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Yorodumi- PDB-9br7: Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9br7 | ||||||
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Title | Crystal structure of human succinyl-CoA:glutarate-CoA transferase (SUGCT) in complex with Losartan carboxylic acid | ||||||
Components | Succinate--hydroxymethylglutarate CoA-transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SUGCT / succinyl-CoA / glutarate | ||||||
Function / homology | Function and homology information succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase / succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase activity / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08 Å | ||||||
Authors | Wu, R. / Lazarus, M.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2024 Title: Characterization, Structure, and Inhibition of the Human Succinyl-CoA:glutarate-CoA Transferase, a Putative Genetic Modifier of Glutaric Aciduria Type 1. Authors: Wu, R. / Khamrui, S. / Dodatko, T. / Leandro, J. / Sabovic, A. / Violante, S. / Cross, J.R. / Marsan, E. / Kumar, K. / DeVita, R.J. / Lazarus, M.B. / Houten, S.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9br7.cif.gz | 633.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9br7.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 9br7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9br7_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9br7_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 9br7_validation.xml.gz | 58.8 KB | Display | |
Data in CIF | 9br7_validation.cif.gz | 79.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/9br7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/9br7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 9br6C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44758.184 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SUGCT, C7orf10, DERP13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9HAC7, succinate-hydroxymethylglutarate CoA-transferase #2: Chemical | Mass: 436.894 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Formula: C22H21ClN6O2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.920105 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→34.31 Å / Num. obs: 106315 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 513724 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.12 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.882 / Num. measured all: 26323 / Num. unique obs: 5254 / CC1/2: 0.42 / Rpim(I) all: 0.923 / Rrim(I) all: 2.101 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 0.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.08→34.06 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.08→34.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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