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万見
- PDB-9c1c: Mycobacterium tuberculosis PKS13 acyltransferase serine converted... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c1c
タイトルMycobacterium tuberculosis PKS13 acyltransferase serine converted to beta-lactam form by CEC215 via SuFEx reaction
要素(Polyketide synthase ...) x 2
キーワードANTIBIOTIC / inhibitor / SuFEx / acyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. ...: / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-040487 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis PKS13 acyltransferase serine converted to beta-lactam form by CEC215 via SuFEx reaction
著者: Tang, S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase Pks13
B: Polyketide synthase Pks13
D: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,96052
ポリマ－159,2053
非ポリマー3,75449
水5,693316
1
A: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,40031
ポリマ－53,0561
非ポリマー2,34530
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
2
B: Polyketide synthase Pks13
D: Polyketide synthase Pks13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,55921
ポリマ－106,1502
非ポリマー1,41019
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.524, 106.524, 258.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1106-

SO4

-
要素

-
Polyketide synthase ... , 2種, 3分子 ABD

#1: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 53055.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質 Polyketide synthase Pks13


分子量: 53074.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pks13, Rv3800c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 8種, 365分子

#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細The authors state that the recombinant protein contains His-TEV cleavable tag. Residues SNA at the ...The authors state that the recombinant protein contains His-TEV cleavable tag. Residues SNA at the N-terminus was from the pMCSG7 vector backbone after TEV cleavage. Residue serine 229 (801 in the original protein numbering) was converted to beta-lactam through reacting with small molecule inhibitor CEC215.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.8 M (NH)4SO4, 4%-6% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 83855 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.509 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 803445
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.12-2.162.11.78926050.2440.6261.222.1830.4256.4
2.16-2.212.72.06734210.1850.5581.2192.4210.41773.9
2.21-2.263.81.95440070.2550.6380.9262.1780.45986.2
2.26-2.315.51.87643430.4660.7970.7342.0240.43893.6
2.31-2.377.11.71144940.5450.840.6061.8220.43196.8
2.37-2.439.41.50546280.6760.8980.4681.580.42898.9
2.43-2.510.51.22645870.7810.9360.3731.2830.43699.5
2.5-2.5811.40.97246540.8410.9560.2851.0150.44199.7
2.58-2.6811.60.7846720.9030.9740.2280.8140.44599.7
2.68-2.7811.40.58646730.9390.9840.1730.6120.45299.9
2.78-2.9111.10.4146860.9610.990.1240.4290.45799.9
2.91-3.0611.50.29546870.9810.9950.0880.3080.483100
3.06-3.2511.80.247290.990.9980.0590.2090.509100
3.25-3.5112.10.13447280.9950.9990.0390.140.541100
3.51-3.8611.90.09647500.9970.9990.0290.10.598100
3.86-4.4212.40.06648020.99810.0190.0690.624100
4.42-5.5612.60.05748420.99910.0160.0590.638100
5.56-5012.20.04151430.99910.0120.0420.587100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.711 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23516 2770 3.8 %RANDOM
Rwork0.19055 ---
obs0.19219 70609 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å20 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----2.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.22→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7159 0 194 316 7669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0127456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.81810123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5641.73416046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.681549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.892101144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8374.7343779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8354.7343779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5858.4914717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5868.4934718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1675.323677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other55.2773582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3959.4435261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.89146.18128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.88745.768084
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 181 -
Rwork0.352 4623 -
obs--89.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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