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万見
- PDB-9br2: Inward-facing, ATP-bound Multidrug Resistance-associated Protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9br2
タイトルInward-facing, ATP-bound Multidrug Resistance-associated Protein 2 (MRP2) (E1462Q)
要素ATP-binding cassette sub-family C member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Multidrug resistance / Regulatory domain / Autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCC2 causes DJS / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / xenobiotic export from cell / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / : / heme catabolic process / Atorvastatin ADME ...Defective ABCC2 causes DJS / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / xenobiotic export from cell / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / : / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic transmembrane transport / intercellular canaliculus / : / transepithelial transport / Paracetamol ADME / ABC-type xenobiotic transporter / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / Heme degradation / bile acid and bile salt transport / Aspirin ADME / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / apical plasma membrane / negative regulation of gene expression / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CHOLESTEROL / Unknown ligand / ATP-binding cassette sub-family C member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Koide, E. / Chen, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the transport and regulation mechanism of the multidrug resistance-associated protein 2.
著者: Eriko Koide / Harlan L Pietz / Jean Beltran / Jue Chen /
要旨: Multidrug resistance-associated protein 2 (MRP2) is an ATP-powered exporter important for maintaining liver homeostasis and a potential contributor to chemotherapeutic resistance. Using cryogenic ...Multidrug resistance-associated protein 2 (MRP2) is an ATP-powered exporter important for maintaining liver homeostasis and a potential contributor to chemotherapeutic resistance. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we determine the structures of human MRP2 in three conformational states: an autoinhibited state, a substrate-bound pre-translocation state, and an ATP-bound post-translocation state. In the autoinhibited state, the cytosolic regulatory (R) domain plugs into the transmembrane substrate-binding site and extends into the cytosol to form a composite ATP-binding site at the surface of nucleotide-binding domain 2. Substrate displaces the R domain, permitting conformational changes necessary for transport. These observations suggest that the R domain functions as a selectivity gauge, where only at sufficiently high concentrations can the substrate effectively initiate transport. Comparative structural analyzes of MRP2 bound to various substrates, as determined in this study and others, reveal how MRP2 recognizes a diverse array of compounds, supporting its role in multidrug resistance.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding cassette sub-family C member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,68417
ポリマ－174,3911
非ポリマー9,29316
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family C member 2 / Canalicular multidrug resistance protein / Canalicular multispecific organic anion transporter 1 / ...Canalicular multidrug resistance protein / Canalicular multispecific organic anion transporter 1 / Multidrug resistance-associated protein 2


分子量: 174391.359 Da / 分子数: 1 / 変異: E1462Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCC2, CMOAT, CMOAT1, CMRP, MRP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTl-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92887, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 790.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MRP2(E1462Q) in inward-facing, R-domain engaged conformation
タイプ: CELL
詳細: detergent-solubilized MRP2(E1462Q) bound to ATP and magnesium. Lipids and cholesterols were also identified bound to the protein.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: apical cell membrane
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GnTl negative
緩衝液pH: 8
詳細: Digitonin is solubilized overnight. Prior to use, it is filtered using a 0.22 uM filter.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.06 %DigitoninDigitonin1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
350 mMTrisTris1
42 mMmagnesium chlorideMgCl21
52 mMDTTDTT1
試料濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 0 mm
撮影電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42904 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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