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- PDB-9bjg: Crystal structure of broadly neutralizing human monoclonal antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bjg
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing human monoclonal antibody 75B10 in complex with AMA1
要素
  • 75B10 Fab Heavy Chain
  • 75B10 Fab Light Chain
  • Apical membrane antigen 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Apical membrane antigen 1 / Plasmodium / Malaria / Antigen-Antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Patel, P.N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAAI001236 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2025
タイトル: A strain-transcending anti-AMA1 human monoclonal antibody neutralizes malaria parasites independent of direct RON2L receptor blockade.
著者: Patel, P.N. / Diouf, A. / Dickey, T.H. / Tang, W.K. / Hopp, C.S. / Traore, B. / Long, C.A. / Miura, K. / Crompton, P.D. / Tolia, N.H.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1
H: 75B10 Fab Heavy Chain
L: 75B10 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9683
ポリマ－89,9683
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.236, 93.236, 228.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1 / Merozoite surface antigen


分子量: 39655.469 Da / 分子数: 1 / 変異: T64A, T188A, S273A, S323A, S324A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1133400 / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7KQK5
#2: 抗体 75B10 Fab Heavy Chain


分子量: 26511.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 75B10 Fab Light Chain


分子量: 23800.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHL-sec / Cell (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The author states that all N-linked glycosylation sites (NXS/T) were modified by substituting the ...The author states that all N-linked glycosylation sites (NXS/T) were modified by substituting the serine or threonine residue with an alanine residue to prevent N-linked glycosylation.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Imidazole, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.88 Å / Num. obs: 26126 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2585 / Rpim(I) all: 0.08541 / Rrim(I) all: 0.2725 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.594 / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 1954 / CC1/2: 0.573 / CC star: 0.854 / Rpim(I) all: 0.5225 / Rrim(I) all: 1.679 / % possible all: 77.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.21_5207精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.88 Å / SU ML: 0.3643 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.8581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 1843 7.64 %
Rwork0.1987 22288 -
obs0.2013 24131 92.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5578 0 0 15 5593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00385714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58747757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1523768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.980.36511180.31741400X-RAY DIFFRACTION77.49
2.98-3.070.32281200.29451490X-RAY DIFFRACTION81.89
3.07-3.160.3221320.28191570X-RAY DIFFRACTION85.06
3.16-3.280.311440.25971599X-RAY DIFFRACTION88.52
3.28-3.410.29331380.25291695X-RAY DIFFRACTION92.86
3.41-3.560.25691400.22651740X-RAY DIFFRACTION93.86
3.56-3.750.25181410.20071734X-RAY DIFFRACTION94.27
3.75-3.980.24741480.19311784X-RAY DIFFRACTION96.6
3.98-4.290.2141440.16791802X-RAY DIFFRACTION96.91
4.29-4.710.18051540.14591805X-RAY DIFFRACTION97.46
4.71-5.380.16791540.15211857X-RAY DIFFRACTION98.24
5.38-6.730.1941520.18651858X-RAY DIFFRACTION97.48
6.74-19.880.20941580.18881954X-RAY DIFFRACTION97.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.117381746521.1734867941-1.630153516025.95496340225-1.864838669524.872143265970.0243139499294-0.451015509379-0.02584897032560.531609753808-0.227552572544-0.344741012149-0.01985374573611.003715204910.1715967703580.3899250369350.0385714158047-0.05822623769690.671136123964-0.06458168139020.336217245262-39.29434.41235.296
24.21865881102-0.2543705596020.240751640096.22495765631.372283911076.48588553501-0.07606877083880.05156042377390.708636183161-0.3659097669540.0181661161042-0.141228210391-0.8409365739940.01074851820360.02951681400170.302014404918-0.0402482146897-0.09947445055990.471258850207-0.02168523378130.327206985941-43.31338.58214.674
32.995593257710.08657806013160.6925899668025.22279970319-0.3244602801933.08824963538-0.1587055419830.184815955004-0.199502417357-0.06611025694310.100061930845-0.236755644866-0.1509730231390.2422739932670.02277032072820.264844320136-0.00594172543840.01341504989090.504342121115-0.05813464278810.27999273603-39.84334.51619.808
42.991780127880.0566539556724-1.192544376924.542293149280.08276318781964.218824608310.0600400849227-0.4999135570680.04636049469560.671324483848-0.1035610294560.1028978971380.1941860199470.01082950554730.0727027902670.4023384563590.00199827654226-0.02394266887660.576449409598-0.0640316657480.274196920425-54.06331.93439.731
55.705142665874.87654101931.493075834056.342234241962.086188382181.81906082236-0.005437279769170.0854305448401-0.3634454016790.14625023176-0.0810553589997-0.3546621154850.0976607498704-0.05397174923640.0536005599350.444246649270.04407758894880.02476837797870.4108985109410.055068183710.303854434714-52.4826.8416.682
68.22166797798-0.3014633354471.926929508117.4038045860.05610176211365.592582731610.452935615472-0.4350172615010.0296144596280.11897709231-0.2614633750330.4232350909360.866161618922-0.184940674638-0.2257043714550.3816568012810.0004441887970960.08470195453910.3210795257320.01876795214450.306969798895-61.35611.99311.054
71.061923510330.304297840790.4683459466382.183022743692.32381774313.048391613390.111841252073-0.0627029325156-0.102669326680.115818646567-0.1141073311140.1006530197930.239023795877-0.1339908296640.0274816015120.2808715371530.02167440772860.03742718004630.292051789330.07588438163660.358617067556-61.4436.17-2.098
82.390369373621.16036515729-0.4360404598583.85664007114-1.162472137834.94094590444-0.07031737391690.319544936731-0.347330307339-0.455322946661-0.0938437671253-0.3099482589150.4519720164460.3445470286550.07988907747140.4832705828080.083678315858-0.004130098154020.380407308387-0.01450195918030.435311200728-62.265-0.807-23.389
94.85410712849-2.781622187231.253530885082.388053481461.488921483685.95455434492-0.253191463363-0.173561774399-0.0465914001154-0.0719076919705-0.2529769849760.344959770044-0.253222693663-0.5022123328790.5418333824050.29213328731-0.0420629203416-0.03585599742770.268444861433-0.0512981216530.387423764892-67.91528.4550.725
103.288107304661.104487300291.638789096523.86002351453-0.8590261404994.22999723739-0.08302390886840.4316907140720.319399503242-0.733712401652-0.0307171910286-0.428379486282-0.2685969038090.8446525186650.1390820892190.3510057738880.003094265651180.03278486812070.4484129800870.05230609634890.358981206717-55.42426.553-1.737
112.37399637455-0.2910182271570.2080044584963.674517375241.339257020335.42310961498-0.04074331972790.0488822894920.395524942672-0.20722632401-0.3327351198220.0976938618295-0.789434138214-0.03687879597450.3970642005030.3608885521970.0171361900496-0.0323115269950.306026765938-0.01802081742890.391643719928-62.97230.021-3.101
122.935034071370.33909518132-0.9703291823096.366708923580.2585047440372.0373410515-0.08590776067120.0968914464116-0.00096704586980.12692825018-0.2886211525320.8255730365470.273849276509-1.434969512810.4080893022970.2533331592180.002335926171930.05909583983720.6192131224680.001560275640590.360050140914-67.06921.5138.915
135.03498100841.724145991210.2980798721794.706295273533.473094858834.69786325638-0.38439191951-0.554492992441.19601986855-0.5781439197090.1960096006940.548923869741-0.513619991179-0.3703435443430.1524782744350.7058817945750.165889579231-0.181083508110.478925530632-0.06494979220330.631895868109-69.10124.658-22.003
142.851004867343.072311870340.9520638624744.098163495691.439433519852.10268718335-0.0249663008870.237546451940.196999471766-0.533876302241-0.01954893601740.647201952093-0.0202628763966-0.01206829241020.09743078452780.5222869901790.0785026322827-0.107451790750.570577294050.008702365183090.445699055333-75.1514.356-27.568
153.403179281742.450907310880.5024032524817.10116304050.133467185813.33904590299-0.04372900115010.4939500451860.157729721938-0.9601409457020.005144316406660.9710215981410.258300567211-0.482139516790.03038992154720.5113680364930.0998590756272-0.1013442009150.614958801345-0.03413858314310.483599594586-78.5495.986-28.016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 108:144 )A108 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 145:201 )A145 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 202:297 )A202 - 297
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 298:438 )A298 - 438
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 1:33 )H1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 34:60 )H34 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 61:178 )H61 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 179:229 )H179 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 1:38 )L1 - 38
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 39:61 )L39 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 62:90 )L62 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 91:102 )L91 - 102
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 103:113 )L103 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 114:150 )L114 - 150
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 151:212 )L151 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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