PDB-9bvs: NMR structure of TLP-1 in solution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bvs

タイトル

NMR structure of TLP-1 in solution

要素

Temporin-1Tl

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN

機能・相同性

hemolysis in another organism / other organism cell membrane / defense response to fungus / defense response to bacterium / innate immune response / lipid binding / extracellular region / membrane / Temporin-1Tl

機能・相同性情報

生物種

Rana temporaria (カエル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Jia, R. / McShan, A.C. / Stewart, J. / Halim, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Structure-Guided Temporin L Analogs Development to Inhibit the Main Protease of SARS-CoV‐2.
著者: Stewart, J. / Jia, R. / Ali, M.A. / Williams, B. / Stone, K. / Faddis, R. / Hossain, M.S. / McShan, A.C. / Hossain, M.A. / Halim, M.A.

履歴

登録	2024年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details
改定 1.2	2025年10月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bvs.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bvs.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bvs_validation.pdf.gz	421 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bvs_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	9bvs_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	9bvs_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/9bvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bvuC 9bvvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 31173NMR structure of TLP-1 in solution

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Temporin-1Tl

1.66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Temporin-1Tl / TL / Temporin-L 分子量: 1657.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rana temporaria (カエル) / 参照: UniProt: P57104
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 10 mg/mL TLP-1, 90% H2O/10% D2O / Label: Na_TLP_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 10 mg/mL / 構成要素: TLP-1 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 50 mM / Label: TLP-1 conditions / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 277.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Sparky	Goddard	chemical shift assignment

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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