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- PDB-9bot: Human mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in autoinhibited (E*) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bot
タイトルHuman mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in autoinhibited (E*) conformation
要素Trypsin-3
キーワードHYDROLASE / Serine protease / autoinhibited / conformational variability
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity / tertiary granule lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Coban, M. / Sankaran, B. / Radisky, E.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM144393-01 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Discovery of an autoinhibited conformation in mesotrypsin reveals a new strategy for selective serine protease inhibition.
著者: Coban, M. / Gokara, M. / Vargas, L.M.F. / Tanzer, S. / Zhou, S. / Hockla, A. / Sankaran, B. / Caulfield, T.R. / Radisky, E.S.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6716
ポリマ－24,2871
非ポリマー3835
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.024, 77.700, 93.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Trypsin-3 / Brain trypsinogen / Mesotrypsinogen / Serine protease 3 / Serine protease 4 / Trypsin III / Trypsin IV


分子量: 24287.482 Da / 分子数: 1 / 変異: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS3, PRSS4, TRY3, TRY4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35030, trypsin

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非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % / 解説: large irregular rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.1 Å / Num. obs: 31270 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 5.59 % / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.68 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2996 / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.665 / % possible all: 97.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2902: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→40.097 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 1550 5 %
Rwork0.1473 --
obs0.1497 31019 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 21 201 1881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7732443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.113625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65160.27641360.18332580X-RAY DIFFRACTION97
1.6516-1.71070.20251390.16962634X-RAY DIFFRACTION98
1.7107-1.77920.26781390.15332655X-RAY DIFFRACTION98
1.7792-1.86010.23721390.14992629X-RAY DIFFRACTION98
1.8601-1.95820.23821380.15472638X-RAY DIFFRACTION98
1.9582-2.08090.19541390.14032652X-RAY DIFFRACTION98
2.0809-2.24150.19921410.1352691X-RAY DIFFRACTION98
2.2415-2.46710.19111430.13782712X-RAY DIFFRACTION98
2.4671-2.8240.18531410.15472681X-RAY DIFFRACTION98
2.824-3.55760.18581440.14632733X-RAY DIFFRACTION97
3.5576-40.0970.16071510.14232864X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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