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- PDB-9bpb: Tethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bpb
タイトルTethered respiratory III2IV2 supercomplex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 11
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex / Oxidoreductase / Respiration
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ubiquinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PH / Chem-8PE / Chem-9PE / CARDIOLIPIN / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A ...Chem-6PH / Chem-8PE / Chem-9PE / CARDIOLIPIN / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-UQ6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Eldeeb, M.H. / Carlstrom, A. / Berndtsson, J. / Ott, M. / Fontanesi, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W911NF-21-1-0359 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Differential substrate utilization by yeast respiratory supercomplexes
著者: Eldeeb, M.H. / Cosner, Z. / Mays, J. / Carlstrom, A. / Rodriguez, G. / Berndtsson, J. / Ott, M. / Fontanesi, F.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
a: Cytochrome c oxidase subunit 1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: Cytochrome c oxidase subunit 3
d: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
e: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
f: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
g: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
i: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
j: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
k: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
l: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
K: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
L: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
M: Cytochrome b
N: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
O: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
P: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
Q: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
m: Cytochrome c oxidase subunit 1
n: Cytochrome c oxidase subunit 2
o: Cytochrome c oxidase subunit 3
p: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
q: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
r: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
s: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
u: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
v: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
w: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
x: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)990,972109
ポリマ－945,35542
非ポリマー45,61767
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 AKBLEOFPGQHRISJT

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 1 / ...Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 44 kDa protein


分子量: 50282.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P07256
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase core protein 2


分子量: 40528.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P07257
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase ...Complex III subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase iron-sulfur subunit


分子量: 23393.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VI / Cytochrome c1 non-heme 17 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 6 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 17 kDa protein


分子量: 17276.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00127
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial,Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 / ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 14 kDa protein / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII


分子量: 20618.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial ...詳細: Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial targeting sequence.,Fusion protein composed of ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 7 (Qcr7) fused by a linker (GGGGS) to a copy of cytochrome c oxidase subunit 8 (Cox8) without its mitochondrial targeting sequence.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
遺伝子: QCR7, CRO1, UCR7, YDR529C, D9719.32, COX8, YLR395C, L8084.14
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / 参照: UniProt: P00128, UniProt: P04039
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 8 / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 10987.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P08525
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 7.3 kDa protein


分子量: 7485.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P22289
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 ...Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8.5 kDa protein


分子量: 8602.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P37299

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CMDN

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit CYTB / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Cytochrome b-c1 complex subunit CYTB / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00163, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 34097.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P07143, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 11種, 22分子 ambncodpeqfrgsiujvkwlx

#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 58832.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00401, cytochrome-c oxidase
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 28585.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00410, cytochrome-c oxidase
#13: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 30383.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00420, cytochrome-c oxidase
#14: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17164.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Subunit contains a FLAG tag.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P04037
#15: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 17161.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00424
#16: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VI


分子量: 17366.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P00427
#17: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VII


分子量: 6942.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P10174
#18: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA


分子量: 6974.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P07255
#19: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9799.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q01519
#20: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 15046.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P32799
#21: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial


分子量: 7461.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q2V2P9

-
非ポリマー , 19種, 67分子

#22: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物 ChemComp-6PH / (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 592.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H61O8P
#24: 化合物 ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物 ChemComp-CN5 / (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 634.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O13P2
#26: 化合物
ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#27: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#28: 化合物 ChemComp-9PE / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 593.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H60NO8P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#31: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#32: 化合物
ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P
#33: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#35: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#36: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#37: 化合物 ChemComp-CN3 / (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 834.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68O17P2
#38: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Tethered supercomplexCOMPLEX#1-#210MULTIPLE SOURCES
2Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductaseCOMPLEX#1-#101NATURAL
3Cytochrome c oxidaseCOMPLEX#11-#211NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240W303
32Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240W303
43Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240W303
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-HCl pH 7.5C4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMPhenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)C7H7FO2S1
41 mMEthylenediaminetetraacetic acid (EDTA)C10H16N2O81
50.1 %DigitoninC56H92O291
6150 ng/uL3X FLAG peptideC120H169N31O49S1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid is covered with a 3 nm ultrathin carbon film
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: 3 uL of sample, 5 s blot time, 30 s hold time, 0 blot force.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 55.452 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12211
詳細: Images were collected as movies composed of 40 frames.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2粒子像選択
4cryoSPARC4.2CTF補正
7PHENIX1.21モデルフィッティング
9Coot0.9.8.7モデル精密化
10cryoSPARC4.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.2分類
13cryoSPARC4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1646359
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47746 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6YMX

6ymx


Accession code: 6YMX / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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