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万見
- PDB-9bri: Crystal Structure of Human G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bri
タイトルCrystal Structure of Human G Protein-Coupled Receptor Kinase 5 in Complex with GRL064-22
要素G protein-coupled receptor kinase 5
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / G protein-coupled receptor / GPCR G protein-coupled receptor kinase / GRK kinase / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / phospholipid binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway ...G-protein-coupled receptor kinase / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / tachykinin receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / fat cell differentiation / regulation of signal transduction / protein kinase C binding / phospholipid binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Wnt signaling pathway / protein autophosphorylation / G alpha (s) signalling events / nuclear membrane / G alpha (q) signalling events / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / G protein-coupled receptor kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, Y. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)CA023168 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, synthesis, and X-ray structural studies of a series of highly potent, selective, and drug-like G protein-coupled receptor kinase 5 inhibitors.
著者: Ghosh, A.K. / Chen, Y. / Gadi, R.K. / Sonawane, A. / Gamage, S.P. / Tesmer, J.G.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein-coupled receptor kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4622
ポリマ－68,9321
非ポリマー5311
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.850, 137.850, 70.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 G protein-coupled receptor kinase 5


分子量: 68931.727 Da / 分子数: 1 / 変異: D311N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P34947
#2: 化合物 ChemComp-A1AQ8 / (3Z)-3-[(3,5-dimethyl-4-{[(2S)-5-oxooxolane-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrol-2-yl)methylidene]-N-[(1R)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-5-carboxamide


分子量: 530.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27FN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 220 mM potassium citrate tribasic, 20% PEG3350, crystals soaked in 25% PEG3350, 10% glycerol, 1 mM inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.53 Å / Num. obs: 15665 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 59.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Num. unique obs: 15481 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.53 Å / SU ML: 0.3559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.0096
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1564 10 %
Rwork0.2127 14069 -
obs0.2174 15633 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 39 14 4145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69875689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.24681628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.35011390.29861254X-RAY DIFFRACTION99.5
2.99-3.10.32121400.26191255X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.220.30291380.26151248X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.370.3151410.26761266X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.550.31271390.25761253X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.770.2261410.22171266X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.060.24811400.20081263X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.470.2581420.18461278X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.110.22071430.16691290X-RAY DIFFRACTION100
5.11-6.430.24691470.20941313X-RAY DIFFRACTION100
6.43-29.530.24111540.19111383X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.761978660851.03923137858-1.083601385381.89457607199-0.728983697042.74016052628-0.06253601384810.03350627735110.01852060533920.1777034130660.05247376627670.166746690038-0.261973769784-0.2132594456330.08115885690780.4333130254640.04078002314720.001716690329350.3164123916470.0235568451690.3671497207134.570537334518.659149839712.7372738843
21.3280403821.376948970270.1882094839322.73618682101-0.2475208786131.34149593757-0.09476445670680.1748166897280.0577140140192-0.3685386089370.1099856851880.0654839202580.02883000681830.0202058584155-0.007218728992570.4172183555990.05105585700010.0202265474230.2978202551430.01877595704990.2850976266930.1389967444-2.489246957772.38915897853
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 225 )25 - 2251 - 201
22chain 'A' and (resid 226 through 542 )226 - 542202 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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