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- PDB-9bos: Human mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in an active (E) conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bos
タイトルHuman mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in an active (E) conformation
要素Trypsin-3
キーワードHYDROLASE / Serine protease / autoinhibited / conformational variability
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity ...Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / antimicrobial humoral response / Alpha-defensins / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / zymogen activation / Antimicrobial peptides / trypsin / endothelial cell migration / digestion / serine-type peptidase activity / tertiary granule lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
dimethyl ether / Trypsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Coban, M. / Vargas, L.M.F. / Sankaran, B. / Radisky, E.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM144393-01 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Discovery of an autoinhibited conformation in mesotrypsin reveals a new strategy for selective serine protease inhibition.
著者: Coban, M. / Gokara, M. / Vargas, L.M.F. / Tanzer, S. / Zhou, S. / Hockla, A. / Sankaran, B. / Caulfield, T.R. / Radisky, E.S.
履歴
登録2024年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4555
ポリマ－24,2871
非ポリマー1684
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.849, 55.849, 142.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

#1: タンパク質 Trypsin-3 / Brain trypsinogen / Mesotrypsin / Mesotrypsinogen / Serine protease 3 / Serine protease 4 / Trypsin ...Brain trypsinogen / Mesotrypsin / Mesotrypsinogen / Serine protease 3 / Serine protease 4 / Trypsin III / Trypsin IV


分子量: 24287.482 Da / 分子数: 1 / 変異: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS3, PRSS4, TRY3, TRY4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35030, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-2F2 / dimethyl ether / (メトキシメチリジン)ラジカル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % / 解説: large rectangular crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月1日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.94 Å / Num. obs: 25656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 19.15 % / Rmerge(I) obs: 1.951 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2494 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 2.004 / % possible all: 99.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→43.94 Å / SU ML: 0.2037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.2481
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1232 5.01 %
Rwork0.2398 23370 -
obs0.241 24602 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 8 151 1854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01791752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51842385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0894263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0955639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.40641360.3682572X-RAY DIFFRACTION97.73
1.77-1.850.42221340.36312553X-RAY DIFFRACTION96.14
1.85-1.950.42861280.38462406X-RAY DIFFRACTION90.6
1.95-2.070.3811330.33492532X-RAY DIFFRACTION94.24
2.07-2.230.35751310.32612482X-RAY DIFFRACTION92.86
2.23-2.450.38841340.30032543X-RAY DIFFRACTION94.93
2.45-2.810.30111380.26662625X-RAY DIFFRACTION96.81
2.81-3.540.22951440.22132742X-RAY DIFFRACTION99.11
3.54-43.940.19271540.17992915X-RAY DIFFRACTION99.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.600526887910.5211246132950.7965864216391.649068177910.5028724234741.18460210322-0.21269956544-0.0387846870366-0.00153921202763-0.6554379037550.45959851341-0.596893825405-0.3471164406971.35410896113-0.1729813326520.167588976866-0.02762851461090.164021204991.14006328155-0.1751517306440.4572908183144.7980959067425.993607817814.2965692168
24.459966691293.147345431482.009028986664.528562241521.458621062972.09395799813-0.150632991510.0982790273811-0.483296496637-0.3109511451510.488414781412-0.7928097386420.04617607630180.945431953395-0.3168700972310.2496616737910.1045037923360.06929650172120.765446314189-0.04903379646490.4304642015272.3125182949516.771170441617.1406500859
33.020526967821.55522461049-0.05542355396785.33477882139-0.07813802824953.85690002978-0.151285609747-0.2401974700850.00648909223452-0.6552586724290.2594709371310.2583323008540.03407212615570.292173079999-0.08887123541260.275727380878-0.000963355692638-0.0412403262520.2893765627410.0134907749060.238616876308-11.320983666122.49015931619.75318258118
44.92639893204-0.8416286545610.5209728839556.99829067268-1.961588842554.21616837784-0.0164817860274-0.532486937147-0.291503819189-0.4832575549360.377798731427-0.06635877777360.6271713146110.122844872653-0.4053872517270.1917327657120.0148947936210.05424971692650.305715532844-0.06097810620020.270708066278-6.8671348468114.348479186514.259591711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 246 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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