PDB-9br7: Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9br7

タイトル

Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase (SUGCT) in complex with Losartan carboxylic acid

要素

Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

キーワード

TRANSFERASE / SUGCT / succinyl-CoA / glutarate

機能・相同性

機能・相同性情報

succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase / succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Wu, R. / Lazarus, M.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Characterization, Structure, and Inhibition of the Human Succinyl-CoA:glutarate-CoA Transferase, a Putative Genetic Modifier of Glutaric Aciduria Type 1.
著者: Wu, R. / Khamrui, S. / Dodatko, T. / Leandro, J. / Sabovic, A. / Violante, S. / Cross, J.R. / Marsan, E. / Kumar, K. / DeVita, R.J. / Lazarus, M.B. / Houten, S.M.

履歴

登録	2024年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9br7.cif.gz	633.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9br7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9br7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9br7_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9br7_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9br7_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	9br7_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/9br7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/9br7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9br6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

B: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

C: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

D: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

ヘテロ分子

181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

B: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 2 ポリマー

2

C: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

D: Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.8 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.933, 119.809, 136.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase / Dermal papilla-derived protein 13 / SuccinylCoA:glutarate-CoA transferase 分子量: 44758.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUGCT, C7orf10, DERP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HAC7, succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-A1ATL / losartan carboxylic acid / 2-butyl-4-chloro-1-{[(2'M)-2'-(1H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]methyl}-1H-imidazole-5-carboxylic acid / EXP3174 / E-3174 分子量: 436.894 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₁ClN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→34.31 Å / Num. obs: 106315 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 513724
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.882 / Num. measured all: 26323 / Num. unique obs: 5254 / CC_1/2: 0.42 / R_pim(I) all: 0.923 / R_rim(I) all: 2.101 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→34.06 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	5363	5.05 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.2214	106147	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→34.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12346	0	130	218	12694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.207	4682
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1	0.418	174	0.364	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.3958	166	0.3447	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.15	0.3241	180	0.3449	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3759	166	0.3302	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.3621	162	0.3325	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.4031	168	0.3243	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.27	0.3526	169	0.33	3309	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.31	0.3944	190	0.3076	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.3197	190	0.299	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.3385	178	0.2904	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.3404	182	0.287	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.3185	168	0.2747	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.51	0.2987	194	0.2676	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.56	0.2798	184	0.2597	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.62	0.3101	169	0.2505	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.298	173	0.2502	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.75	0.2781	186	0.2453	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.82	0.2624	168	0.2466	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.91	0.2955	189	0.2476	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3	0.2672	189	0.2483	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.11	0.2842	204	0.2406	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.23	0.2635	166	0.2388	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.38	0.2423	182	0.2245	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.56	0.2561	168	0.2118	3363	X-RAY DIFFRACTION	99
3.56-3.78	0.2022	178	0.1907	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
3.78-4.07	0.2094	191	0.1757	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.48	0.1673	168	0.161	3408	X-RAY DIFFRACTION	99
4.48-5.12	0.1809	169	0.1528	3402	X-RAY DIFFRACTION	99
5.12-6.45	0.1979	208	0.1897	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
6.45-34.06	0.1916	184	0.1734	3593	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5789	1.6509	0.305	3.2647	3.3431	5.9752	-0.3047	-0.9502	-0.3813	0.0059	0.4389	0.7999	0.3894	-1.0013	0.0144	0.7373	0.0564	0.0879	0.2641	0.0906	0.482	16.4143	-30.3176	-8.7271
2	2.5954	-0.9559	0.6249	0.7877	-0.9524	3.7965	-0.2873	-0.3283	0.1975	0.3859	0.185	0.1106	0.0149	-0.2384	0.036	0.5972	0.0769	0.0179	0.3151	-0.0068	0.2513	18.1934	-13.8524	2.1304
3	3.6765	-0.8853	1.9095	1.2908	-1.5654	5.0256	0.186	-0.5272	-0.2401	0.554	-0.0669	-0.06	-0.009	-0.3429	-0.0473	0.7561	0.0393	-0.0006	0.3326	0.0296	0.322	25.7949	-23.4701	14.1282
4	2.3226	-0.182	0.7486	1.4199	-1.2544	3.6578	0.1081	-0.312	-0.1868	0.1729	-0.1933	-0.1151	0.7234	0.2279	0.0954	0.7293	0.1439	-0.0168	0.3624	0.0234	0.3133	32.4156	-22.7788	5.52
5	9.7682	1.2029	-0.7647	1.9894	3.0471	5.1909	-0.0035	-1.1721	-1.0787	0.7338	0.3163	-1.2107	0.7304	2.3816	-0.2492	0.9173	0.1936	-0.0566	0.775	0.1615	0.5805	38.7069	-28.898	5.5482
6	1.1574	-0.3369	0.1094	1.5954	0.595	2.2923	-0.1662	-0.1054	0.0003	0.3369	0.038	-0.0134	-0.2461	0.2201	0.0954	0.5929	0.1013	0.0046	0.3191	0.005	0.2199	32.1864	-8.3533	-7.0858
7	3.8733	-2.4035	1.5942	8.4901	-2.9825	1.5654	-0.4584	-0.2459	0.6519	0.1292	-0.2271	-0.2712	-0.2602	-0.3194	0.1541	1.3432	0.5631	0.3383	0.0805	0.1623	0.9193	32.9135	-34.4466	-11.3341
8	2.1997	-0.1426	-0.5153	4.6595	2.009	1.0822	-0.0084	0.0626	-0.0718	-0.5744	-0.0325	-0.1462	0.485	0.3971	0.0592	0.373	0.1218	-0.0017	0.3008	-0.0217	0.2459	37.6604	-10.0719	-14.3466
9	1.0966	1.0382	-0.1129	1.0101	0.3731	4.7306	0.3193	0.1863	0.3272	-0.8692	-0.2013	0.5079	-1.2519	0.5103	-0.0097	0.8936	-0.0076	0.0398	0.5205	0.1159	0.5483	38.121	7.8287	-20.6259
10	3.1557	1.3731	0.4622	1.0015	-0.3833	3.9569	-0.0042	0.1948	-0.021	-0.2141	-0.2006	0.0258	-0.2221	-0.0083	0.1547	0.6704	0.1273	-0.0509	0.298	-0.0038	0.3239	19.5632	9.2302	-31.3094
11	2.0092	-2.0743	-7.0887	5.0695	2.8713	5.2784	-0.7163	1.6384	0.1388	-0.586	-0.335	0.7724	-0.595	-1.144	-0.1455	1.6137	0.0359	-0.1432	0.4381	0.104	0.1764	17.412	16.4538	-43.0208
12	5.4764	1.7048	-2.4817	2.414	-0.3834	2.1432	0.1074	0.0919	0.3767	-0.0095	-0.114	0.0526	-0.7396	0.0048	-0.004	0.8668	0.1214	-0.1283	0.3748	0.0067	0.2772	18.6666	14.3618	-33.9594
13	0.5931	0.9864	0.4168	2.5642	-1.3559	2.7907	-0.0127	0.0002	-0.0603	0.0465	0.0569	0.1123	-0.0613	-0.2967	-0.0464	0.5822	0.172	-0.0309	0.3689	-0.0511	0.3342	8.7588	-1.956	-21.2864
14	0.8351	1.1035	-0.7231	1.6158	-1.5998	6.5227	0.1099	-0.3227	-0.5022	0.7228	-0.1446	0.3837	0.4962	-0.0163	-0.3012	0.7982	0.0173	0.076	0.6084	-0.0106	0.566	4.4103	-14.3143	-5.5597
15	1.4579	-2.0568	-0.7733	5.1307	-3.0561	9.8142	-0.1144	-0.5728	0.1016	0.3254	-0.0754	0.3653	0.1506	-1.6449	-0.09	0.8451	0.0484	0.151	0.7321	0.01	0.5755	2.7042	-14.1292	3.9867
16	1.0385	-0.2191	0.1192	1.6737	0.4632	5.7594	0.1931	-0.0482	-0.3436	-0.6227	-0.355	0.5709	-0.6363	-0.985	-0.1443	0.5454	0.0418	0.0433	0.37	0.0141	0.3805	11.4847	-15.8762	-13.2909
17	3.0544	-0.2502	1.3558	3.7428	0.782	6.531	-0.9043	-0.1571	-0.6821	0.1642	0.9816	0.5531	0.5616	-0.2791	-0.1797	0.5986	0.0009	-0.0457	0.4176	0.0456	0.4395	9.3597	-24.1692	-14.0699
18	1.343	-0.4769	1.7182	1.5899	-0.6181	7.5127	0.1665	-0.3745	-0.3994	0.1828	0.374	0.4158	0.8467	-0.7882	-0.2006	0.6607	-0.0332	0.0407	0.3694	0.0184	0.2865	11.9222	-20.8357	6.5487
19	7.8635	1.8979	1.0516	1.6253	1.2311	1.3578	-0.2997	-0.6931	-1.5796	0.2777	0.3279	-0.4153	0.8144	-1.1787	-0.0304	1.125	0.0431	0.1239	0.6324	0.1591	0.629	17.6568	-32.9309	15.8811
20	6.549	-0.529	4.9032	2.2828	-2.345	5.9708	-0.7224	-0.6499	0.4145	0.5615	0.1322	0.3144	-0.553	-1.1007	-0.0055	0.9947	0.0215	0.0475	0.5324	-0.0164	0.2962	13.7498	-21.8112	17.4942
21	8.1752	-6.3447	-1.8025	6.2859	3.0816	6.0822	0.2861	-1.3058	-0.6482	0.8849	-0.4058	-2.4322	1.512	1.907	0.7337	1.327	0.1274	0.137	0.619	0.181	0.7988	46.4269	-30.9428	-17.297
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 46 : 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 104 : 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 120 : 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 146 : 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 151 : 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 222 : 226 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 227 : 254 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 255 : 260 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 261 : 298 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 299 : 305 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 306 : 343 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 344 : 369 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 370 : 374 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 375 : 380 )
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 398 : 409 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 410 : 426 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 427 : 438 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 34 : 38 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 39 : 67 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 68 : 74 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 75 : 132 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 133 : 145 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 146 : 158 )
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 398 : 417 )
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49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain C and resid 192 : 221 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 222 : 228 )
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 255 : 259 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 260 : 297 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 298 : 319 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain C and resid 320 : 343 )
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57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain C and resid 372 : 380 )
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain D and resid 127 : 190 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain D and resid 191 : 201 )
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78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain D and resid 396 : 411 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain D and resid 412 : 421 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain D and resid 422 : 438 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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