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- PDB-9bla: KIR3DL1*086 in complex with HLA-A*24:02 presenting the NEF peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bla
タイトルKIR3DL1*086 in complex with HLA-A*24:02 presenting the NEF peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • C-terminal core peptide
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / natural killer cell receptor / Kir
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / KIR3DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Faoro, C. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: An archaic HLA class I receptor allele diversifies natural killer cell-driven immunity in First Nations peoples of Oceania.
著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / ...著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / Tao, S. / Zhu, F. / Montero-Martin, G. / Fernandez-Vina, M. / Guethlein, L.A. / Vivian, J.P. / Davies, J. / Mentzer, A.J. / Oppenheimer, S.J. / Pomat, W. / Ioannidis, A.G. / Barberena-Jonas, C. / Moreno-Estrada, A. / Miller, A. / Parham, P. / Rossjohn, J. / Tong, S.Y.C. / Kedzierska, K. / Brooks, A.G. / Norman, P.J.
履歴
登録2024年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: C-terminal core peptide
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0246
ポリマ－78,5824
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.682, 61.790, 67.473
Angle α, β, γ (deg.)93.726, 100.679, 108.337
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31778.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 詳細 (発現宿主): pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 詳細 (発現宿主): pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド C-terminal core peptide


分子量: 1040.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1


分子量: 33884.242 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: I6LEK9
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.96 Å / Num. obs: 14821 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2422 / CC1/2: 0.965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5058精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→46.96 Å / SU ML: 0.4568 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.2443
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 737 4.97 %
Rwork0.2 14084 -
obs0.2024 14821 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4993 0 28 0 5021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00255170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53227037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.17511810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.230.32931330.2792836X-RAY DIFFRACTION98.25
3.23-3.560.31251600.2332832X-RAY DIFFRACTION98.62
3.56-4.070.24721430.20872809X-RAY DIFFRACTION97.75
4.07-5.130.23591520.17712845X-RAY DIFFRACTION98.17
5.13-46.960.2171490.18282762X-RAY DIFFRACTION96.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.175138863756-0.2637968070980.09422642888890.382140979811-0.5000159372811.657431032890.006654236646240.3332143628890.230932243411-0.04530430351580.239641530006-0.1309497271890.153861708906-0.1060278104320.00806159088310.3683986040370.05888018383130.1106886712690.423346010311-0.1767161475650.4940218911925.4875.571-9.124
20.02654845654750.081345080479-0.1015210422930.597502932035-0.490248398430.2668575783750.3387572262430.166130703679-0.0888162986722-1.105547689410.1055879078960.186352753053-0.266286835516-0.07507480892070.01332076191890.5316534097490.1159668834670.08522307247560.599319927990.02769801980810.641664081563-1.45614.411-15.037
30.379280479526-0.00862014488085-0.1355995655220.320048480656-0.4206237030581.39373422319-0.00548160450333-0.113444574051-0.2468168554380.4001618032050.599753846910.3325905370220.548492302946-0.7777039249520.07876296359650.580390361966-0.15457192945-0.04003173280930.7579699486710.1032292892690.683912558637-11.635.431-9.605
40.06332896075880.0954370732447-0.2531697580860.767058651957-0.820477252340.887933182397-0.01037578748160.314336494804-0.135353329683-0.6062133782830.4743397373880.2537905022650.755330759135-0.6819378052760.1201248933770.59706399294-0.0438133293042-0.09266786674750.7964691572380.09496341565870.726131599322-9.5152.648-19.212
50.4548578234780.00311729688327-0.0310942400751-0.00245170156884-0.1219287956640.1666968491860.120734343531-0.345408831552-0.571015030149-0.138887903010.1695602198080.1036595553030.1783990939121.05170779698-0.0005434631609511.07396753959-0.0559033428306-0.1283036579020.760026659414-0.02112435007380.7584561677716.154-15.6849.812
61.73002840150.686166538287-0.8714143836340.382463342951-0.3820824248040.5274808570130.136895908858-0.2057936951880.0869982695909-0.2954187824490.0835100476329-0.07071669993840.27520560452-0.5225607838590.000161345932860.792400774436-0.0853538743863-0.06690255500110.6119784445720.03930315197590.585987880565-0.845-16.46214.542
70.6198211956020.7225221150590.2799403646882.40801887626-1.076232797261.25472393420.1972404172520.157285830719-0.0737415958791-0.2695528286080.6546957610110.08429907375230.652057056779-0.3486197941860.299734614860.608525544156-0.09108403420270.07698827083260.779554544408-0.02531465832930.380552195842-1.4125.50710.988
80.3461340771270.6349055009350.02578271968571.183253278440.04476116328660.001453397697260.191584027330.175573333492-0.356297700529-0.2570061611350.810051928192-0.7592454337980.5434921918050.702687095458-0.02415227408280.7955462757690.199985807741-0.2787882489411.073515873390.0845260507771.1088125468618.818-8.90813.758
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100.1640810352260.181504338367-0.2041237036370.163329244595-0.2391937368790.234978115595-0.0490629400243-0.03539624996570.2229852467630.794875332377-0.487745946597-0.244078269296-0.760835179838-0.09980199999190.000303607211980.9765286654150.108199858797-0.2407199625350.708000697144-0.01451806090750.9024658340256.07411.189.977
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:56 )A1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 57:85 )A57 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 86:137 )A86 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 138:174 )A138 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 175:197 )A175 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 198:276 )A198 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 0:11 )B0 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 12:19 )B12 - 19
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 20:30 )B20 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 31:41 )B31 - 41
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 42:51 )B42 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 52:71 )B52 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 72:77 )B72 - 77
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 78:90 )B78 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 91:99 )B91 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 1:8 )C1 - 8
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND RESID 7:108 )G7 - 108
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN G AND RESID 109:219 )G109 - 219
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN G AND ( RESID 220:291 OR RESID 401:402 ) )G220 - 291
20X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN G AND ( RESID 220:291 OR RESID 401:402 ) )G401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る