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万見
- PDB-9bt4: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase from Methanosarcina acetivorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bt4
タイトルPyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase from Methanosarcina acetivorans
要素(Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit ...) x 4
キーワードELECTRON TRANSPORT / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / pyruvate synthase / organic acid metabolic process / sulfur compound biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, gamma subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, delta subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain ...: / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, gamma subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / : / 2-oxoacid:acceptor oxidoreductase, delta subunit, pyruvate/2-ketoisovalerate / : / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / 4Fe-4S binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate synthase subunit PorC / Pyruvate synthase subunit PorD / Pyruvate synthase subunit PorA / Pyruvate synthase, subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Catlin, D. / Nair, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-02ER15296 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural organization of pyruvate: ferredoxin oxidoreductase from the methanogenic archaeon Methanosarcina acetivorans.
著者: Cossu, M. / Catlin, D. / Elliott, S.J. / Metcalf, W.W. / Nair, S.K.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha
A: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha
C: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta
D: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta
G: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta
H: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta
E: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma
F: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,72818
ポリマ－210,7198
非ポリマー3,00910
水14,520806
1
B: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha
D: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta
H: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta
F: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8649
ポリマ－105,3604
非ポリマー1,5055
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
2
A: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha
C: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta
G: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta
E: Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8649
ポリマ－105,3604
非ポリマー1,5055
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area36800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.121, 79.121, 496.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit ... , 4種, 8分子 BACDGHEF

#1: タンパク質 Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit alpha


分子量: 44348.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TUN4
#2: タンパク質 Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit beta


分子量: 31973.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TUN5
#3: タンパク質 Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit delta


分子量: 9405.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TUN3
#4: タンパク質 Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase, subunit gamma


分子量: 19631.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TUN2, pyruvate synthase

-
非ポリマー , 4種, 816分子

#5: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 10-15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→67.9 Å / Num. obs: 726473 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.92→1.925 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 7657 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.343

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→25.001 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.382 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.136
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 6491 4.888 %
Rwork0.1732 126291 -
all0.175 --
obs-132782 99.691 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.296 Å20.148 Å20 Å2
2--0.296 Å2-0 Å2
3----0.959 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→25.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14456 0 102 806 15364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01214900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1051.82220210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0551884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.696578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.699102495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.36910610
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.27641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.210282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1780.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1240.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8882.0947566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5413.7579440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2822.2567334
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1564.09310698
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.10123.18723550
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.92-1.970.2244070.2293550.2297790.9670.96799.82620.217
1.97-2.0230.2434520.20890940.20995600.960.97199.85360.205
2.023-2.0810.2254710.288270.20193250.9650.97499.71050.196
2.081-2.1450.2354560.19385060.19589920.9630.97699.66640.188
2.145-2.2150.1994110.18382520.18486920.9750.97999.66640.177
2.215-2.2920.2044290.17480010.17584540.9740.98199.71610.167
2.292-2.3780.2173560.17478150.17681960.9670.98199.6950.166
2.378-2.4740.2174030.16974390.17178650.9690.98299.70760.161
2.474-2.5830.2124090.16770560.16975120.9740.98399.37430.157
2.583-2.7070.2033380.17168590.17272080.9730.98399.84740.162
2.707-2.8520.2053790.18165060.18268860.9740.98199.98550.176
2.852-3.0220.2063270.1861510.18164790.9760.98199.98460.176
3.022-3.2280.1973040.17257780.17360850.9760.98399.95070.172
3.228-3.4820.1952770.17154320.17257130.9750.98299.930.173
3.482-3.8060.1912730.15749990.15952740.9770.98699.96210.164
3.806-4.2430.1642220.14545120.14647380.9860.98899.91560.157
4.243-4.8770.1632410.14639320.14742240.9850.98898.79260.165
4.877-5.9170.211460.17534130.17735740.9780.98499.58030.197
5.917-8.1420.1721190.1726980.1728240.9840.98499.75210.197
8.142-25.0010.165690.1616170.1616990.9870.98799.23480.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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