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万見
- EMDB-44558: cryo EM structure of dsDNA bound Mre11-Rad50 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44558
タイトルcryo EM structure of dsDNA bound Mre11-Rad50 complex
マップデータSharpen Map
試料
  • 複合体: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD50
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein MRE11
    • DNA: one strand of dsDNA
    • DNA: second strand of dsDNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードMRN / Mre11 / Rad50 / Nbs1 / DNA binding / DNA damage / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA double-strand break processing involved in repair via synthesis-dependent strand annealing / nucleoside monophosphate phosphorylation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / : / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Mre11 complex / chromatin extrusion motor activity ...DNA double-strand break processing involved in repair via synthesis-dependent strand annealing / nucleoside monophosphate phosphorylation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / : / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Mre11 complex / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / meiotic DNA double-strand break formation / ascospore formation / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / R-loop processing / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / homologous chromosome pairing at meiosis / AMP kinase activity / double-stranded telomeric DNA binding / maintenance of DNA trinucleotide repeats / G-quadruplex DNA binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA double-strand break processing / DNA clamp loader activity / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / double-strand break repair via break-induced replication / reciprocal meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / telomeric DNA binding / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance via telomerase / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / condensed nuclear chromosome / DNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / manganese ion binding / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad50, eukaryotes / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain ...DNA repair protein Rad50, eukaryotes / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD50 / Double-strand break repair protein MRE11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yu Y / Patel DJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136278 米国
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Structure guided functional analysis of the S. cerevisiae Mre11 complex.
著者: John Petrini / Marcel Hohl / You Yu / Vitaly Kuryavyi / Dinshaw Patel
要旨: The Mre11 complex comprises Mre11, Rad50 and Nbs1 (Xrs2 in ). The core components, Mre11 and Rad50 are highly conserved, with readily identifiable orthologs in all clades of life, whereas Nbs1/Xrs2 ...The Mre11 complex comprises Mre11, Rad50 and Nbs1 (Xrs2 in ). The core components, Mre11 and Rad50 are highly conserved, with readily identifiable orthologs in all clades of life, whereas Nbs1/Xrs2 are present only in eukaryotes. In eukaryotes, the complex is integral to the DNA damage response, acting in DNA double strand break (DSB) detection and repair, and the activation of DNA damage signaling. We present here a 3.2 Å cryo-EM structure of the Mre11-Rad50 complex with bound dsDNA. The structure provided a foundation for detailed mutational analyses regarding homo and heterotypic protein interfaces, as well as DNA binding properties of Rad50. We define several conserved residues in Rad50 and Mre11 that are critical to complex assembly as well as for DNA binding. In addition, the data reveal that the Rad50 coiled coil domain influences ATP hydrolysis over long distances.
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年1月15日-
現状2025年1月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpen Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 303.24 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 303.24 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 303.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-1.8372029 - 3.8090835
平均 (標準偏差)0.0012663357 (±0.08582862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 303.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_44558_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_44558_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex

全体名称: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex
要素
  • 複合体: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD50
    • タンパク質・ペプチド: Double-strand break repair protein MRE11
    • DNA: one strand of dsDNA
    • DNA: second strand of dsDNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex

超分子名称: dsDNA bound yeast Mre11-Rad50 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 460 KDa

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分子 #1: DNA repair protein RAD50

分子名称: DNA repair protein RAD50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 152.797688 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAIYKLSIQ GIRSFDSNDR ETIEFGKPLT LIVGMNGSGK TTIIECLKYA TTGDLPPNSK GGVFIHDPKI TGEKDIRAQV KLAFTSANG LNMIVTRNIQ LLMKKTTTTF KTLEGQLVAI NNSGDRSTLS TRSLELDAQV PLYLGVPKAI LEYVIFCHQE D SLWPLSEP ...文字列:
MSAIYKLSIQ GIRSFDSNDR ETIEFGKPLT LIVGMNGSGK TTIIECLKYA TTGDLPPNSK GGVFIHDPKI TGEKDIRAQV KLAFTSANG LNMIVTRNIQ LLMKKTTTTF KTLEGQLVAI NNSGDRSTLS TRSLELDAQV PLYLGVPKAI LEYVIFCHQE D SLWPLSEP SNLKKKFDEI FQAMKFTKAL DNLKSIKKDM SVDIKLLKQS VEHLKLDKDR SKAMKLNIHQ LQTKIDQYNE EV SEIESQL NEITEKSDKL FKSNQDFQKI LSKVENLKNT KLSISDQVKR LSNSIDILDL SKPDLQNLLA NFSKVLMDKN NQL RDLETD ISSLKDRQSS LQSLSNSLIR RQGELEAGKE TYEKNRNHLS SLKEAFQHKF QGLSNIENSD MAQVNHEMSQ FKAF ISQDL TDTIDQFAKD IQLKETNLSD LIKSITVDSQ NLEYNKKDRS KLIHDSEELA EKLKSFKSLS TQDSLNHELE NLKTY KEKL QSWESENIIP KLNQKIEEKN NEMIILENQI EKFQDRIMKT NQQADLYAKL GLIKKSINTK LDELQKITEK LQNDSR IRQ VFPLTQEFQR ADLEMDFQKL FINMQKNIAI NNKKMHELDR RYTNALYNLN TIEKDLQDNQ KSKEKVIQLL SENLPED CT IDEYNDVLEE TELSYKTALE NLKMHQTTLE FNRKALEIAE RDSCCYLCSR KFENESFKSK LLQELKTKTD ANFEKTLK D TVQNEKEYLH SLRLLEKHII TLNSINEKID NSQKCLEKAK EETKTSKSKL DELEVDSTKL KDEKELAESE IRPLIEKFT YLEKELKDLE NSSKTISEEL SIYNTSEDGI QTVDELRDQQ RKMNDSLREL RKTISDLQME KDEKVRENSR MINLIKEKEL TVSEIESSL TQKQNIDDSI RSKRENINDI DSRVKELEAR IISLKNKKDE AQSVLDKVKN ERDIQVRNKQ KTVADINRLI D RFQTIYNE VVDFEAKGFD ELQTTIKELE LNKAQMLELK EQLDLKSNEV NEEKRKLADS NNEEKNLKQN LELIELKSQL QH IESEISR LDVQNAEAER DKYQEESLRL RTRFEKLSSE NAGKLGEMKQ LQNQIDSLTH QLRTDYKDIE KNYHKEWVEL QTR SFVTDD IDVYSKALDS AIMKYHGLKM QDINRIIDEL WKRTYSGTDI DTIKIRSDEV SSTVKGKSYN YRVVMYKQDV ELDM RGRCS AGQKVLASII IRLALSETFG ANCGVIALDQ PTTNLDEENI ESLAKSLHNI INMRRHQKNF QLIVITHDEK FLGHM NAAA FTDHFFKVKR DDRQKSQIEW VDINRVTY

UniProtKB: DNA repair protein RAD50

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分子 #2: Double-strand break repair protein MRE11

分子名称: Double-strand break repair protein MRE11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 79.607297 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDYPDPDTIR ILITTDNHVG YNENDPITGD DSWKTFHEVM MLAKNNNVDM VVQSGDLFHV NKPSKKSLYQ VLKTLRLCCM GDKPCELEL LSDPSQVFHY DEFTNVNYED PNFNISIPVF GISGNHDDAS GDSLLCPMDI LHATGLINHF GKVIESDKIK V VPLLFQKG ...文字列:
MDYPDPDTIR ILITTDNHVG YNENDPITGD DSWKTFHEVM MLAKNNNVDM VVQSGDLFHV NKPSKKSLYQ VLKTLRLCCM GDKPCELEL LSDPSQVFHY DEFTNVNYED PNFNISIPVF GISGNHDDAS GDSLLCPMDI LHATGLINHF GKVIESDKIK V VPLLFQKG STKLALYGLA AVRDERLFRT FKDGGVTFEV PTMREGEWFN LMCVHQNHTG HTNTAFLPEQ FLPDFLDMVI WG HEHECIP NLVHNPIKNF DVLQPGSSVA TSLCEAEAQP KYVFILDIKY GEAPKMTPIP LETIRTFKMK SISLQDVPHL RPH DKDATS KYLIEQVEEM IRDANEETKQ KLADDGEGDM VAELPKPLIR LRVDYSAPSN TQSPIDYQVE NPRRFSNRFV GRVA NGNNV VQFYKKRSPV TRSKKSGING TSISDRDVEK LFSESGGELE VQTLVNDLLN KMQLSLLPEV GLNEAVKKFV DKDEK TALK EFISHEISNE VGILSTNEEF LRTDDAEEMK ALIKQVKRAN SVRPTPPKEN DETNFAFNGN GLDSFRSSNR EVRTGS PDI TQSHVDNESR ITHISQAESS KPTSKPKRVR TATKKKIPAF SDSTVISDAE NELGDNNDAQ DDVDIDENDI IMVSTDE ED ASYGLLNGRK TKTKTRPAAS TKTASRRGKG RASRTPKTDI LGSLLAKKRK YDYKDDDDKH HHHH

UniProtKB: Double-strand break repair protein MRE11

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分子 #3: one strand of dsDNA

分子名称: one strand of dsDNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.951223 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
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分子 #4: second strand of dsDNA

分子名称: second strand of dsDNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.203014 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Hepes, pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 2% Glycerol, 0.025% (w/v) CHAPSO (3-([3-Cholamidopropyl]dimethylammonio)-2-hydroxy-1-propanesulfonate)
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.22 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 242558
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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