PDB-9bju: Crystal structure of the complex between VHL, ElonginB, ElonginC,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bju

タイトル

Crystal structure of the complex between VHL, ElonginB, ElonginC, and compound 5

要素

(von Hippel-Lindau disease tumor ...) x 2
3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE
Elongin-B
Elongin-C

キーワード

TRANSCRIPTION / VHL / degradation / degrader

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / regulation of gene expression / microtubule cytoskeleton / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Murray, J.M. / Wu, H. / Fuhrmann, J. / Fairbrother, W.J. / DiPasquale, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Potency-Enhanced Peptidomimetic VHL Ligands with Improved Oral Bioavailability.
著者: Wu, H. / Murray, J. / Ishisoko, N. / Frommlet, A. / Deshmukh, G. / DiPasquale, A. / Mulvihill, M.M. / Zhang, D. / Quinn, J.G. / Blake, R.A. / Fairbrother, W.J. / Fuhrmann, J.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9bju_validation.pdf.gz	598.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bju_full_validation.pdf.gz	611.1 KB	表示
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CIF形式データ	9bju_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bolC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (32)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (5)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
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類似性 (5)
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類似性 (2)
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コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (1)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongin-B

B: Elongin-C

C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

D: Elongin-B

E: Elongin-C

F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

G: Elongin-B

H: Elongin-C

I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

J: Elongin-B

K: Elongin-C

L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

W: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

X: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

Y: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

Z: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

ヘテロ分子

175 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongin-B

B: Elongin-C

C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

Z: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44 kDa, 4 ポリマー
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2

D: Elongin-B

E: Elongin-C

F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

Y: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.7 kDa, 4 ポリマー
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3

G: Elongin-B

H: Elongin-C

I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

X: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 4 ポリマー
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4

J: Elongin-B

K: Elongin-C

L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

W: 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.297, 93.297, 362.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-404- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質	Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2 分子量: 11748.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質	Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1 分子量: 10843.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

#1: タンパク質

Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...

分子量: 11748.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

#2: タンパク質

Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...

分子量: 10843.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

-
Von Hippel-Lindau disease tumor ... , 2種, 4分子 CLFI

#3: タンパク質	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL 分子量: 20530.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL 分子量: 20514.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 WXYZ

#5: タンパク質・ペプチド	3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE 分子量: 491.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 139分子

#6: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 mM sodium cacodylate pH 5.7, 15% PEG8000, 0.2 M magnesium acetate, 5 mM DTT

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97893 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97893 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 58657 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 4.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.47-2.56	12.5	1.228	5725	0.839	0.955	0.358	1.281	0.931	100
2.56-2.66	13.8	0.962	5761	0.924	0.98	0.266	0.999	0.944	100
2.66-2.78	13.7	0.71	5745	0.944	0.985	0.197	0.737	0.998	100
2.78-2.93	13.6	0.455	5796	0.979	0.995	0.127	0.473	1.079	100
2.93-3.11	13.2	0.307	5804	0.986	0.997	0.087	0.319	1.068	100
3.11-3.35	12.5	0.212	5789	0.986	0.996	0.062	0.221	1.052	100
3.35-3.69	13.8	0.16	5846	0.992	0.998	0.045	0.166	1.057	100
3.69-4.22	13.4	0.12	5906	0.991	0.998	0.035	0.125	1.039	100
4.22-5.32	12.5	0.102	5957	0.995	0.999	0.03	0.107	0.976	100
5.32-50	12.3	0.074	6328	0.989	0.997	0.023	0.078	1.016	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.47→48.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 25.014 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25565	2942	5 %	RANDOM
R_work	0.2184	-	-	-
obs	0.2203	55496	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→48.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10799	0	201	128	11128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.014	11262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.374	1.69	15286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	1.648	23920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.209	5	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.503	21.158	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.506	15	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.007	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.566	3.098	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.556	3.094	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.585	4.631	6670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.585	4.631	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.721	3.334	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.721	3.335	5902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.628	4.933	8617
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.245	35.8	11640
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.245	35.801	11641
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3081	0.07
1	2	D	3081	0.07
2	1	A	3062	0.07
2	2	G	3062	0.07
3	1	A	3133	0.07
3	2	J	3133	0.07
4	1	B	2638	0.07
4	2	E	2638	0.07
5	1	B	2589	0.1
5	2	H	2589	0.1
6	1	B	2638	0.08
6	2	K	2638	0.08
7	1	C	4509	0.07
7	2	F	4509	0.07
8	1	C	4512	0.08
8	2	I	4512	0.08
9	1	C	4533	0.07
9	2	L	4533	0.07
10	1	D	3116	0.07
10	2	G	3116	0.07
11	1	D	3058	0.07
11	2	J	3058	0.07
12	1	E	2577	0.1
12	2	H	2577	0.1
13	1	E	2631	0.08
13	2	K	2631	0.08
14	1	F	4507	0.08
14	2	I	4507	0.08
15	1	F	4514	0.08
15	2	L	4514	0.08
16	1	G	3059	0.07
16	2	J	3059	0.07
17	1	H	2612	0.09
17	2	K	2612	0.09
18	1	I	4603	0.09
18	2	L	4603	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.473→2.537 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	227	-
R_work	0.32	3987	-
obs	-	-	98.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9993	0.2404	1.7421	0.3682	1.5045	7.7682	0.2545	-0.2885	0.2424	-0.1909	-0.1384	-0.1854	-0.4578	-0.0181	-0.1161	0.2148	0.1424	0.2142	0.2912	0.2124	0.3929	-19.3278	5.6943	38.6945
2	2.8168	-1.6412	-0.4245	4.0718	2.3034	5.5347	-0.0078	-0.3448	-0.3513	-0.1151	-0.2743	0.3795	0.2547	-0.3984	0.2821	0.1922	-0.0078	0.0996	0.1758	0.0161	0.2087	-24.6845	2.131	41.7004
3	8.2624	0.1937	2.6356	0.8663	1.9103	13.1514	0.0323	-0.3889	-1.2097	0.8911	0.135	-0.1101	1.4422	-0.7619	-0.1672	1.0056	0.1532	-0.0149	0.3889	0.0776	0.4316	-25.7142	-3.0699	49.2969
4	4.4063	2.226	4.2445	9.9964	0.7263	6.0846	0.2932	-0.51	0.1548	0.5156	-0.0682	-0.7833	0.093	0.373	-0.225	0.2353	-0.0087	0.1313	0.5876	-0.1938	0.3738	-20.2503	9.7862	50.2902
5	3.8141	-1.4147	-2.3419	5.7452	2.511	5.3919	0.3187	-0.4313	0.1723	0.1305	-0.1523	-0.3334	-0.7384	0.5151	-0.1664	0.2127	-0.0343	0.0399	0.2162	0.0169	0.1716	-16.3939	7.9743	40.0979
6	6.9748	-3.3253	-3.2802	15.522	-2.5938	2.7839	0.1552	0.084	0.1109	-0.4701	-0.1089	-0.0199	0.046	-0.0333	-0.0464	0.4953	0.014	0.0004	0.572	0.0124	0.5441	-24.1646	-9.9973	57.4295
7	1.0265	-2.9135	0.1551	10.7584	2.7894	4.242	-0.1019	-0.1007	-0.1046	0.4171	0.159	0.1874	0.1536	-0.153	-0.0571	0.4041	0.0695	0.0095	0.4374	0.0558	0.3819	-16.4633	-4.7914	53.1074
8	0.4344	-1.1238	-0.8816	6.1114	5.6475	5.3341	-0.1324	0.087	-0.4521	0.0748	0.0473	0.3578	-0.0241	0.1748	0.085	0.3094	-0.0751	0.1332	0.6511	0.0131	0.7421	-8.0032	-4.6869	41.102
9	2.2403	5.5564	-3.4635	14.247	-8.0829	6.0537	0.2352	-0.1476	-0.2309	0.5789	-0.1957	-0.7737	-0.1138	0.3343	-0.0395	0.3146	0.0118	-0.0592	0.5743	0.0439	0.695	4.7909	-2.9897	31.067
10	11.1411	-0.4039	9.3201	1.5632	-5.4862	25.14	0.1105	-0.1333	0.1482	0.0509	0.0803	0.0368	-0.0743	-0.0519	-0.1908	0.3526	-0.0127	0.0349	0.4907	-0.0852	0.5553	10.5504	0.7479	24.1766
11	5.4123	-1.367	1.5058	6.6222	1.1916	8.8813	-0.0382	0.0248	-0.8676	-0.1829	0.0178	0.5265	0.4936	-0.6478	0.0203	0.2799	-0.0077	0.1178	0.1446	-0.0169	0.3443	-19.1558	-7.8378	27.5104
12	2.3031	1.307	-0.7804	4.7597	2.4144	4.9365	0.0715	0.027	0.0151	-0.1804	0.1051	-0.0382	-0.514	0.1789	-0.1766	0.2888	0.0053	0.1256	0.0803	-0.0053	0.2155	-10.6636	3.856	24.5915
13	6.5336	-3.5746	4.7576	2.9087	-3.0119	7.9652	0.1062	0.329	0.0173	-0.208	0.1212	0.4333	-0.1591	-0.3081	-0.2274	0.705	-0.1109	0.1489	0.195	0.0461	0.4218	-11.8499	27.6698	5.2481
14	2.519	-0.9699	0.8798	4.7749	-2.3462	4.3915	0.058	0.1462	0.1197	-0.1897	0.0208	-0.0433	-0.3545	0.139	-0.0788	0.6	-0.0513	0.1951	0.1057	-0.0232	0.2929	-7.2186	25.4348	7.043
15	7.8232	-2.9494	-0.733	12.0805	2.7736	4.6956	0.4247	0.3004	0.1663	-0.9391	-0.3092	0.5719	-0.0482	-0.2291	-0.1155	0.5011	0.0013	0.0574	0.2891	0.0127	0.4238	-18.2064	26.0329	6.3728
16	0.9949	3.4371	-0.0481	12.0968	0.3722	2.363	0.0195	0.0562	0.4207	-0.1539	0.0659	1.2905	-0.5369	-0.5393	-0.0853	0.7149	0.1511	0.1398	0.2291	-0.0314	0.4614	-14.3996	22.5275	15.3486
17	10.7627	2.9511	-2.6623	6.5745	-2.3219	2.9806	0.0876	0.0547	0.459	-0.2208	0.223	-0.3377	-0.1905	0.3929	-0.3105	0.3762	-0.0367	0.1577	0.1247	-0.0856	0.2291	-2.6761	5.1026	18.1547
18	2.4609	1.5494	0.7264	7.0933	-0.8498	0.5584	0.3529	0.3018	-0.0752	0.4144	-0.3121	-0.2712	0.0435	0.3492	-0.0408	0.4087	-0.0101	0.0634	0.4689	-0.0443	0.4425	8.0306	-0.5865	15.1336
19	4.7826	5.0294	-1.671	7.3959	2.8303	11.0018	0.2484	0.0085	-0.4772	0.3301	0.0692	-0.7927	0.1678	0.5506	-0.3177	0.3777	0.0382	0.1294	0.4443	-0.0401	0.4708	0.6112	0.2867	9.6685
20	8.6264	3.733	3.9919	3.0655	0.4926	3.3684	-0.0173	0.0324	-0.2348	-0.1151	0.0153	0.0172	0.2404	-0.3749	0.002	0.563	0.0117	-0.0138	0.4685	-0.0314	0.5397	-10.8738	11.9025	-0.3295
21	3.7994	0.319	-0.3626	0.0373	0.1833	6.0735	-0.0375	0.0366	0.1309	0.0304	-0.0019	-0.0049	0.2338	-0.2372	0.0394	0.3867	-0.0576	0.0158	0.3548	-0.0092	0.3029	27.5982	2.3151	38.8883
22	2.7197	-3.1124	-1.2214	8.8553	3.5055	8.4353	-0.0515	-0.4108	-0.3011	0.2676	-0.0798	0.5729	1.0241	-0.7917	0.1313	0.4619	-0.1706	0.0456	0.3748	-0.0402	0.3393	25.48	-0.1331	39.493
23	3.9568	6.9685	-0.0458	12.6041	0.6769	8.8626	0.1408	-0.0535	0.0612	0.369	0.0342	0.4923	1.0774	-0.9655	-0.1751	0.6259	-0.3288	0.2099	0.8151	0.0614	0.7355	18.5223	-1.7707	44.3102
24	1.0216	-1.092	-1.2642	2.0326	-0.5129	6.351	-0.6016	0.0518	-0.621	1.0023	0.6895	1.0618	1.1873	-1.2322	-0.0879	1.4984	-0.2822	0.3815	0.8815	0.2512	0.6448	20.7223	-6.0737	49.5592
25	0.2246	0.4237	1.3688	3.6585	1.7063	8.9641	0.1458	-0.1348	0.0193	1.1277	-0.278	-0.0319	0.8999	-0.3845	0.1322	0.5714	-0.0141	0.1543	0.6699	-0.0869	0.4193	26.8011	6.527	50.4682
26	9.668	-1.0587	-1.8791	1.931	4.0524	8.5665	0.079	-0.5758	0.2788	0.1366	-0.079	-0.0284	0.318	-0.0658	0	0.4171	-0.051	0.018	0.336	-0.0057	0.2226	30.5165	4.3753	40.234
27	2.5745	5.0949	4.4192	16.2978	4.2564	10.8399	0.0847	0.1926	0.009	0.024	-0.0286	0.1495	0.1899	0.6721	-0.056	0.6343	0.0289	0.1105	0.5077	0.0648	0.6234	21.8438	-12.8391	57.7956
28	0.417	0.6394	-0.9794	1.4664	-3.2761	9.0553	-0.0063	-0.2749	-0.3732	0.15	-0.4161	-0.3825	-0.7633	0.3476	0.4224	0.74	0.1187	-0.0276	0.4761	-0.0039	0.6232	34.2302	-8.4785	47.2219
29	9.1189	3.8988	-0.5688	3.0473	-0.2965	0.0394	-0.082	-0.0487	-0.2499	-0.0767	0.0458	-0.3973	0.0215	0.0277	0.0363	0.5127	0.0502	-0.0406	0.5691	-0.0293	0.564	53.4035	-5.9261	27.8314
30	6.0028	2.3213	0.139	2.3347	3.113	6.558	-0.1482	0.0403	-0.3213	0.1996	-0.1824	0.0885	0.4671	-0.3846	0.3306	0.5371	-0.1122	0.0689	0.3667	0.012	0.5163	23.5218	-10.1529	31.4013
31	26.3877	-1.0196	-12.6972	4.6826	9.7081	24.5607	0.0773	0.0601	-0.535	0.6094	-0.349	-0.0063	1.227	-0.9423	0.2717	0.6406	-0.0022	-0.055	0.395	-0.0332	0.4607	36.3175	-14.6901	34.4981
32	5.0703	-0.9471	-5.0469	3.849	5.2657	10.1572	0.2897	0.4236	0.1233	0.2163	-0.441	0.2463	0.1776	-0.9073	0.1513	0.5635	-0.227	0	0.3532	-0.0593	0.4311	24.3497	-6.0272	28.5577
33	18.6418	0.322	-20.4375	0.01	-0.3587	22.4214	0.4701	1.22	0.3582	0.0619	0.0287	0.0428	-0.5516	-1.3506	-0.4988	0.8386	0.0651	0.1959	0.5853	0.1267	0.7303	26.6006	-11.2697	19.484
34	6.4268	0.5165	-9.073	13.1124	1.0541	13.0672	0.1367	0.0859	0.3784	-0.0759	0.3671	0.5086	-0.1601	-0.1462	-0.5038	0.5012	-0.0604	-0.0486	0.5406	-0.0132	0.6216	20.341	-15.3153	24.952
35	12.7388	-7.7	2.1587	10.0701	5.2216	8.2559	0.0167	0.3578	-1.4163	0.493	0.1142	0.8794	0.6652	0.3407	-0.1309	0.8906	-0.0832	-0.0342	0.4384	-0.0919	0.4986	33.5592	-16.0166	27.2429
36	3.0885	0.6935	0.0076	10.3779	-0.4873	8.6875	0.044	-0.0483	-0.1291	0.2438	-0.0598	-0.1829	0.7915	-0.4908	0.0158	0.3841	-0.0553	0.0267	0.1438	-0.0215	0.2073	32.6009	-0.6148	27.3088
37	1.503	2.5845	0.7885	5.8913	-2.353	10.2493	0.0213	-0.1277	0.3331	0.1495	-0.1243	0.546	-0.5244	-0.5685	0.1031	0.557	-0.0067	0.1279	0.4116	-0.0602	0.3292	33.9431	9.3866	23.7915
38	6.9865	3.3199	1.662	3.3699	2.9539	3.2498	0.194	-0.1853	-0.0705	0.3888	-0.0392	-0.285	0.537	0.1437	-0.1548	0.444	0.031	-0.0013	0.2585	0.011	0.3624	41.3141	-6.4195	22.3684
39	6.7193	-1.4125	-2.4158	0.3207	0.4251	1.3299	0.369	0.7796	-0.1707	-0.0378	-0.2684	0.065	-0.4744	-0.0755	-0.1006	0.8824	0.0491	0.0011	0.6958	0.0072	0.5594	31.8003	23.4377	-5.5491
40	2.7268	-2.0377	0.8483	4.9421	-1.9725	4.9439	0.2152	0.1365	0.2758	-0.349	-0.0774	-0.0428	-1.1822	-0.206	-0.1378	0.8662	-0.0277	0.1301	0.1809	-0.0458	0.3798	38.7037	23.3319	7.9413
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	85 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	95 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	100 - 104
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	17 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	67 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	61 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	84 - 131
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	132 - 141
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	145 - 157
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	158 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	170 - 181
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	182 - 193
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	194 - 205
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	1 - 9
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	10 - 23
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	24 - 35
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	36 - 45
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	46 - 60
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	61 - 79
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	80 - 84
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	85 - 94
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	95 - 103
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	17 - 22
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	23 - 27
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	28 - 38
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	39 - 45
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	46 - 58
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	59 - 66
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	67 - 83
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	84 - 96
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	97 - 112
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	62 - 70
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	71 - 121
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	122 - 141
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	142 - 157
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	158 - 169
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	170 - 181
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	182 - 193
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	194 - 205
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	1 - 9
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	10 - 35
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	36 - 45
50	X-RAY DIFFRACTION	50	G	46 - 60
51	X-RAY DIFFRACTION	51	G	61 - 79
52	X-RAY DIFFRACTION	52	G	80 - 84
53	X-RAY DIFFRACTION	53	G	85 - 94
54	X-RAY DIFFRACTION	54	G	95 - 103
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	17 - 61
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	62 - 83
57	X-RAY DIFFRACTION	57	H	84 - 96
58	X-RAY DIFFRACTION	58	H	97 - 112
59	X-RAY DIFFRACTION	59	I	61 - 83
60	X-RAY DIFFRACTION	60	I	84 - 141
61	X-RAY DIFFRACTION	61	I	142 - 181
62	X-RAY DIFFRACTION	62	I	182 - 193
63	X-RAY DIFFRACTION	63	I	194 - 207
64	X-RAY DIFFRACTION	64	J	1 - 9
65	X-RAY DIFFRACTION	65	J	10 - 35
66	X-RAY DIFFRACTION	66	J	36 - 45
67	X-RAY DIFFRACTION	67	J	46 - 60
68	X-RAY DIFFRACTION	68	J	61 - 79
69	X-RAY DIFFRACTION	69	J	80 - 84
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84	X-RAY DIFFRACTION	84	L	194 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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