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万見
- PDB-9c39: Bacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c39
タイトルBacteriophage Sf14 neck C6 reconstruction
要素
  • (Phage protein) x 2
  • Head-closure protein
  • Portal protein
  • Putative structural protein
  • gp119
  • gp127
  • gp40
キーワードVIRUS / Sf14
機能・相同性
機能・相同性情報


Structural protein ORF10, bacteriophage KPP10 / Protein of unknown function DUF3383 / Bacteriophage KPP10, Structural protein ORF10 / Protein of unknown function (DUF3383)
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage protein / Uncharacterized protein / Head-closure protein / Phage protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative portal protein / Putative structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella phage Sf14 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Subramanian, S. / Kerns, H.R. / Braverman, S.G. / Doore, S.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI170608 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116789 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Shigella flexneri bacteriophage Sf14 - empty capsid
著者: Subramanian, S. / Kerns, H.R. / Braverman, S.G. / Doore, S.M.
履歴
登録2024年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Portal protein
B: Portal protein
C: Phage protein
D: Phage protein
E: Head-closure protein
F: gp119
G: gp40
H: Putative structural protein
I: gp127
J: gp127
K: Phage protein
L: Phage protein
M: Phage protein
N: Phage protein
O: Phage protein
P: Phage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,09716
ポリマ－354,09716
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質 Portal protein


分子量: 55291.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp29
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VKD2
#2: タンパク質 Phage protein


分子量: 17058.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp35
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK88
#3: タンパク質 Head-closure protein


分子量: 15467.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp37
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK93
#4: タンパク質 gp119


分子量: 22314.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp38
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK98
#5: タンパク質 gp40


分子量: 16204.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp40
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK99
#6: タンパク質 Putative structural protein


分子量: 48834.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp39
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VKE4
#7: タンパク質 gp127


分子量: 18445.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp30
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK89
#8: タンパク質
Phage protein


分子量: 11613.982 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf14 (ファージ) / 遺伝子: Sf14_gp31
発現宿主: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
参照: UniProt: A0A2K9VK97

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Shigella phage Sf14 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Shigella phage Sf14 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Shigella flexneri Y
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37006 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00322812
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67531035
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2253138
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443611
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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