PDB-9blp: T450S mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9blp

タイトル

T450S mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhesin CPE0147 with intramolecular ester bond

要素

Surface anchored protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / repeat domain / adhesin / bacterial adhesion / Ig-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens B str. ATCC 3626 (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: T450C mutant of repeat domain 2 from Clostridium perfringens adhesin CPE0147 without intramolecular ester bond
著者: Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y.

履歴

登録	2024年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9blp.cif.gz	79.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9blp.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9blp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9blp_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9blp_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	9blp_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	9blp_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/9blp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/9blp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bloC 4mkm 4ni6 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Surface anchored protein

ヘテロ分子

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.907, 44.166, 64.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.107, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Surface anchored protein 分子量: 16986.559 Da / 分子数: 1 / 断片: Repeat domain 2, residues 439-587 / 変異: T450S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens B str. ATCC 3626 (ウェルシュ菌) 遺伝子: AC1_0147 / プラスミド: pPROEXHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1R775
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→17.86 Å / Num. obs: 44396 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2119 / CC_1/2: 0.947 / R_pim(I) all: 0.186 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→17.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.068 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1584	2117	4.769 %	random selection
R_work	0.142	42278	-	-
all	0.143	-	-	-
obs	-	44395	97.449 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	0 Å²	0.018 Å²
2-	-	-0.019 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→17.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1072	0	6	197	1275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.643	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.403	1.595	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.892	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.761	27.742	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.488	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.984	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.281	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	1.205	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.702	1.205	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.014	1.818	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.013	1.818	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.075	1.435	602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.08	1.437	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.393	2.064	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.392	2.065	883
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.362	16.482	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.945	15.363	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.719	3	2407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.221	159	0.188	2975	X-RAY DIFFRACTION	94.1707
1.231-1.265	0.216	144	0.169	3003	X-RAY DIFFRACTION	95.7117
1.265-1.302	0.178	143	0.158	2928	X-RAY DIFFRACTION	96.0588
1.302-1.342	0.173	137	0.135	2807	X-RAY DIFFRACTION	96.3036
1.342-1.386	0.17	136	0.132	2761	X-RAY DIFFRACTION	96.7279
1.386-1.434	0.151	140	0.117	2677	X-RAY DIFFRACTION	97.1379
1.434-1.488	0.141	123	0.112	2573	X-RAY DIFFRACTION	97.1532
1.488-1.549	0.156	139	0.114	2500	X-RAY DIFFRACTION	97.8495
1.549-1.618	0.149	135	0.117	2405	X-RAY DIFFRACTION	97.9183
1.618-1.697	0.134	112	0.123	2313	X-RAY DIFFRACTION	98.2577
1.697-1.788	0.143	110	0.121	2204	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.788-1.897	0.155	128	0.127	2073	X-RAY DIFFRACTION	98.9213
1.897-2.028	0.133	108	0.127	1980	X-RAY DIFFRACTION	99.0982
2.028-2.19	0.146	87	0.133	1853	X-RAY DIFFRACTION	99.182
2.19-2.399	0.163	81	0.134	1709	X-RAY DIFFRACTION	99.5551
2.399-2.681	0.162	67	0.15	1562	X-RAY DIFFRACTION	99.694
2.681-3.095	0.194	60	0.152	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.8614
3.095-3.788	0.156	54	0.143	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.5925
3.788-5.347	0.118	34	0.165	908	X-RAY DIFFRACTION	97.4147
5.347-17.86	0.255	20	0.241	498	X-RAY DIFFRACTION	93.8406

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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