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- PDB-9bl6: KIR3DL1*114 in complex with HLA-A*24:02 presenting the TW9 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bl6
タイトルKIR3DL1*114 in complex with HLA-A*24:02 presenting the TW9 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
  • MHC class I antigen
  • Polymerase basic protein 2 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / natural killer cell receptor / Kir
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / virion component / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PB2, C-terminal / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain ...: / PB2, C-terminal / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / Beta-2-microglobulin / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Faoro, C. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: An archaic HLA class I receptor allele diversifies natural killer cell-driven immunity in First Nations peoples of Oceania.
著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / ...著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / Tao, S. / Zhu, F. / Montero-Martin, G. / Fernandez-Vina, M. / Guethlein, L.A. / Vivian, J.P. / Davies, J. / Mentzer, A.J. / Oppenheimer, S.J. / Pomat, W. / Ioannidis, A.G. / Barberena-Jonas, C. / Moreno-Estrada, A. / Miller, A. / Parham, P. / Rossjohn, J. / Tong, S.Y.C. / Kedzierska, K. / Brooks, A.G. / Norman, P.J.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Polymerase basic protein 2 peptide
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2806
ポリマ－78,8374
非ポリマー4422
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.188, 62.549, 66.896
Angle α, β, γ (deg.)94.054, 100.141, 109.680
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31778.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1


分子量: 33899.281 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5J6VN80

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 25分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Polymerase basic protein 2 peptide / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 1280.453 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 549-557 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q809Q3
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG 3550, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.01 Å / Num. obs: 29445 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 59.43 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3093 / CC1/2: 0.725

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.01 Å / SU ML: 0.3475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.6504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 1433 4.87 %
Rwork0.226 27969 -
obs0.2275 29402 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 28 22 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01125130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39746991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0798749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25491778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.490.40861440.39012796X-RAY DIFFRACTION96.36
2.49-2.590.41231510.35492750X-RAY DIFFRACTION96.8
2.59-2.70.37371520.32022816X-RAY DIFFRACTION97.5
2.7-2.850.32671300.29992834X-RAY DIFFRACTION97.66
2.85-3.020.37271450.30882809X-RAY DIFFRACTION97.2
3.02-3.260.30731500.27192785X-RAY DIFFRACTION96.99
3.26-3.580.26321420.23472753X-RAY DIFFRACTION96.12
3.58-4.10.22831430.20822820X-RAY DIFFRACTION96.74
4.1-5.170.19031480.1782842X-RAY DIFFRACTION97.78
5.17-48.010.22851280.1892764X-RAY DIFFRACTION95.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.04659890108-0.538536205202-0.9798685763845.277231721531.036883938695.376420909580.0854732956823-0.166095869481-0.303401572637-0.03115377315080.21771015891-1.053749040020.005671230708480.610417588381-0.2858707826180.334873199947-0.0263648533357-0.08137404872460.378298282106-0.06377655629770.5398256929835.2334.377-13.319
26.30398512855-2.78590474592-3.672282161698.173259011313.743221400647.446043022630.2232904616870.08221158444930.73405051385-0.7508272969080.136835347241-0.259191777648-0.988527140.634999201173-0.477790806640.401359143931-0.133122768502-0.04623555511690.4290957857180.0477723008870.512026868025-1.15412.741-19.743
33.760729833781.98767833468-0.7878219462346.610898288362.52253145785.33025969289-0.2022572198730.374420648776-0.360732943880.0493296828559-0.1321444715660.9694698119140.166540314556-0.4653589080530.3301916066390.282412444824-0.0295155373742-0.004447332263440.4992772993730.01442699428170.557693879092-9.0374.405-13.605
44.25642253623-0.6751521577820.9691651437645.180808379421.460858259546.00237446664-0.2813588225850.474893530713-0.111072619375-0.3602453431250.3214629046641.48418755380.0885995037619-0.683217782890.00279543518120.381194568963-0.137995579161-0.1098229299390.6019915116360.1399152583820.84988793602-16.8245.587-19.978
51.509014750190.0920758729913-0.7496632422793.03442407392-3.014982141429.618410612850.129817549798-0.12446253488-0.396562725706-0.1494218164010.0586873421937-0.464032941541.229323340620.435059944011-0.05525566857540.613295255074-0.0668163676743-0.2126951071860.388388707565-0.09524408646451.089686830624.308-13.756-3.743
62.920867610831.04875659068-0.8367668831452.74712949669-1.05261789294.781064938-0.101481475776-0.0131360863299-0.34273310338-0.1173777813310.4070908482950.5894492108271.28190548724-1.06236297241-0.3497263781780.758795037101-0.151765892539-0.2190145790390.5821832919760.1078986160541.02102154608-0.629-17.84810.626
72.061915122790.4278426361546.427484394492.013627176460.3705130078348.283450114471.23861796975-1.145255102540.2024840122741.134429468820.122092799731.927091856880.749646710839-0.838375354505-1.452363273910.8392059039840.04811073466130.0005886648312990.786922900863-0.05610763840570.570650893781-8.44910.2354.348
84.750718472393.61603031715-3.904249590937.571434541271.935730379078.421815835810.500836601805-0.581689752403-0.772081686041.232292256390.120957976867-0.513395514577-0.281244730618-0.0608990642263-0.5390789393070.95384073039-0.0602804083741-0.3382804587110.3913908138980.1063962092060.6643800845924.992-1.7339.185
96.02561747167-1.77167540589-4.47175854393.333861586253.676435368195.30486496347-1.254918419410.455864594286-1.625495322640.532684902392-0.165169931308-1.327478893790.145378620540.6294579360461.086909800710.911574109777-0.102363402067-0.6229261194020.9498472572380.3669130728671.6101543514218.454-9.569.924
107.71812728805-4.227259483885.996138955363.54858465831-3.839897286536.748252642470.392259104344-0.7526926799080.420202571951.70496491704-0.959164822501-1.32475290356-1.340483160.2012523975040.6870167565720.92004570465-0.222734815305-0.3886694687290.6981923133020.1288031557020.7058726063455.8739.576.213
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:56 )A1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 57:84 )A57 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 85:118 )A85 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 119:162 )A119 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 163:197 )A163 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 198:276 )A198 - 276
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 0:5 )B0 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 6:11 )B6 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 12:19 )B12 - 19
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 31:41 )B31 - 41
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 42:51 )B42 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 52:61 )B52 - 61
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 62:71 )B62 - 71
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 72:77 )B72 - 77
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 78:90 )B78 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 91:97 )B91 - 97
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 1:9 )C1 - 9
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN G AND RESID 7:91 )G7 - 91
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN G AND RESID 92:125 )G92 - 125
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN G AND RESID 126:169 )G126 - 169
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN G AND RESID 170:225 )G170 - 225
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN G AND RESID 226:293 )G226 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る