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万見
- PDB-9bwv: Structure of influenza D RNP, 4xNP local resconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bwv
タイトルStructure of influenza D RNP, 4xNP local resconstruction
要素
  • FluD-NS vRNA
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Influenza / Ribonucleoprotein complex / nucleoprotein / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Peng, R. / Chang, Y.-W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
David and Lucile Packard Foundation2019-69645 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of influenza ribonucleoprotein complex assembly and processive RNA synthesis.
著者: Ruchao Peng / Xin Xu / Binod Nepal / Yikang Gong / Fenglin Li / Max B Ferretti / Mingyang Zhou / Kristen W Lynch / George M Burslem / Sandhya Kortagere / Ronen Marmorstein / Yi-Wei Chang /
要旨: Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo- ...Influenza viruses replicate and transcribe their genome in the context of a conserved ribonucleoprotein (RNP) complex. By integrating cryo-electron microscopy single-particle analysis and cryo-electron tomography, we define the influenza RNP as a right-handed, antiparallel double helix with the viral RNA encapsidated in the minor groove. Individual nucleoprotein subunits are connected by a flexible tail loop that inserts into a conserved pocket in its neighbor. We visualize the viral polymerase in RNP at different functional states, revealing how it accesses the RNA template while maintaining the double-helical architecture of RNP by strand sliding. Targeting the tail loop binding interface, we identify lead compounds as potential anti-influenza inhibitors. These findings elucidate the molecular determinants underpinning influenza virus replication and highlight a promising target for antiviral development.
履歴
登録2024年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 2.02025年5月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Data updated
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
H: Nucleoprotein
B: FluD-NS vRNA
D: FluD-NS vRNA
F: FluD-NS vRNA
G: FluD-NS vRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,6308
ポリマ－269,6308
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 61329.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9LG94
#2: RNA鎖
FluD-NS vRNA


分子量: 6078.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationN
配列の詳細Sample RNA sequence is ...Sample RNA sequence is AGCAGUAGCAAGGGGUUUUUUCAUACUAAAGAACGAAUACAUUCUUUUAACAUUGAAAUUGUUCUCGAAACUGACUUGAUUUCAUCCAAAGCGGCCCUCAUAUCCUGGUUAGUCAAAGAGUUCACCAUCGCUACUCCCAGCUUGGAUUUCAACCUUAUCAAUGACACCAAGCAACUCCUGAACCUCUCCAGUAGUUGCGCCUUCUCUUCUCCAGAAGGGAUCUGUUUCACAUCCAGAUUUGUAUCGUCUGAUUUCAUCUCUAGAUUCCGCAUCAACGGCAACAACAAGUCCACUUCUCCAAAUUCUGAGUAUCUUUCGUACUGACUUCUCUGGGUCAUCUCCUCUACGGAAAUUCUUAAGGCAGUAAGCUGGUUUCUCAGUGUUUCUGCAAAAGAGCACAAUGAUUUCUCCCAUGUCGGUCACUAAUAGUUCAGCAGUUUUUACAAAGCAAUUGCAGUUCCGAUAUUUUACUCCAAAGACUUCUCCUUGUCUUAUGAGCUUUGGCUCAUACAGAGUGUCAAUGGUACAUGGGCUUAGAUAGAAAGGGUUUCCUCCUAAGGGAUAGAUAAUGUUCUUCCCCAAUUCAACAGCAUGAGUCUCCUCUGGUUUUCUUAAGGCAGCAAUAGUAGUGAAUCCUAGAAUUUCUCUACCUUCAGCCACUGCAUCUUCCCAAGUUCUCGGUUCAUAAACCUGUUCGACUCUCAGUGAAUUCUCAGCAGACUUUCUCAUUUUCUCGAAAGUCAUUAACCCAGAGGAAUCCAUCCAGCUGGCUGCGCCCAAUGCCAAUUCGGAGAUUGCUGCUCUGAUAUUUGUUGUGUUCACUGACUUAUUUUCAGACAUAUUGAAAUUGUACACCCCUGCUUAUGCU

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: influenza D virus RNP complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU2.13画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
9PHENIX1.19モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION5最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION5３次元再構成DynaMight
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2000000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 237636 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5N2U

5n2u


PDB chain-ID: A / Accession code: 5N2U / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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