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万見
- PDB-9c0c: E.coli GroEL apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c0c
タイトルE.coli GroEL apoenzyme
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / GroEL
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Watson, E.R. / Lander, G.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095892 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120350 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)S10OD021634 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Bis-sulfonamido-2-phenylbenzoxazoles Validate the GroES/EL Chaperone System as a Viable Antibiotic Target.
著者: Jack Godek / Jared Sivinski / Edmond R Watson / Felicidad Lebario / Wenli Xu / Mckayla Stevens / Christopher J Zerio / Andrew J Ambrose / Xiaoyi Zhu / Carlee A Trindl / Donna D Zhang / Steven ...著者: Jack Godek / Jared Sivinski / Edmond R Watson / Felicidad Lebario / Wenli Xu / Mckayla Stevens / Christopher J Zerio / Andrew J Ambrose / Xiaoyi Zhu / Carlee A Trindl / Donna D Zhang / Steven M Johnson / Gabriel C Lander / Eli Chapman /
要旨: We recently reported on small-molecule inhibitors of the GroES/GroEL chaperone system as potential antibiotics against and the ESKAPE pathogens but were unable to establish GroES/GroEL as the ...We recently reported on small-molecule inhibitors of the GroES/GroEL chaperone system as potential antibiotics against and the ESKAPE pathogens but were unable to establish GroES/GroEL as the cellular target, leading to cell death. In this study, using two of our most potent -sulfonamido-2-phenylbenzoxazoles (PBZs), we established the binding site of the PBZ molecules using cryo-EM and found that GroEL was the cellular target responsible for the mode of action. Cryo-EM revealed that PBZ1587 binds at the GroEL ring-ring interface (RRI). A cellular reporter assay confirmed that PBZ1587 engaged GroEL in cells, but cellular rescue experiments showed potential off-target effects. This prompted us to explore a closely related analogue, PBZ1038, which is also bound to the RRI. Biochemical characterization showed potent inhibition of Gram-negative chaperonins but much lower potency of chaperonin from a Gram-positive organism, . A cellular reporter assay showed that PBZ1038 also engaged GroEL in cells and that the cytotoxic phenotype could be rescued by a chromosomal copy of GroEL/GroES or by expressing a recalcitrant RRI mutant. These data argue that PBZ1038's antimicrobial action is exerted through inhibition of GroES/GroEL, validating this chaperone system as an antibiotic target.
履歴
登録2024年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
N: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin
H: 60 kDa chaperonin
C: 60 kDa chaperonin
I: 60 kDa chaperonin
D: 60 kDa chaperonin
J: 60 kDa chaperonin
E: 60 kDa chaperonin
K: 60 kDa chaperonin
F: 60 kDa chaperonin
L: 60 kDa chaperonin
G: 60 kDa chaperonin
M: 60 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)803,48414
ポリマ－803,48414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
60 kDa chaperonin / GroEL protein / Protein Cpn60


分子量: 57391.711 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: groEL, groL, mopA, BN17_41231, BU34_16740, ECs5124, LF82_0923
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q548M1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E.coli GroEL apoenzyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 62.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11457 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00354362
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56673402
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6067728
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048932
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0039618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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