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Yorodumi- PDB-9bjm: Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9bjm | ||||||
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Title | Crystal Structure of Inhibitor 5c in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein | ||||||
Components | Prefusion RSV F (DS-CAV1),Envelope glycoprotein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / Viral Protein / Complex / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | human respiratory syncytial virus Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Shaffer, P.L. / Milligan, C. / Abeywickrema, P. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: Spiro-Azetidine Oxindoles as Long-Acting Injectables for Pre-Exposure Prophylaxis against Respiratory Syncytial Virus Infections. Authors: Kesteleyn, B. / Herschke, F. / Darville, N. / Stoops, B. / Jacobs, T. / Jacoby, E. / Shaffer, P. / Lammens, L. / Van Rompaey, D. / Matcha, K. / Martinez Lamenca, C. / Coesemans, E. / Hache, ...Authors: Kesteleyn, B. / Herschke, F. / Darville, N. / Stoops, B. / Jacobs, T. / Jacoby, E. / Shaffer, P. / Lammens, L. / Van Rompaey, D. / Matcha, K. / Martinez Lamenca, C. / Coesemans, E. / Hache, G. / Pieters, S. / Lecomte, M. / Hu, L. / Demin, S. / Milligan, C. / Abeywickrema, P. / De Bruyn, S. / Van Den Berg, J. / Ysebaert, N. / De Zwart, L. / Najera, I. / Rigaux, P. / Roymans, D. / Jonckers, T.H.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9bjm.cif.gz | 196.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9bjm.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 9bjm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9bjm_validation.pdf.gz | 785.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 9bjm_full_validation.pdf.gz | 790.4 KB | Display | |
Data in XML | 9bjm_validation.xml.gz | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | 9bjm_validation.cif.gz | 31.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 63218.344 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) human respiratory syncytial virus, (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: W8RJF9, UniProt: M1E1E4 |
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#2: Chemical | ChemComp-A1APZ / Mass: 526.959 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Formula: C23H22ClF3N4O3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 3M NaFormate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.07→49.08 Å / Num. obs: 51555 / % possible obs: 99.98 % / Redundancy: 59.8 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.14 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.144 Å / Redundancy: 58.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 5080 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.45 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07→49.08 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 20 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→49.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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