PDB-9bjm: Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bjm

タイトル

Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein

要素

Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / Viral Protein / Complex / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

human respiratory syncytial virus (ウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Shaffer, P.L. / Milligan, C. / Abeywickrema, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Spiro-Azetidine Oxindoles as Long-Acting Injectables for Pre-Exposure Prophylaxis against Respiratory Syncytial Virus Infections.
著者: Kesteleyn, B. / Herschke, F. / Darville, N. / Stoops, B. / Jacobs, T. / Jacoby, E. / Shaffer, P. / Lammens, L. / Van Rompaey, D. / Matcha, K. / Martinez Lamenca, C. / Coesemans, E. / Hache, G. ...

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bjm.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bjm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bjm_validation.pdf.gz	785.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bjm_full_validation.pdf.gz	790.4 KB	表示
XML形式データ	9bjm_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	9bjm_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (4) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

A: Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
191 kDa, 3 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.018, 170.018, 170.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-798- HOH
2	1	A-1006- HOH
3	1	A-1024- HOH

#1: タンパク質	Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein 分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) human respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W8RJF9, UniProt: M1E1E4
#2: 化合物	ChemComp-A1APZ / 1'-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-1,3-benzimidazol-2-yl]methyl}-1-(methanesulfonyl)spiro[azetidine-3,3'-indol]-2'(1'H)-one 分子量: 526.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₃H₂₂ClF₃N₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3M NaFormate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→49.08 Å / Num. obs: 51555 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 59.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.14
反射シェル	解像度: 2.07→2.144 Å / 冗長度: 58.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 5080 / CC_1/2: 0.733 / R_pim(I) all: 0.45 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS	20210323	データ削減
XDS	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→49.08 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	2576	5 %
R_work	0.1846	-	-
obs	0.1855	51551	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→49.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3307	0	35	331	3673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	4614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.135	452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.11	0.3864	142	0.3121	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2393	142	0.2606	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.2496	140	0.2297	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.25	0.2442	142	0.2083	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.25	141	0.2029	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.37	0.2214	142	0.1955	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.2317	142	0.1932	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.51	0.2278	142	0.2069	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.2778	142	0.2106	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.71	0.2295	142	0.1903	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.83	0.2121	143	0.1898	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.2251	143	0.1946	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.17	0.2113	144	0.1856	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.41	0.1751	143	0.168	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.75	0.174	145	0.1541	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.3	0.1568	147	0.1481	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-5.41	0.1554	149	0.1455	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-49.08	0.2136	159	0.2177	3007	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2662	0.535	-0.0589	8.3175	3.1541	1.4577	-0.043	-0.116	0.0005	0.4288	0.0531	0.2317	0.189	-0.1038	-0.0346	0.249	0.0233	-0.0062	0.2661	0.0525	0.2171	0.5657	9.8536	35.6719
2	2.4769	-0.1752	1.4612	0.8952	-0.0208	2.6782	-0.0732	0.354	-0.5673	-0.1625	0.0797	0.0942	1.0082	0.436	-0.0782	0.5237	-0.0855	0.0361	0.267	-0.0407	0.3438	8.8548	-17.1741	5.6298
3	3.045	3.1474	3.4637	4.9059	2.3334	5.1733	-0.5695	0.7214	-0.1984	-0.7708	0.2688	0.2391	0.3554	0.0934	0.3571	0.723	-0.1433	0.0486	0.4764	-0.1511	0.5508	5.0652	-14.682	-14.6143
4	2.4215	0.443	0.0721	3.0963	0.7605	2.8568	-0.1523	0.2719	-0.6206	-0.5379	0.2979	-0.3509	0.4939	0.4306	-0.1432	0.3994	0.0705	0.04	0.2401	0.0062	0.3015	18.3713	-12.8199	9.66
5	4.1326	-0.3722	0.308	4.7193	-0.6117	5.8864	-0.53	0.132	-1.2533	-0.2898	-0.481	-0.3129	1.6471	0.3962	0.7356	0.8779	-0.0296	0.1401	0.3549	0.0171	0.8452	9.1768	-25.9278	7.7512
6	2.7883	0.4842	2.2549	1.1952	0.5018	2.1083	-0.1069	0.3846	-0.8343	-0.3347	-0.0575	0.2827	1.0045	-0.6731	0.0155	0.8233	-0.339	-0.0332	0.5984	-0.3099	0.7727	-2.4552	-19.2775	-10.3193
7	1.1724	0.0326	-0.2562	1.5102	0.5074	1.5332	-0.111	0.0515	-0.2848	-0.0015	-0.0201	0.2445	0.3347	-0.1454	0.1714	0.2179	-0.0177	-0.0266	0.2037	0.0239	0.2426	5.9877	-4.453	18.2662
8	1.6575	0.2295	0.1097	3.972	1.1228	1.7003	-0.0935	-0.1008	0.0008	0.068	0.0434	0.1663	0.0398	-0.0817	0.0409	0.1964	0.02	-0.0048	0.2615	0.0562	0.2242	11.0413	5.0858	31.7599
9	2.6411	-0.851	0.4692	1.8905	-0.4998	1.5382	0.0001	-0.1774	0.1059	0.0443	0.0314	0.092	-0.0493	-0.053	-0.0208	0.204	0.0288	0.0242	0.2131	-0.0144	0.208	0.1089	23.3123	30.7077
10	6.8309	6.7528	2.9633	6.693	3.4196	2.9583	-0.0708	-0.0378	0.5674	0.2624	-0.0716	-1.0912	-0.0702	0.5254	-0.1345	0.3584	-0.0924	-0.2522	0.4992	0.0287	0.8538	29.4899	31.7256	41.6081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 75 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 171 through 194 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 240 through 345 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 346 through 394 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 395 through 491 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 492 through 516 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)