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万見
- PDB-9btu: Human SCNN1B-SCNN1G ENaC dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9btu
タイトルHuman SCNN1B-SCNN1G ENaC dimers
要素
  • (10D4 Fab) x 2
  • (Amiloride-sensitive sodium channel subunit ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / sensory perception of sour taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / aldosterone metabolic process / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / cellular response to aldosterone / sodium channel complex / epithelial fluid transport ...sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / sensory perception of sour taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / aldosterone metabolic process / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / cellular response to aldosterone / sodium channel complex / epithelial fluid transport / mucus secretion / sodium ion homeostasis / renal system process / artery smooth muscle contraction / neutrophil activation involved in immune response / multicellular organismal-level water homeostasis / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / cellular response to acidic pH / sodium ion import across plasma membrane / ligand-gated sodium channel activity / erythrocyte homeostasis / WW domain binding / response to food / monoatomic ion channel activity / sodium ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / Stimuli-sensing channels / regulation of blood pressure / multicellular organism growth / gene expression / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial sodium channel subunit beta / Epithelial sodium channel subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Houser, A. / Baconguis, I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138862 米国
Cystic Fibrosis FoundationBACONG22G0 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GVPRS0015B4 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural insights into subunit-dependent functional regulation in epithelial sodium channels.
著者: Alexandra Houser / Isabelle Baconguis /
要旨: Epithelial sodium channels (ENaCs) play a crucial role in Na reabsorption in mammals. To date, four subunits have been identified-α, β, γ, and δ-believed to form different heteromeric complexes. ...Epithelial sodium channels (ENaCs) play a crucial role in Na reabsorption in mammals. To date, four subunits have been identified-α, β, γ, and δ-believed to form different heteromeric complexes. Currently, only the structure of the αβγ complex is known. To investigate the formation of channels with different subunit compositions and to determine how each subunit contributes to distinct channel properties, we co-expressed human δ, β, and γ. Using single-particle cryoelectron microscopy, we observed three distinct ENaC complexes. The structures unveil a pattern in which β and γ positions are conserved among the different complexes while the α position in αβγ trimer is occupied by either δ or another β. The δ subunit induces structural rearrangements in the γ subunit, which may contribute to the differences in channel activity between αβγ and δβγ channels. These structural changes provide molecular insights into how ENaC subunit composition modulates channel function.
履歴
登録2024年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta
D: 10D4 Fab
C: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
E: 10D4 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,49313
ポリマ－163,2034
非ポリマー3,2909
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Amiloride-sensitive sodium channel subunit ... , 2種, 2分子 BC

#1: タンパク質 Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta / Beta-NaCH / Epithelial Na(+) channel subunit beta / ENaCB / Nonvoltage-gated sodium channel 1 ...Beta-NaCH / Epithelial Na(+) channel subunit beta / ENaCB / Nonvoltage-gated sodium channel 1 subunit beta / SCNEB


分子量: 72728.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCNN1B / プラスミド: pGEM BACMID / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51168
#3: タンパク質 Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma / Epithelial Na(+) channel subunit gamma / Gamma-ENaC / Gamma-NaCH / Nonvoltage-gated sodium channel ...Epithelial Na(+) channel subunit gamma / Gamma-ENaC / Gamma-NaCH / Nonvoltage-gated sodium channel 1 subunit gamma / SCNEG


分子量: 74352.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCNN1G / プラスミド: pGEM BACMID / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51170

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抗体 , 2種, 2分子 DE

#2: 抗体 10D4 Fab


分子量: 9890.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): human hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10D4 Fab


分子量: 6230.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): human hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 3種, 9分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細The authors state that they do not know which region of the 10D4 Fab is the heavy chain or light ...The authors state that they do not know which region of the 10D4 Fab is the heavy chain or light chain. Furthermore, the Fab sequence and the residue numbering is arbitrary.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in complex with 10D4 FabCOMPLEXFab fragment from 10D4 IgG#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Human beta subunit isoform 1COMPLEX#11RECOMBINANT
3Human gamma subunit isoform 1COMPLEX#31RECOMBINANT
4Fab fragment from 10D4 IgGCOMPLEX#2, #41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
12NO
23NO
34NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Homo sapiens (ヒト)9606HEK293 GNTI-
23Homo sapiens (ヒト)9606HEK293 GNTI-
34Mus musculus (ハツカネズミ)10090
緩衝液pH: 7.4
詳細: Vitrobot blot parameters were set to a wait time of 0s, blot time of 2s, and a blot force of 1
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
35 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 2.275 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Monodisperse sample of beta and gamma ENaC with 10D4 Fab for the beta subunit
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6021

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択This is the version at the end of processing
2SerialEMunk画像取得multishot multihole was used
4cryoSPARC4.3.1CTF補正
7PHENIX1.2モデルフィッティング
9ISOLDE1.6モデル精密化
10PHENIX1.2モデル精密化
11cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.3.1分類
14cryoSPARC4.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1121564
詳細: From blob picking in cryoSPARC with a box size of 440 with a maximum particle diameter of 250 and a minimum of 150. Minimum separation distance was 0.6 diameters
3次元再構成解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 248323 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Local Resolution with one of the dimers and the Fabs masked out
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 6wth

6wth


Accession code: 6wth / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058018
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7810903
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.9112793
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461276
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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