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万見
- PDB-9bi4: cryo EM structure of dsDNA bound Mre11-Rad50 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bi4
タイトルcryo EM structure of dsDNA bound Mre11-Rad50 complex
要素
  • DNA repair protein RAD50
  • Double-strand break repair protein MRE11
  • one strand of dsDNA
  • second strand of dsDNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MRN / Mre11 / Rad50 / Nbs1 / DNA binding / DNA damage / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA double-strand break processing involved in repair via synthesis-dependent strand annealing / nucleoside monophosphate phosphorylation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / ascospore formation ...DNA double-strand break processing involved in repair via synthesis-dependent strand annealing / nucleoside monophosphate phosphorylation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / ascospore formation / R-loop processing / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / homologous chromosome pairing at meiosis / AMP kinase activity / double-stranded telomeric DNA binding / maintenance of DNA trinucleotide repeats / G-quadruplex DNA binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA double-strand break processing / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / double-strand break repair via break-induced replication / reciprocal meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / telomeric DNA binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance via telomerase / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / condensed nuclear chromosome / DNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / manganese ion binding / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad50, eukaryotes / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain ...DNA repair protein Rad50, eukaryotes / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD50 / Double-strand break repair protein MRE11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yu, Y. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136278 米国
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Structure guided functional analysis of the S. cerevisiae Mre11 complex.
著者: John Petrini / Marcel Hohl / You Yu / Vitaly Kuryavyi / Dinshaw Patel
要旨: The Mre11 complex comprises Mre11, Rad50 and Nbs1 (Xrs2 in ). The core components, Mre11 and Rad50 are highly conserved, with readily identifiable orthologs in all clades of life, whereas Nbs1/Xrs2 ...The Mre11 complex comprises Mre11, Rad50 and Nbs1 (Xrs2 in ). The core components, Mre11 and Rad50 are highly conserved, with readily identifiable orthologs in all clades of life, whereas Nbs1/Xrs2 are present only in eukaryotes. In eukaryotes, the complex is integral to the DNA damage response, acting in DNA double strand break (DSB) detection and repair, and the activation of DNA damage signaling. We present here a 3.2 Å cryo-EM structure of the Mre11-Rad50 complex with bound dsDNA. The structure provided a foundation for detailed mutational analyses regarding homo and heterotypic protein interfaces, as well as DNA binding properties of Rad50. We define several conserved residues in Rad50 and Mre11 that are critical to complex assembly as well as for DNA binding. In addition, the data reveal that the Rad50 coiled coil domain influences ATP hydrolysis over long distances.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA repair protein RAD50
D: DNA repair protein RAD50
B: Double-strand break repair protein MRE11
E: one strand of dsDNA
A: Double-strand break repair protein MRE11
F: second strand of dsDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)517,24714
ポリマ－515,9646
非ポリマー1,2838
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 CDBA

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD50 / 153 kDa protein


分子量: 152797.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD50, YNL250W, N0872 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P12753, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質 Double-strand break repair protein MRE11


分子量: 79607.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MRE11, YMR224C, YM9959.06C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32829

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 one strand of dsDNA


分子量: 25951.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 second strand of dsDNA


分子量: 25203.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.46 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes, pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 2% Glycerol, 0.025% (w/v) CHAPSO (3-([3-Cholamidopropyl]dimethylammonio)-2-hydroxy-1-propanesulfonate)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51.22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242558 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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