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- PDB-9bk3: Crystal structure of Lactate dehydrogenase in complex with 4-((4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bk3
タイトルCrystal structure of Lactate dehydrogenase in complex with 4-((4-(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)phenyl)amino)-4-oxo-2-(4-(trifluoromethyl)phenyl)butanoic acid (R-enantiomer, orthorhombic P form)
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Lactate dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE / LDHA / Inhibitor Complex / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MALONATE ION / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P. / Sharma, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Synthesis and biological characterization of an orally bioavailable lactate dehydrogenase-A inhibitor against pancreatic cancer.
著者: Sharma, H. / Mondal, S. / Urquiza, U. / Esparza, C. / Bartlett, S. / Santa-Pinter, L. / Hill, H. / White, M. / Sharma, P. / Luckett-Chastain, L. / Cooper, A. / Rasel, M. / Gao, P. / Battaile, ...著者: Sharma, H. / Mondal, S. / Urquiza, U. / Esparza, C. / Bartlett, S. / Santa-Pinter, L. / Hill, H. / White, M. / Sharma, P. / Luckett-Chastain, L. / Cooper, A. / Rasel, M. / Gao, P. / Battaile, K.P. / Shukla, S.K. / Lovell, S. / Ihnat, M.A.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,37012
ポリマ－156,4774
非ポリマー8938
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22290 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area41300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.077, 103.698, 189.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 39119.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pRARE / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-A1AR0 / (2R)-4-[4-(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)anilino]-4-oxo-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]butanoic acid


分子量: 445.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18F3N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Index HT C9: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.5 %v/v Jeffamine ED-2001, LDHA at 11.9 mg/mL. 2mM inhibitor added prior to crystallization. plate Anne-clover-6, A2. Puck: PSL-1912, ...詳細: Index HT C9: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.5 %v/v Jeffamine ED-2001, LDHA at 11.9 mg/mL. 2mM inhibitor added prior to crystallization. plate Anne-clover-6, A2. Puck: PSL-1912, Cryo: 3.4 M sodium malonate pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月5日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.51 Å / Num. obs: 54912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 739694
反射 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.702 / Num. measured all: 55106 / Num. unique obs: 4452 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.501 / Rrim(I) all: 1.776 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.38 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 35.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2901 2870 5.24 %
Rwork0.2285 --
obs0.2318 54800 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9738 0 57 45 9840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0019958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41113537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.223574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.42021110.36522457X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.480.41031240.35282433X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.47271520.35892446X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.580.45341440.33972424X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.630.40051520.322407X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.680.34381230.30082463X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.750.32821420.30542432X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.820.37011290.30082462X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.890.39011140.30862482X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.980.35041390.30112441X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.070.3611380.29092466X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.180.34351390.2882456X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.310.3661260.26982473X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.460.33361430.2622445X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.640.30741300.25252479X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.870.30061390.22152488X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.170.27051550.20772470X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.590.25651360.17652505X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.250.23931350.17162515X-RAY DIFFRACTION100
5.25-6.620.24721470.20312544X-RAY DIFFRACTION100
6.62-47.380.20891520.17162642X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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