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- PDB-9bmk: GH5_4 endo-beta(1,3/1,4)-glucanase E331A from Segatella copri in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bmk
タイトルGH5_4 endo-beta(1,3/1,4)-glucanase E331A from Segatella copri in complex with cellotriose
要素Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
キーワードHYDROLASE / Segatella copri / mixed-linkage beta-glucan / MLG / GH5_4 / cellotriose
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotriose / Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
類似検索 - 構成要素
生物種Segatella copri DSM 18205 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Cordeiro, R.L. / Golisch, B. / Brumer, H. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The molecular basis of cereal mixed-linkage beta-glucan utilization by the human gut bacterium Segatella copri.
著者: Golisch, B. / Cordeiro, R.L. / Fraser, A.S.C. / Briggs, J. / Stewart, W.A. / Van Petegem, F. / Brumer, H.
履歴
登録2024年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
B: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7258
ポリマ－83,5152
非ポリマー2,2106
水18010
1
A: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8634
ポリマ－41,7581
非ポリマー1,1053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8634
ポリマ－41,7581
非ポリマー1,1053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.550, 107.550, 232.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Cellulase (Glycosyl hydrolase family 5)


分子量: 41757.625 Da / 分子数: 2 / 変異: E331A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Segatella copri DSM 18205 (バクテリア)
遺伝子: PREVCOP_05101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D1PD14
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Room temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→48.84 Å / Num. obs: 149544 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 57.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02363 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 2.21→2.289 Å / Rmerge(I) obs: 0.9453 / Num. unique obs: 7730 / CC1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→48.8 Å / SU ML: 0.3904 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.8057
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 3783 2.53 %RANDOM
Rwork0.2216 145761 --
obs0.2221 149544 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5894 0 146 10 6050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00866208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97938432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0597890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1832786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.240.47591440.50665237X-RAY DIFFRACTION95.88
2.24-2.270.40131380.48395285X-RAY DIFFRACTION98.07
2.27-2.30.50371360.45465389X-RAY DIFFRACTION98.91
2.3-2.330.45071400.42815385X-RAY DIFFRACTION99.25
2.33-2.370.46871420.41025361X-RAY DIFFRACTION99.21
2.37-2.40.44741460.39015367X-RAY DIFFRACTION99.28
2.4-2.440.4471380.37355474X-RAY DIFFRACTION99.49
2.44-2.480.33271480.35275388X-RAY DIFFRACTION99.62
2.48-2.530.37581420.3395325X-RAY DIFFRACTION99.54
2.53-2.580.32621420.3425416X-RAY DIFFRACTION99.46
2.58-2.630.31031400.32525485X-RAY DIFFRACTION99.38
2.63-2.690.32051440.30185364X-RAY DIFFRACTION99.21
2.69-2.750.31851350.30095401X-RAY DIFFRACTION99.26
2.75-2.820.34831340.30945415X-RAY DIFFRACTION99.71
2.82-2.90.37661420.35393X-RAY DIFFRACTION99.77
2.9-2.980.29071300.27855441X-RAY DIFFRACTION99.48
2.98-3.080.30181420.27515405X-RAY DIFFRACTION99.68
3.08-3.190.25541380.24725406X-RAY DIFFRACTION99.68
3.19-3.310.28941360.24265371X-RAY DIFFRACTION99.87
3.32-3.470.29471440.24325488X-RAY DIFFRACTION99.88
3.47-3.650.26061330.21935392X-RAY DIFFRACTION99.87
3.65-3.880.20771520.19135439X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.180.22111380.16475423X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.60.1761400.15915404X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.260.15651360.15475447X-RAY DIFFRACTION99.96
5.26-6.620.19431390.18435439X-RAY DIFFRACTION100
6.63-48.80.18121440.16915421X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.226545342480.2730751474330.2786031922652.226236011710.5714721065323.06759417642-0.181406074523-0.02264404896080.261146941010.0531208999318-0.0280970170629-0.0345266578133-0.7944510442320.416995980003-2.88184829516E-100.715233396867-0.266687523137-0.1300833077190.583052060844-0.01747256107920.57276481478133.1941287332-26.3024614335-21.0356320347
21.71632609020.24599716652-0.02756439485421.679687469740.264652182583.1858392994-0.06341613399370.132942311803-0.175167918909-0.0015035516724-0.1329203171580.3130156426650.631745669992-0.4398516854723.36045888681E-100.792851550155-0.1408405742580.0219103438390.366933794263-0.1093711466040.62431731999532.4771894537-16.092659589621.3853747922
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 38 - 403 / Label seq-ID: 1 - 366

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain A and resseq 38:403)AA
22(chain B and resseq 38:403)BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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