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- PDB-9c1d: Mycobaterium tuberculosis Pks13 acyltransferase incubated with DMSO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c1d
タイトルMycobaterium tuberculosis Pks13 acyltransferase incubated with DMSO
要素Polyketide synthase Pks13
キーワードANTIBIOTIC / inhibitor / covalent / SuFEx / acyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-040487 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobaterium tuberculosis Pks13 acyltransferase incubated with DMSO
著者: Tang, S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13
B: Polyketide synthase Pks13
C: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,13760
ポリマ－159,2243
非ポリマー4,91357
水9,386521
1
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,86933
ポリマ－53,0751
非ポリマー2,79432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
B: Polyketide synthase Pks13
C: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,26827
ポリマ－106,1502
非ポリマー2,11925
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.183, 106.183, 259.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1104-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 53074.770 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 10種, 578分子

#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.8 M (NH)4SO4, 4%-6% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 93969 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 1139148
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.0911.40.99146580.8630.9630.2951.0350.734100
2.09-2.1211.90.79546130.9220.980.2330.8290.746100
2.12-2.1612.10.73946110.9460.9860.2170.7710.746100
2.16-2.2112.20.62446310.950.9870.1830.6510.739100
2.21-2.26120.51446290.9640.9910.1530.5360.771100
2.26-2.31110.46646380.9610.990.1450.4880.776100
2.31-2.3712.20.39846050.9770.9940.1170.4150.787100
2.37-2.4312.60.34846540.980.9950.10.3630.802100
2.43-2.512.50.29546670.9850.9960.0850.3070.826100
2.5-2.5812.30.24546450.9880.9970.0710.2550.848100
2.58-2.6812.10.21446470.9910.9980.0630.2230.872100
2.68-2.7811.60.17946760.9920.9980.0540.1870.92399.9
2.78-2.9111.70.14146690.9950.9990.0420.1470.986100
2.91-3.0612.50.11247040.9970.9990.0320.1171.046100
3.06-3.2512.50.0947050.9980.9990.0260.0941.125100
3.25-3.5112.40.07347130.99810.0220.0771.243100
3.51-3.8611.80.06247480.99810.0190.0641.34100
3.86-4.4213.10.05348010.99810.0150.0551.347100
4.42-5.5612.20.04948320.99910.0150.0521.22799.9
5.56-5012.40.04451230.99910.0130.0461.15999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→49.14 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 2757 2.96 %
Rwork0.1914 --
obs0.1923 93267 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7170 0 291 521 7982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0452756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.34621360.29454381X-RAY DIFFRACTION97
2.08-2.120.29851320.25784393X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.160.26731330.23814420X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.210.23721370.22964430X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.260.24491350.21284449X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.310.22821340.21364469X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.370.22011370.21324427X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.430.22841320.21244485X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.50.2551410.2174495X-RAY DIFFRACTION99
2.5-2.580.24741380.21744480X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.670.24881330.21044491X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.780.2481330.20394539X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.910.22981440.20584506X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.060.2591380.21194555X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.250.25261380.20894561X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.50.24671460.19684559X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.860.22261350.18284609X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.410.19061390.1524655X-RAY DIFFRACTION100
4.41-5.560.16941450.15974679X-RAY DIFFRACTION100
5.56-49.140.18571510.17384927X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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