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- PDB-9bp1: Rhesus macaque ITS110.01 Fab in complex with SIV Env MPER peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bp1
タイトルRhesus macaque ITS110.01 Fab in complex with SIV Env MPER peptide
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • ITS110.01 Heavy Chain
  • ITS110.01 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral protein / Fab / MPER / membrane-proximal external region / HIV-1 / gp41 / IMMUNE SYSTEM / SIV / antibody / IMMUNE SYSTEM-Viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Gorman, J. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Isolation and structure of broad SIV-neutralizing antibodies reveal a proximal helical MPER epitope recognized by a rhesus multi-donor class.
著者: Gorman, J. / Du, R. / Lai, Y.T. / Ahmadi, M.S. / King, H.A.D. / Song, K. / Manalang, K. / Gonelli, C.A. / Schramm, C.A. / Cheng, C. / Nguyen, R. / Ambrozak, D. / Druz, A. / Shen, C.H. / Yang, ...著者: Gorman, J. / Du, R. / Lai, Y.T. / Ahmadi, M.S. / King, H.A.D. / Song, K. / Manalang, K. / Gonelli, C.A. / Schramm, C.A. / Cheng, C. / Nguyen, R. / Ambrozak, D. / Druz, A. / Shen, C.H. / Yang, Y. / Douek, D.C. / Kwong, P.D. / Roederer, M. / Mason, R.D.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ITS110.01 Heavy Chain
B: ITS110.01 Light Chain
I: Envelope glycoprotein gp160
E: Envelope glycoprotein gp160
H: ITS110.01 Heavy Chain
D: ITS110.01 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5786
ポリマ－102,5786
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.174, 210.174, 46.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62

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要素

#1: 抗体 ITS110.01 Heavy Chain


分子量: 24467.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ITS110.01 Light Chain


分子量: 23375.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160


分子量: 3445.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A0A4Y5TJX4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 22% PEG8000 .1M Tris pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→40 Å / Num. obs: 13619 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 42.46 Å2 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.859 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.58-3.6620.9696150.3580.7260.7931.2591.13188.7
3.66-3.732.20.836280.3840.7450.6571.0640.95991
3.73-3.82.40.8976500.3850.7460.6761.1291.04190.9
3.8-3.882.60.7756550.4480.7870.5580.9590.94492.3
3.88-3.962.70.7326760.5710.8530.5170.9011.00499.6
3.96-4.052.80.5456930.6930.9050.3730.6630.97398.9
4.05-4.162.90.4776880.7750.9350.3280.5810.99594.8
4.16-4.2730.3846600.840.9550.2590.4650.92494.7
4.27-4.3930.3376850.8420.9560.2270.4080.93799.9
4.39-4.5330.2667150.880.9680.1790.3220.92999
4.53-4.73.20.2216610.9270.9810.1470.2660.91693.5
4.7-4.883.10.1886930.9130.9770.1270.2280.822100
4.88-5.113.10.1816920.9370.9840.1220.2190.86395.7
5.11-5.373.20.1536880.9380.9840.1020.1850.81497.7
5.37-5.713.10.1456940.9310.9820.0960.1750.77896.9
5.71-6.153.20.1376890.9380.9840.0890.1640.78197
6.15-6.773.10.1146950.9670.9910.0730.1350.73395.3
6.77-7.743.10.0927050.9730.9930.0590.1090.62796
7.74-9.733.10.0887070.9740.9930.0540.1040.64997
9.73-402.90.0897300.9590.9890.0590.1070.72494

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_5278精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.58→39.72 Å / SU ML: 0.4508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 605 5 %
Rwork0.2202 11483 -
obs0.2226 12088 84.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6817 0 0 0 6817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00166980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44069512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04181088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.96942464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.58-3.940.3949930.27751771X-RAY DIFFRACTION53.29
3.94-4.50.2461650.22683142X-RAY DIFFRACTION94
4.51-5.670.25621720.19973251X-RAY DIFFRACTION96.26
5.67-39.720.24581750.20733319X-RAY DIFFRACTION95.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0875917292557-0.0375817242266-0.002527250123180.0181870433936-0.002999008791620.2109742576780.286561146534-0.1037592606690.0268974951482-0.09421772351440.2298716825390.159567325291-0.14045756477-0.4338348676520.6450072906130.2407074797990.1320481893460.05919061471010.7879134592850.7040422270090.3045188530362.4976752923-66.8408327676-8.10439268099
20.2008892601310.06329424696420.06037415532750.03226520696780.0180173070680.0158796490247-0.2326844035880.0577813733371-0.1331276344220.2181582749220.1914407696040.0978278173686-0.0515193581893-0.0303102034307-0.04251206195220.1540069297750.1514432733290.2894073451370.0357277055789-0.02720593341310.075519654250174.8717129403-42.2065049166-31.2312515731
30.0923728556779-0.0828214380573-0.03505432144350.06322523070910.02646905277780.04631289766670.1721800147130.0395028533460.114063955058-0.2126145048530.1616453940290.0426175648848-0.0543414211766-0.2208511216860.3149876967320.0998703769063-0.1472261160290.0924720594036-0.1114069138440.25739519205-0.07007462605183.1775634455-72.9858890546-12.929264965
40.0839458385204-0.01186599737310.05426850673870.107691328521-0.07812444686240.0850912995911-0.139276113975-0.0381003933711-0.01284564797370.0916827877005-0.0118020040723-0.0303008232281-0.2402969809450.0143201119588-0.4037492898660.3548863495450.1059301340650.00218958969253-0.04236131096910.238650290855-0.29315412238688.7321525772-39.2930408648-24.0691102316
50.0066505027360.00273451384704-0.0100326930330.0219891168643-0.03024411416060.0505296779819-0.003959713471060.02164736620870.0003586313938030.0555014683732-0.01429477679530.019494926285-0.0597770206222-0.0584826332024-0.04854718665920.311573799556-0.03008857483640.006695079674510.4882259645680.3648602140960.29116297906162.3286856454-81.7400259142.38731811069
60.000456523018640.0002566357425340.0006257293467130.0008339450290020.002000320296780.006667807194780.001042559180710.0218180931482-0.00422429951283-0.02182216947540.000564925973909-0.0106474077192-0.0310770918519-0.0106803676734-0.00136190116310.3089422048660.03011168223720.02116320165220.687179994388-0.4448829834740.54812948638943.8054268643-79.2453820621.27096611371
70.0564727361840.0109183454824-0.004024040551180.0192538554143-0.004928254454780.0137908184993-0.01084712169680.185402281109-0.04266503948970.0406370474599-0.1087510897360.0951116148362-0.0195723769986-0.0768628348822-0.115766155158-0.127914798286-0.0761339697210.2605450432641.0753338343-0.6391689726560.83601964879447.2046099122-64.528242958511.7076794114
80.01885091863380.0101008540566-0.00701213034144-0.0029272612752-0.0045116885290.0141835521189-0.0138901952999-0.01218823525920.008028987088440.1216677584830.006570120347190.0735789726010.01622174241770.1053753844890.01327791760730.335542823942-0.007259232036430.6014875913910.493870127609-0.3534652116110.64041447331441.6527359898-37.842644756634.4426378162
90.0691367720217-0.007775625976860.02017273571940.02367041469380.01794584199290.03059759987630.1031301660680.155421754984-0.00135261674370.003045510612060.1111997321180.0120487400845-0.06605249355860.0683952982470.09965209583310.0328540955516-0.166853952740.3085510230720.719685670202-0.400240980290.78497507625825.5492071295-65.15450802316.6327658771
100.143400536466-0.05841079232660.06879919537820.0262179863354-0.01985255921410.0685385707357-0.05181294588540.002452275380180.1209861337350.000629852545453-0.125394613723-0.0304839218512-0.0175212253350.0148503048811-0.1650300047450.575913289170.3003489945980.4534076443140.914743263213-0.2498859282521.3741258722229.0048589641-31.209234714427.3548992311
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 109 )AA1 - 1091 - 119
22chain 'A' and (resid 110 through 214 )AA110 - 214120 - 224
33chain 'B' and (resid 1 through 110 )BB1 - 1101 - 110
44chain 'B' and (resid 111 through 212 )BB111 - 212111 - 212
55chain 'I' and (resid 660 through 675 )IC660 - 6751 - 16
66chain 'E' and (resid 660 through 675 )ED660 - 6751 - 16
77chain 'H' and (resid 1 through 109 )HE1 - 1091 - 119
88chain 'H' and (resid 110 through 210 )HE110 - 210120 - 220
99chain 'D' and (resid 1 through 110 )DF1 - 1101 - 110
1010chain 'D' and (resid 111 through 210 )DF111 - 210111 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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