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- PDB-9br6: Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9br6 | ||||||
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Title | Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase (SUGCT) | ||||||
![]() | Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SUGCT / succinyl-CoA / glutarate | ||||||
Function / homology | succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase / succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase activity / : / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III / mitochondrion / Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khamrui, S. / Lazarus, M.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization, Structure, and Inhibition of the Human Succinyl-CoA:glutarate-CoA Transferase, a Putative Genetic Modifier of Glutaric Aciduria Type 1. Authors: Wu, R. / Khamrui, S. / Dodatko, T. / Leandro, J. / Sabovic, A. / Violante, S. / Cross, J.R. / Marsan, E. / Kumar, K. / DeVita, R.J. / Lazarus, M.B. / Houten, S.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 264.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 440.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9br7C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44873.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9HAC7, succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2023 |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.84 Å / Num. obs: 31313 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 110121 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.593 / Num. measured all: 10391 / Num. unique obs: 3265 / CC1/2: 0.406 / Rpim(I) all: 1.069 / Rrim(I) all: 1.925 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→44.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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