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- PDB-9biz: Crystal structure of the periplasmic domain of IgaA from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9biz
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of IgaA from Klebsiella pneumoniae
要素Intracellular growth attenuator protein igaA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Periplasmic protein / signal transduction / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Intracellular growth attenuator IgaA / Intracellular growth attenuator protein IgaA / plasma membrane / Intracellular growth attenuator protein igaA
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Watanabe, N. / Savchenko, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into the initiation step of the Rcs signaling pathway.
著者: Watanabe, N. / Savchenko, A.
履歴
登録2024年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intracellular growth attenuator protein igaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8781
ポリマ－29,8781
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.514, 146.443, 52.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.527, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

21A-809-

HOH

31A-815-

HOH

41A-822-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Intracellular growth attenuator protein igaA


分子量: 29877.654 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic domain (UNP residues 373-645) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: igaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA35H6S5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17504 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 57.42 Å2 / Rpim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 1.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 649 / CC1/2: 0.503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→39 Å / SU ML: 0.2839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.6678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 849 5.11 %
Rwork0.1947 15759 -
obs0.1967 16608 89.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 0 0 129 2148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01012057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05452803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7287756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.660.3348990.27791800X-RAY DIFFRACTION62.1
2.66-2.860.3171340.2712540X-RAY DIFFRACTION87.24
2.86-3.150.29621470.23822855X-RAY DIFFRACTION97.85
3.15-3.610.24261570.2112851X-RAY DIFFRACTION98.14
3.61-4.540.20531450.1692872X-RAY DIFFRACTION97.54
4.54-390.2111670.17472841X-RAY DIFFRACTION96.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.97628375098 Å / Origin y: 0.994053870875 Å / Origin z: 14.1195750345 Å
111213212223313233
T0.548106015981 Å20.0655470001172 Å20.155148412773 Å2-0.470643725512 Å20.0714995926566 Å2--0.502257315624 Å2
L1.04074757755 °2-2.51256214165 °21.18785965685 °2-5.77003428261 °2-1.68003647419 °2--0.399554868699 °2
S-0.0162964264785 Å °-0.0533147174431 Å °-0.200218708483 Å °0.268669973513 Å °0.0525751029828 Å °0.344517541833 Å °-0.064746167117 Å °-0.0493151919792 Å °-0.0561435180327 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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