PDB-9c08: Structure of Sialyl transferase from Pasturella Multocida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c08

タイトル

Structure of Sialyl transferase from Pasturella Multocida

要素

CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyl Transferase

機能・相同性

Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase superfamily / Alpha-2,3-sialyltransferase (CST-I) / CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pasteurella (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Subramanian, R. / Dhanabalan, K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ambient Ionization Mass Spectrometry and Cryo-Electron Microscopy for Label-Free Enzyme Characterization
著者: Morato Gutierrez, N.M. / Dhanabalan, K.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年6月11日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c08.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c08.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45076MC 2drj M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

B: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

C: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

D: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase 分子量: 35696.895 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal 32 amino acids deletion / 由来タイプ: 組換発現詳細: The construct used for expression did not contain the C-terminal 32 amino acids. 由来: (組換発現) Pasteurella (バクテリア) / 遺伝子: PM1174 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CLP3
Has protein modification	N

#1: タンパク質

CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

分子量: 35696.895 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal 32 amino acids deletion / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct used for expression did not contain the C-terminal 32 amino acids.
由来: (組換発現)

Pasteurella (バクテリア) / 遺伝子: PM1174 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CLP3

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase. タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: The C-terminal 32 aminoacids that are in the membrane are deleted for recombinant expression. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.128 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Pasteurella (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28
緩衝液	pH: 7.8 詳細: 50 mM HEPES pH 8, 250 mM NaCl, 2% glycerol, and 3 mM DTT
緩衝液成分	濃度: 50 mM / 名称: PBS / 式: PO₄
試料	濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample is monodisperse
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 5000 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 53.5 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.1	粒子像選択
2	EMAN		画像取得
4	cryoSPARC	4.1	CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
11	cryoSPARC		分類
12	cryoSPARC	4.1	３次元再構成
13	PHENIX		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1205487

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265055 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 51.24 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)