PDB-9bjx: GH5_4 endo-beta(1,3/1,4)-glucanase from Segatella copri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bjx

タイトル

GH5_4 endo-beta(1,3/1,4)-glucanase from Segatella copri

要素

Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

キーワード

HYDROLASE / mixed-linkage beta-glucan / MLG / GH5_4

機能・相同性

: / glucan catabolic process / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / beta-glucosidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / cell surface / extracellular region / Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

機能・相同性情報

生物種

Segatella copri DSM 18205 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cordeiro, R.L. / Golisch, B. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The molecular basis of cereal mixed-linkage beta-glucan utilization by the human gut bacterium Segatella copri.
著者: Golisch, B. / Cordeiro, R.L. / Fraser, A.S.C. / Briggs, J. / Stewart, W.A. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bjx.cif.gz	731.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bjx.ent.gz	503.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bjx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bjx_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bjx_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	9bjx_validation.xml.gz	64.6 KB	表示
CIF形式データ	9bjx_validation.cif.gz	87.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9balC 9bamC 9bmkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

B: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

C: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

D: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, This protein is a monomer in solution.
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.008, 51.560, 157.057
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5) 分子量: 42001.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Segatella copri DSM 18205 (バクテリア) 遺伝子: PREVCOP_05101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D1PD14
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiCl, 19% (w/v) Polyethylene glycol 3,350 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.95 Å / Num. obs: 197039 / % possible obs: 97.79 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 18.13 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.02492 / Net I/σ(I): 14.59
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / R_merge(I) obs: 0.3104 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 19223 / CC_1/2: 0.826 / % possible all: 96.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→38.95 Å / SU ML: 0.1647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2005	10002	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1769	186943	-	-
obs	0.178	196945	97.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11826	0	20	674	12520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	12596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8384	17152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	1722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	2257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1309	1676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2908	317	0.2593	6046	X-RAY DIFFRACTION	94.74
1.62-1.64	0.2763	323	0.2378	6000	X-RAY DIFFRACTION	95.98
1.64-1.66	0.2914	304	0.2295	6228	X-RAY DIFFRACTION	97.38
1.66-1.68	0.2561	297	0.2203	6170	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.68-1.7	0.2412	331	0.2113	6215	X-RAY DIFFRACTION	97.89
1.7-1.72	0.2315	360	0.2014	6206	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.72-1.75	0.2228	326	0.2019	6118	X-RAY DIFFRACTION	97.78
1.75-1.77	0.2159	320	0.1952	6297	X-RAY DIFFRACTION	98.02
1.77-1.8	0.2279	331	0.189	6156	X-RAY DIFFRACTION	97.86
1.8-1.83	0.2024	348	0.1874	6207	X-RAY DIFFRACTION	97.97
1.83-1.86	0.2252	365	0.187	6194	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.86-1.9	0.2144	340	0.1812	6188	X-RAY DIFFRACTION	97.75
1.9-1.93	0.2039	336	0.1774	6106	X-RAY DIFFRACTION	97.33
1.93-1.97	0.2065	323	0.1731	5941	X-RAY DIFFRACTION	93.45
1.97-2.02	0.2046	323	0.1711	6165	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.02-2.06	0.2005	360	0.1683	6262	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.06-2.11	0.1982	339	0.17	6241	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.11-2.17	0.21	323	0.1675	6257	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.17-2.24	0.1989	320	0.1673	6353	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.24-2.31	0.1977	324	0.1685	6260	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.31-2.39	0.2032	338	0.1697	6276	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.39-2.49	0.1978	367	0.1656	6252	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.49-2.6	0.1949	318	0.1701	6316	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.6-2.74	0.1998	349	0.171	6318	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.74-2.91	0.2023	314	0.1763	6045	X-RAY DIFFRACTION	94.45
2.91-3.13	0.1929	317	0.1768	6411	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.13-3.45	0.2021	353	0.1735	6416	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.45-3.94	0.1965	341	0.1724	6405	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.94-4.97	0.1715	345	0.1597	6414	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.97-38.95	0.1788	350	0.1877	6480	X-RAY DIFFRACTION	97.06

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.722942161284	-0.213604639679	0.648811742582	0.993246058028	-0.217020926934	1.940045589	-0.00565946409581	0.0174086123395	0.0221741105629	0.0145682284433	-0.0204342137658	-0.026513103287	-0.0324950157885	-0.0311648117335	0.021636674733	0.104825933849	-0.0472610558319	0.00734773368727	0.152256702265	0.00835698022228	0.0957797237621	-0.333710681702	0.677768111847	59.1779652464
2	0.430778698407	0.0703803879426	0.23411413775	1.71189807316	0.176360570482	0.686730500203	0.00959130928641	-0.0437254683039	0.0120942633614	-0.0319560318373	-0.0481194040239	0.0172812656443	-0.00529072069952	-0.0259672980779	0.034374546809	0.0822436190116	0.0118744159245	0.0627983561128	0.166725178098	0.00198420129628	0.103109919728	-17.1378845363	0.790152444415	15.1484151527
3	1.37481457726	-0.0615441557681	1.45322013968	1.4334933592	0.0518297832602	2.68354288151	0.0490898838206	0.104903612755	-0.0266115443045	-0.0733102771749	0.0259895354784	-0.044790445869	0.113541550251	0.0815872420307	-0.0673936046978	0.0726205938151	-0.00642121404503	0.00930150914592	0.166239542161	0.0134279355946	0.121718203508	-46.5952050894	18.1823531194	61.4150194444
4	0.881351930914	-0.228508766771	0.479929623538	1.0461436191	-0.159746671571	1.2661271971	-0.0199413469761	-0.116872632106	0.0255964840316	0.123289244189	0.0573523445414	-0.019266556191	0.00259357060698	-0.036437281788	-0.0376260817433	0.141948244383	0.000830344531388	-0.0107308200806	0.159952425454	-0.0130712993688	0.126942395071	-66.497332096	17.9703003029	18.8446746683

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resseq 38:405)	A	A	38 - 405	1 - 368
2	2	(chain B and resseq 38:405)	B	B	38 - 405	1 - 368
3	3	(chain C and resseq 39:404)	C	C	39 - 404	1 - 366
4	4	(chain D and resseq 39:404)	D	D	39 - 404	1 - 366

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)