PDB-9bjh: Crystal structure of neutralizing human monoclonal antibody 75C8 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bjh

タイトル

Crystal structure of neutralizing human monoclonal antibody 75C8 in complex with AMA1 DI-DII

要素

75C8 Fab Heavy Chain
75C8 Fab Light Chain
Apical membrane antigen 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Apical membrane antigen 1 / AMA1 / Plasmodium / Malaria / Antigen-Antibody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Patel, P.N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2025
タイトル: A strain-transcending anti-AMA1 human monoclonal antibody neutralizes malaria parasites independent of direct RON2L receptor blockade.
著者: Patel, P.N. / Diouf, A. / Dickey, T.H. / Tang, W.K. / Hopp, C.S. / Traore, B. / Long, C.A. / Miura, K. / Crompton, P.D. / Tolia, N.H.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bjh.cif.gz	973.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bjh.ent.gz	678.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9bjgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Apical membrane antigen 1

B: Apical membrane antigen 1

H: 75C8 Fab Heavy Chain

I: 75C8 Fab Heavy Chain

L: 75C8 Fab Light Chain

M: 75C8 Fab Light Chain

179 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Apical membrane antigen 1

H: 75C8 Fab Heavy Chain

L: 75C8 Fab Light Chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
89.5 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Apical membrane antigen 1

I: 75C8 Fab Heavy Chain

M: 75C8 Fab Light Chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
89.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.868, 71.620, 132.927
Angle α, β, γ (deg.)	94.105, 99.195, 112.393
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Apical membrane antigen 1 / Merozoite surface antigen 分子量: 39655.469 Da / 分子数: 2 / 変異: T64A, T188A, S273A, S323A, S324A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1133400 / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7KQK5
#2: 抗体	75C8 Fab Heavy Chain 分子量: 25851.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	75C8 Fab Light Chain 分子量: 23993.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	The author states that all N-linked glycosylation sites (NXS/T) were modified by substituting the ...The author states that all N-linked glycosylation sites (NXS/T) were modified by substituting the serine or threonine residue with an alanine residue to prevent N-linked glycosylation.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 50% (v/v) PEG 400, 0.2M sodium chloride, 0.1M CHES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→19.87 Å / Num. obs: 41930 / % possible obs: 86.57 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.06 Å² / CC_1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1122 / R_pim(I) all: 0.1122 / R_rim(I) all: 0.1586 / Net I/σ(I): 3.52
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.4818 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 3285 / CC_1/2: 0.591 / CC star: 0.862 / R_pim(I) all: 0.4818 / R_rim(I) all: 0.6814 / % possible all: 74.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487	位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→19.87 Å / SU ML: 0.3948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.1523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	1860	4.78 %
R_work	0.2107	37075	-
obs	0.2128	38941	86.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11215	0	0	21	11236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4731	15645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	2023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.7723	4175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.3832	120	0.3105	2537	X-RAY DIFFRACTION	74.2
2.87-2.96	0.324	130	0.2915	2453	X-RAY DIFFRACTION	76.69
2.96-3.05	0.3507	127	0.2752	2598	X-RAY DIFFRACTION	78.76
3.05-3.16	0.317	120	0.273	2507	X-RAY DIFFRACTION	75.97
3.16-3.29	0.3342	141	0.2545	2902	X-RAY DIFFRACTION	87.49
3.29-3.44	0.27	152	0.2413	2962	X-RAY DIFFRACTION	89.46
3.44-3.62	0.3035	150	0.2128	2973	X-RAY DIFFRACTION	90.6
3.62-3.84	0.2603	157	0.21	2969	X-RAY DIFFRACTION	91.75
3.84-4.14	0.2226	150	0.1952	2995	X-RAY DIFFRACTION	91.13
4.14-4.55	0.2351	141	0.1746	2969	X-RAY DIFFRACTION	89.19
4.55-5.2	0.2135	156	0.1634	3025	X-RAY DIFFRACTION	92.31
5.2-6.51	0.2167	162	0.1961	3147	X-RAY DIFFRACTION	95.39
6.51-19.87	0.191	154	0.1914	3038	X-RAY DIFFRACTION	92.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.81050005221	0.222039242418	0.146238843883	4.24648716302	-1.2075917361	3.89253136154	-0.205551262354	-0.355099973889	0.284951262739	1.06908609031	-0.128304733868	-0.260132163195	-1.35443508004	-0.545295992138	-0.268234376462	0.298198875344	0.111286043531	0.0116532953667	0.41719401803	-0.0392252424568	0.346966565302	-30.0715416199	12.3724969103	-2.65007836176
2	3.71132380254	0.833988438949	-0.753083917837	4.049340028	-0.339973656101	3.36572922907	-0.146461321415	-0.278079673449	-0.553939997487	0.324794490844	0.125170334594	0.127633063633	0.284771447149	-0.141739639341	0.00575091035011	0.320879537313	0.0547752662931	0.0100666538122	0.360559772557	0.0677259329947	0.35075046181	-32.7994182484	-8.72383306126	-4.51444945715
3	5.54140947161	0.127810807618	-0.592911497624	3.99737041483	-0.0588949171262	4.58993232281	-0.0342888980018	-0.372262904686	0.0737005305178	0.507425758214	0.0678227491944	0.222936725487	0.148514206767	-0.417337083837	-0.00506935274395	0.384883090431	0.00781381025179	0.039487758017	0.292728808655	0.0649541306715	0.382151895141	-36.220459811	-2.99801890647	-1.71173517664
4	5.76834658791	0.972910025252	0.141336439359	3.94105478995	1.12304113799	5.24248534258	0.144035176716	-0.216459363281	0.203796191062	-0.218771025135	-0.267712926571	-0.26085458063	0.491942161911	0.0936968495504	-0.150144499067	0.369343251899	0.0249458717948	0.00801519167642	0.259011516197	0.112234419568	0.282876063956	-22.3912978722	-4.28045341597	-8.95771567928
5	0.0931107381816	0.162900296367	-0.119229751481	3.51751913227	-2.23333237961	2.03250031939	0.210029781552	0.209845903687	0.208587851355	-0.107065685498	0.00146421676795	0.478564834257	-0.535258704304	-0.902506925928	-0.424233751329	0.463871661094	0.0944162666835	-0.026291486291	0.400306225009	0.0305709634455	0.617831466193	-32.6429430196	14.5535649286	-14.8359489793
6	2.39434107681	0.400727644574	-0.269543452274	0.829301542179	0.321886261003	2.98400197669	-0.00322236158891	-0.0882504838574	0.38075688085	-0.0874542124585	-0.0851073303415	-0.0696514186113	-0.344958455707	0.0189552840359	0.0825591857981	0.376035416823	0.0588244899673	-0.0306907054815	0.248140877987	0.0839513704762	0.478813562865	-20.1039821267	14.3708277256	-15.2348710174
7	3.43970918849	1.23200444881	0.660162737437	1.94399271393	0.539608069104	2.89855148379	0.0311026723725	0.156502075338	0.00240003283317	-0.167776448205	-0.251622799698	0.0290157982168	0.254729120766	-0.109271953109	0.174063200311	0.272561906404	0.0727646358198	0.0154740258867	0.388107616356	0.0132617811373	0.50253669095	-28.7307574227	-63.1244604893	20.9662687669
8	1.74896717742	-0.773475672481	1.86415746587	3.14385486299	0.379539165297	6.19121019801	-0.0349024577338	0.251395923011	0.135269221492	-0.471881824475	-0.123330478523	0.505542467822	-0.204522121987	-0.443226514367	0.142937665193	0.355563620846	0.0765489824544	-0.0530112400964	0.451907348511	0.0524094484798	0.446890894888	-40.6576819872	-49.0248843599	18.6462756536
9	4.01826519954	-0.158492666881	-1.40794806522	4.85067052257	0.01938597759	6.28772356952	0.142690495382	0.162490870181	0.492772977283	-0.262951100682	-0.0415771577757	-0.409950621482	-0.00281405997343	0.13392409319	-0.0762031465551	0.310669808103	0.0778848126836	-0.0257567063199	0.276953858152	0.0791510397831	0.36841338137	-25.2781855471	-50.6838614142	23.4875521799
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32	0.123186066581	-0.513474120665	-0.550228104889	5.23896846578	2.58471317148	2.04383684395	-0.183051221239	0.149542645155	-0.0694607214554	1.15062659908	0.0973539838788	-0.182205196335	0.117990273512	0.321120124334	0.0525579402721	0.776236803213	0.0907362540636	-0.337676917807	0.65560244626	-0.16424812191	1.06564149229	21.4029846297	-20.5716425768	72.322947163

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 108 through 144 )	A	A	108 - 144	1 - 37
2	2	chain 'A' and (resid 145 through 201 )	A	A	145 - 201	38 - 91
3	3	chain 'A' and (resid 202 through 264 )	A	A	202 - 264	92 - 154
4	4	chain 'A' and (resid 265 through 290 )	A	A	265 - 290	155 - 173
5	5	chain 'A' and (resid 291 through 316 )	A	A	291 - 316	174 - 199
6	6	chain 'A' and (resid 317 through 438 )	A	A	317 - 438	200 - 285
7	7	chain 'B' and (resid 108 through 163 )	B	B	108 - 163	1 - 56
8	8	chain 'B' and (resid 164 through 237 )	B	B	164 - 237	57 - 126
9	9	chain 'B' and (resid 238 through 290 )	B	B	238 - 290	127 - 170
10	10	chain 'B' and (resid 291 through 438 )	B	B	291 - 438	171 - 283
11	11	chain 'H' and (resid 2 through 18 )	H	C	2 - 18	1 - 17
12	12	chain 'H' and (resid 19 through 83 )	H	C	19 - 83	18 - 82
13	13	chain 'H' and (resid 84 through 118 )	H	C	84 - 118	83 - 117
14	14	chain 'H' and (resid 119 through 223 )	H	C	119 - 223	118 - 222
15	15	chain 'I' and (resid 2 through 18 )	I	D	2 - 18	1 - 17
16	16	chain 'I' and (resid 19 through 60 )	I	D	19 - 60	18 - 59
17	17	chain 'I' and (resid 61 through 108 )	I	D	61 - 108	60 - 107
18	18	chain 'I' and (resid 109 through 197 )	I	D	109 - 197	108 - 192
19	19	chain 'I' and (resid 198 through 222 )	I	D	198 - 222	193 - 217
20	20	chain 'L' and (resid 1 through 18 )	L	E	1 - 18	1 - 18
21	21	chain 'L' and (resid 19 through 30 )	L	E	19 - 30	19 - 30
22	22	chain 'L' and (resid 31 through 91 )	L	E	31 - 91	31 - 91
23	23	chain 'L' and (resid 92 through 114 )	L	E	92 - 114	92 - 114
24	24	chain 'L' and (resid 115 through 151 )	L	E	115 - 151	115 - 151
25	25	chain 'L' and (resid 152 through 173 )	L	E	152 - 173	152 - 173
26	26	chain 'L' and (resid 174 through 214 )	L	E	174 - 214	174 - 214
27	27	chain 'M' and (resid -1 through 18 )	M	F	-1 - 18	1 - 20
28	28	chain 'M' and (resid 19 through 91 )	M	F	19 - 91	21 - 93
29	29	chain 'M' and (resid 92 through 114 )	M	F	92 - 114	94 - 116
30	30	chain 'M' and (resid 115 through 151 )	M	F	115 - 151	117 - 153
31	31	chain 'M' and (resid 152 through 175 )	M	F	152 - 175	154 - 177
32	32	chain 'M' and (resid 176 through 214 )	M	F	176 - 214	178 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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