence.
試料
  • 複合体: MntR bound to mnep promoter sequence
    • 複合体: MntR
      • タンパク質・ペプチド: HTH-type transcriptional regulator MntR
    • 複合体: mnep promoter sequence
      • DNA: DNA (39-MER)
      • DNA: DNA (38-MER)
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードManganese / metal ion homeostasis / transcription regulation / transcription activation / cooperative binding / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular manganese ion homeostasis / manganese ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcription regulator MntR / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element ...HTH-type transcription regulator MntR / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator MntR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Shi H / Fu Y / Glasfeld A / Ahuja S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for transcription activation through cooperative recruitment of MntR.
著者: Haoyuan Shi / Yu Fu / Vilmante Kodyte / Amelie Andreas / Ankita J Sachla / Keikilani Miller / Ritu Shrestha / John D Helmann / Arthur Glasfeld / Shivani Ahuja /
要旨: Bacillus subtilis MntR is a dual regulatory protein that responds to heightened Mn availability in the cell by both repressing the expression of uptake transporters and activating the expression of ...Bacillus subtilis MntR is a dual regulatory protein that responds to heightened Mn availability in the cell by both repressing the expression of uptake transporters and activating the expression of efflux proteins. Recent work indicates that, in its role as an activator, MntR binds several sites upstream of the genes encoding Mn exporters, leading to a cooperative response to manganese. Here, we use cryo-EM to explore the molecular basis of gene activation by MntR and report a structure of four MntR dimers bound to four 18-base pair sites across an 84-base pair regulatory region of the mneP promoter. Our structures, along with solution studies including mass photometry and in vivo transcription assays, reveal that MntR dimers employ polar and non-polar contacts to bind cooperatively to an array of low-affinity DNA-binding sites. These results reveal the molecular basis for cooperativity in the activation of manganese efflux.
履歴
登録2024年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45181.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 255.601 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 255.601 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 255.601 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.2651898 - 1.9341338
平均 (標準偏差)0.00041640672 (±0.023269236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 255.60065 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45181_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound...

ファイルemd_45181_additional_1.map
注釈Unsharpened cryo-EM map of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A used for reconstruction of 2 MntR...

ファイルemd_45181_half_map_1.map
注釈Half-map A used for reconstruction of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B used for reconstruction of 2 MntR...

ファイルemd_45181_half_map_2.map
注釈Half-map B used for reconstruction of 2 MntR dimers bound to the native mnep sequence.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MntR bound to mnep promoter sequence

全体名称: MntR bound to mnep promoter sequence
要素
  • 複合体: MntR bound to mnep promoter sequence
    • 複合体: MntR
      • タンパク質・ペプチド: HTH-type transcriptional regulator MntR
    • 複合体: mnep promoter sequence
      • DNA: DNA (39-MER)
      • DNA: DNA (38-MER)
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: MntR bound to mnep promoter sequence

超分子名称: MntR bound to mnep promoter sequence / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: MntR

超分子名称: MntR / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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超分子 #3: mnep promoter sequence

超分子名称: mnep promoter sequence / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: DNA (39-MER)

分子名称: DNA (39-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 11.936714 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)

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分子 #2: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 11.748625 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #3: HTH-type transcriptional regulator MntR

分子名称: HTH-type transcriptional regulator MntR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 16.787133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTTPSMEDYI EQIYMLIEEK GYARVSDIAE ALAVHPSSVT KMVQKLDKDE YLIYEKYRGL VLTSKGKKIG KRLVYRHELL EQFLRIIGV DEEKIYNDVE GIEHHLSWNS IDRIGDLVQY FEEDDARKKD LKSIQKKTEH HNQ

UniProtKB: HTH-type transcriptional regulator MntR

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分子 #4: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1on1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194072
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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