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- PDB-9bxk: OvsM from Marinimicrobium koreense, an ovoselenol-biosynthetic N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bxk
タイトルOvsM from Marinimicrobium koreense, an ovoselenol-biosynthetic N-methyltransferase in complex with 5-selenohistidine and SAH
要素5-selenohistidine N-methyltransferase OvsM
キーワードTRANSFERASE / ovoselenol / 5-selenohistidine / S-adenosyl-L-methionine / N-methyltransferase
機能・相同性Putative 4-mercaptohistidine N1-methyltranferase, OvoA C-terminal domain / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / : / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Putative 4-mercaptohistidine N1-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Marinimicrobium koreense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Ireland, K.A. / Davis, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1937971 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147557 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural and functional analysis of SAM-dependent N-methyltransferases involved in ovoselenol and ovothiol biosynthesis.
著者: Ireland, K.A. / Kayrouz, C.M. / Abbott, M.L. / Seyedsayamdost, M.R. / Davis, K.M.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-selenohistidine N-methyltransferase OvsM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6784
ポリマ－29,9981
非ポリマー6813
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area11310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.838, 90.058, 80.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-622-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5-selenohistidine N-methyltransferase OvsM


分子量: 29997.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinimicrobium koreense (バクテリア)
株: DSM 16974 / 遺伝子: EDC38_1804 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N1P0S2
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1AS0 / 5-selanyl-L-histidine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 234.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9N3O2Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M tri-sodium citrate, 30% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→29 Å / Num. obs: 35794 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 20.26 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05334 / Rpim(I) all: 0.05334 / Rrim(I) all: 0.07543 / Net I/σ(I): 9.95
反射 シェル解像度: 1.66→1.719 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6965 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3373 / CC1/2: 0.521 / CC star: 0.827 / Rpim(I) all: 0.6965 / Rrim(I) all: 0.985 / % possible all: 95.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSXDS-Apple_M1データ削減
XDSXDS-Apple_M1データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.66→29 Å / SU ML: 0.2028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4549
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 1362 3.81 %
Rwork0.1777 34405 -
obs0.1787 35767 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 42 282 2236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20662719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0714302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0349356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0392734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.720.35821300.3073237X-RAY DIFFRACTION95.36
1.72-1.790.31641310.27273429X-RAY DIFFRACTION98.94
1.79-1.870.25091330.22443424X-RAY DIFFRACTION99.08
1.87-1.970.23851360.20253397X-RAY DIFFRACTION99.02
1.97-2.090.20741280.17643449X-RAY DIFFRACTION99.47
2.09-2.250.20471470.17823442X-RAY DIFFRACTION99.64
2.25-2.480.20151390.17683477X-RAY DIFFRACTION99.7
2.48-2.840.21731360.17593486X-RAY DIFFRACTION99.86
2.84-3.570.18821420.16823519X-RAY DIFFRACTION99.84
3.57-290.16971400.14893545X-RAY DIFFRACTION96.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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