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- PDB-9bjy: Crystal structure of RidA family protein PA5083 from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bjy
タイトルCrystal structure of RidA family protein PA5083 from Pseudomonas aeruginosa with TMAO bound
要素RidA family protein
キーワードHYDROLASE / RidA protein / deamination / stress
機能・相同性RutC family, YoaB-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / trimethylamine oxide / RidA family protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Zhou, D. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the RidA protein PA5083 from Pseudomonas aeruginosa with TMAO bound
著者: Zhou, D. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RidA family protein
A: RidA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2236
ポリマ－24,8802
非ポリマー3424
水7,278404
1
B: RidA family protein
ヘテロ分子

B: RidA family protein
ヘテロ分子

B: RidA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8349
ポリマ－37,3203
非ポリマー5146
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
A: RidA family protein
ヘテロ分子

A: RidA family protein
ヘテロ分子

A: RidA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8349
ポリマ－37,3203
非ポリマー5146
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.280, 75.280, 279.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-325-

HOH

21B-348-

HOH

31B-351-

HOH

41B-371-

HOH

51B-456-

HOH

61B-468-

HOH

71B-496-

HOH

81B-498-

HOH

91A-342-

HOH

101A-343-

HOH

111A-370-

HOH

121A-447-

HOH

131A-460-

HOH

141A-471-

HOH

151A-498-

HOH

161A-500-

HOH

171A-501-

HOH

181A-504-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 3 through 115)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 115 / Label seq-ID: 2 - 114

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AB
d_2BA

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.992981645483, 0.11825981929, -0.00143766309693), (-0.11825528263, 0.992978956065, 0.00291220563159), (0.00177196611289, -0.00272175548419, 0.999994726078)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.992981645483, 0.11825981929, -0.00143766309693), (-0.11825528263, 0.992978956065, 0.00291220563159), (0.00177196611289, -0.00272175548419, 0.999994726078)
ベクター: -34.5217477468, 25.6516800741, -46.0938847261)

-
要素

#1: タンパク質 RidA family protein


分子量: 12440.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5083 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HUA0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide


分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 40206 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 2915 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→47.67 Å / SU ML: 0.1552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.7996
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1997 4.97 %
Rwork0.1811 38209 -
obs0.1827 40206 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 20 404 2161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00861779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09212426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4263641
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.635580574694 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.28471460.24532769X-RAY DIFFRACTION98.45
1.62-1.660.24171460.22842823X-RAY DIFFRACTION98.83
1.66-1.710.27091480.22292815X-RAY DIFFRACTION98.9
1.71-1.770.24911460.20472821X-RAY DIFFRACTION99.33
1.77-1.830.23771480.21222826X-RAY DIFFRACTION99.23
1.83-1.90.24011470.2012811X-RAY DIFFRACTION98.57
1.9-1.990.19331460.17242792X-RAY DIFFRACTION97.74
1.99-2.10.18481430.16272755X-RAY DIFFRACTION96.06
2.1-2.230.19221410.162676X-RAY DIFFRACTION93.74
2.23-2.40.18441360.15522604X-RAY DIFFRACTION90.52
2.4-2.640.19931340.16812581X-RAY DIFFRACTION89.34
2.64-3.020.21831340.17372551X-RAY DIFFRACTION87.69
3.02-3.810.18841350.16532578X-RAY DIFFRACTION88.23
3.81-47.670.22791470.19222807X-RAY DIFFRACTION91.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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