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- PDB-9bl3: KIR3DL1*114 in complex with HLA-B*57:03 presenting the AW10 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bl3
タイトルKIR3DL1*114 in complex with HLA-B*57:03 presenting the AW10 peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Catenin alpha-1 peptide
  • HLA-B alpha chain (B*5703GB)
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / natural killer cell receptor / Kir
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / Regulation of CDH11 function / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex ...negative regulation of integrin-mediated signaling pathway / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / Regulation of CDH11 function / gamma-catenin binding / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / gap junction assembly / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / vinculin binding / negative regulation of cell motility / catenin complex / apical junction assembly / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of smoothened signaling pathway / Adherens junctions interactions / negative regulation of protein localization to nucleus / axon regeneration / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / Myogenesis / establishment or maintenance of cell polarity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / odontogenesis of dentin-containing tooth / intercalated disc / neuroblast proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / RHO GTPases activate IQGAPs / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / : / : / acrosomal vesicle / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / VEGFR2 mediated vascular permeability / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / adherens junction / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / beta-catenin binding / positive regulation of T cell cytokine production / cell-cell adhesion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / response to estrogen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / male gonad development / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / actin filament binding / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / cell junction / intracellular protein localization / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / : / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Alpha-catenin / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / : / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / HLA-B alpha chain (B*5703GB) / Catenin alpha-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Faoro, C. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: An archaic HLA class I receptor allele diversifies natural killer cell-driven immunity in First Nations peoples of Oceania.
著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / ...著者: Loh, L. / Saunders, P.M. / Faoro, C. / Font-Porterias, N. / Nemat-Gorgani, N. / Harrison, G.F. / Sadeeq, S. / Hensen, L. / Wong, S.C. / Widjaja, J. / Clemens, E.B. / Zhu, S. / Kichula, K.M. / Tao, S. / Zhu, F. / Montero-Martin, G. / Fernandez-Vina, M. / Guethlein, L.A. / Vivian, J.P. / Davies, J. / Mentzer, A.J. / Oppenheimer, S.J. / Pomat, W. / Ioannidis, A.G. / Barberena-Jonas, C. / Moreno-Estrada, A. / Miller, A. / Parham, P. / Rossjohn, J. / Tong, S.Y.C. / Kedzierska, K. / Brooks, A.G. / Norman, P.J.
履歴
登録2024年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-B alpha chain (B*5703GB)
B: Beta-2-microglobulin
C: Catenin alpha-1 peptide
G: Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5328
ポリマ－78,6474
非ポリマー8854
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area32350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.769, 60.784, 65.042
Angle α, β, γ (deg.)95.564, 98.163, 109.016
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 HLA-B alpha chain (B*5703GB) / MHC class I antigen / Human Leukocyte Antigen B*57:03


分子量: 31811.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 詳細 (発現宿主): pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I3ZN84
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 詳細 (発現宿主): pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1


分子量: 33899.281 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5J6VN80

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タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 390分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Catenin alpha-1 peptide / Alpha E-catenin / Cadherin-associated protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-13


分子量: 1057.200 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 850-859 (Uniprot numbering) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35221
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953659 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953659 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.1 Å / Num. obs: 48382 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3548 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.1 Å / SU ML: 0.2566 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.9019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 2351 4.86 %
Rwork0.193 46018 -
obs0.1947 48369 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5334 0 56 385 5775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00735592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89577625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.12892032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.32821240.30032688X-RAY DIFFRACTION96.77
2.04-2.090.31061430.26972681X-RAY DIFFRACTION97.21
2.09-2.130.29821370.26022702X-RAY DIFFRACTION97.09
2.13-2.190.27711640.24422667X-RAY DIFFRACTION96.92
2.19-2.250.29591310.23972708X-RAY DIFFRACTION97.39
2.25-2.310.2671380.23332684X-RAY DIFFRACTION97.82
2.31-2.390.24911300.23282715X-RAY DIFFRACTION97.46
2.39-2.470.26581450.23382739X-RAY DIFFRACTION97.7
2.47-2.570.27921310.24012706X-RAY DIFFRACTION97.63
2.57-2.690.31981310.23552689X-RAY DIFFRACTION97.85
2.69-2.830.29681360.23372727X-RAY DIFFRACTION97.38
2.83-3.010.26141360.22922721X-RAY DIFFRACTION98.14
3.01-3.240.24261450.21272737X-RAY DIFFRACTION98.19
3.24-3.570.19511480.18592674X-RAY DIFFRACTION97.85
3.57-4.080.19671290.15942765X-RAY DIFFRACTION98.2
4.08-5.140.18281470.13682684X-RAY DIFFRACTION97.52
5.14-48.10.19541360.16272731X-RAY DIFFRACTION98.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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