PDB-9bz4: Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bz4

タイトル

Crystal structure of the C2 and GAP domains of human p120RasGAP

要素

Ras GTPase-activating protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ras / C2 domain / GAP / RasGAP / RASA1

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of RNA metabolic process / regulation of actin filament polymerization / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of cell adhesion / blood vessel morphogenesis / mitotic cytokinesis / ephrin receptor signaling pathway / negative regulation of cell-matrix adhesion / vasculogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Paul, M.E. / Boggon, T.J.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM138411	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	1R01NS117609	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM102262	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	T32GM007324	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: The C2 domain augments Ras GTPase-activating protein catalytic activity.
著者: Paul, M.E. / Chen, D. / Vish, K.J. / Lartey, N.L. / Hughes, E. / Freeman, Z.T. / Saunders, T.L. / Stiegler, A.L. / King, P.D. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9bz4.ent.gz	605.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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wwPDB /

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類似性 (22)
#196 - 2016年4月
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血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras GTPase-activating protein 1

B: Ras GTPase-activating protein 1

C: Ras GTPase-activating protein 1

D: Ras GTPase-activating protein 1

214 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ras GTPase-activating protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ras GTPase-activating protein 1

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根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.894, 94.036, 96.713
Angle α, β, γ (deg.)	95.81, 111.10, 108.51
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ras GTPase-activating protein 1 / GAP / GTPase-activating protein / RasGAP / Ras p21 protein activator / p120GAP 分子量: 53570.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 581-1047 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASA1, GAP, RASA / プラスミド: pET-32 詳細 (発現宿主): modified to include TEV protease recognition sequence 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P20936
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M Ammonium Phosphate Dibasic 0.1M MOPS pH 7.4 26% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→87.52 Å / Num. obs: 75972 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.308 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.34 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.45→2.57 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.495 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 10823 / CC_1/2: 0.476 / R_pim(I) all: 0.641 / R_rim(I) all: 1.728 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
XDS	20220110	データ削減
PDB_EXTRACT	4.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→87.52 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2836	3884	5.12 %
R_work	0.2281	-	-
obs	0.2309	71908	95.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→87.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14303	0	0	26	14329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.562	19693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.859	9023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.47	0.4303	122	0.3503	2102	X-RAY DIFFRACTION	79
2.47-2.51	0.3602	119	0.328	2444	X-RAY DIFFRACTION	90
2.51-2.54	0.3777	125	0.3219	2472	X-RAY DIFFRACTION	91
2.54-2.57	0.3538	127	0.3015	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
2.57-2.61	0.3256	151	0.2913	2631	X-RAY DIFFRACTION	97
2.61-2.65	0.3567	143	0.2998	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
2.65-2.69	0.3641	164	0.2823	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
2.69-2.74	0.3383	149	0.2737	2579	X-RAY DIFFRACTION	97
2.74-2.78	0.3806	155	0.2763	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.83	0.3144	123	0.2685	2669	X-RAY DIFFRACTION	97
2.83-2.89	0.3191	121	0.2672	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-2.95	0.3232	153	0.2687	2655	X-RAY DIFFRACTION	97
2.95-3.01	0.3328	152	0.2852	2548	X-RAY DIFFRACTION	97
3.01-3.08	0.3134	138	0.2898	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
3.08-3.16	0.3312	153	0.2834	2571	X-RAY DIFFRACTION	97
3.16-3.24	0.3332	127	0.2734	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
3.24-3.34	0.2993	147	0.2517	2567	X-RAY DIFFRACTION	96
3.34-3.45	0.2799	146	0.2266	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
3.45-3.57	0.311	146	0.2239	2532	X-RAY DIFFRACTION	94
3.57-3.71	0.2713	140	0.2274	2422	X-RAY DIFFRACTION	91
3.71-3.88	0.2929	170	0.2202	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
3.88-4.09	0.2643	132	0.2014	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
4.09-4.34	0.2775	113	0.1915	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
4.34-4.68	0.2507	112	0.186	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
4.68-5.15	0.2607	136	0.1871	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
5.15-5.89	0.3116	133	0.2148	2595	X-RAY DIFFRACTION	96
5.89-7.42	0.3067	123	0.2558	2471	X-RAY DIFFRACTION	92
7.42-87.52	0.2	164	0.1993	2605	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.414	-2.5628	0.0451	7.5109	1.2106	2.471	-0.0433	-0.0321	0.1983	-0.0105	0.232	0.1284	-0.0865	-0.2862	-0.131	0.3223	-0.0052	0.0239	0.5955	0.0268	0.3949	20.8544	20.3488	50.1349
2	1.9067	-1.273	1.3038	2.1257	-2.3632	4.5023	-0.266	0.2619	0.2709	0.1916	-0.1198	-0.1821	-0.4751	0.3023	0.3465	0.3951	-0.1378	-0.0321	0.4308	0.037	0.4567	22.5	6.9332	14.2495
3	2.2049	0.3152	0.5109	2.8079	-2.1663	6.1846	0.0959	-0.2253	0.0307	-0.0567	-0.2042	0.0116	0.1719	0.0461	0.0785	0.403	0.0391	0.0109	0.3437	-0.0429	0.4086	24.4309	-13.1423	37.8059
4	5.4124	3.5065	2.1986	6.8932	2.5144	3.2858	0.0028	0.3344	-0.4658	-0.1273	0.2331	-0.1221	0.3962	0.385	-0.2888	0.3262	0.1209	-0.0009	0.5331	-0.0175	0.4561	29.3243	-37.8174	55.6948
5	0.7657	0.1955	0.0643	2.7224	2.2528	5.8984	-0.1016	0.0623	-0.1357	0.0381	-0.0033	0.0665	0.7391	0.3753	-0.0512	0.4142	0.0702	0.0014	0.5797	0.0747	0.5783	63.0252	-28.8441	55.0059
6	1.441	-0.1625	-1.586	1.9919	0.8936	4.4229	-0.0522	0.113	-0.0721	-0.3854	0.1052	0.0747	0.4513	-0.2757	-0.1094	0.4979	-0.0327	-0.1271	0.4462	0.0818	0.4885	66.5004	-31.5066	49.4084
7	2.8283	3.6264	0.2697	8.3806	1.8117	2.7622	-0.1546	-0.0932	-0.1244	0.1913	0.098	0.1156	0.0517	0.174	0.095	0.3147	0.1003	0.0051	0.5182	0.0444	0.3271	20.4048	-25.8495	76.3911
8	3.9184	-0.616	-0.3212	5.7495	-2.5564	8.9556	-0.2573	-0.248	-0.0017	0.2053	0.1774	0.1773	-0.4072	-0.4132	0.0009	0.4051	0.0074	-0.0886	0.4159	0.0184	0.3674	23.6364	1.2862	98.8958
9	3.3432	2.657	-1.2045	7.6793	-2.4601	4.1475	-0.197	0.0934	-0.599	-0.3881	-0.106	-0.5198	0.4492	0.1299	0.2879	0.4033	0.0541	-0.0009	0.5243	-0.03	0.4182	23.843	-20.6362	117.9973
10	0.8439	0.2818	-0.781	2.0367	-3.0684	5.4225	-0.2446	0.0553	0.0751	-0.2175	-0.0447	-0.2463	0.0189	-0.0677	0.292	0.527	0.0128	-0.0761	0.3775	-0.0489	0.4574	22.6992	-0.0887	99.7516
11	5.0959	-4.4436	-3.9289	7.9236	3.8236	6.0634	0.4732	-0.2034	0.6656	0.0567	0.1565	-0.168	-0.8962	0.2411	-0.7094	0.5167	-0.101	0.1298	0.5896	-0.0625	0.6068	30.021	31.7384	71.4179
12	7.425	2.1471	3.0455	4.2786	1.7099	6.9661	0.1122	-0.2056	0.2932	0.0078	-0.284	-0.0919	-0.4277	-0.1727	0.2168	0.422	0.0413	0.0322	0.49	0.0186	0.3347	63.9428	20.0938	64.6752
13	3.8327	-1.1479	-2.2622	7.0967	4.4443	8.423	0.0351	-0.2019	0.3247	0.8141	-0.0436	0.3219	-0.0137	-0.923	0.0767	0.5743	0.0073	0.0172	0.6758	0.0923	0.4017	65.2026	28.6341	89.484
14	1.5003	0.0075	1.713	1.3747	1.2737	6.3409	-0.0884	-0.0475	0.1255	0.1668	-0.1393	0.1133	-0.1348	-0.223	0.1803	0.3287	0.0273	0.0377	0.3947	0.0355	0.4786	63.6975	23.4094	70.1685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 588 through 717 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 718 through 974 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 975 through 1044 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 588 through 717 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 718 through 840 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 841 through 1043 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 588 through 717 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 718 through 806 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 807 through 947 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 948 through 1044 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 588 through 717 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 718 through 806 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 807 through 925 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 926 through 1043 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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