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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bht | ||||||||||||
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タイトル | Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7 of Ciona intestinalis by Cryo-EM | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / Complex / SPA / Cytoskeleton / Septin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / cilium / kinetochore / microtubule cytoskeleton / protein localization ...septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / cilium / kinetochore / microtubule cytoskeleton / protein localization / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mendonca, D.C. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
資金援助 | ブラジル, 3件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural Insights into Ciona intestinalis Septins: Complexes Suggest a Mechanism for Nucleotide-dependent Interfacial Cross-talk. 著者: Deborah C Mendonça / Sinara T B Morais / Heloísa Ciol / Andressa P A Pinto / Diego A Leonardo / Humberto D'Muniz Pereira / Napoleão F Valadares / Rodrigo V Portugal / Bruno P Klaholz / ...著者: Deborah C Mendonça / Sinara T B Morais / Heloísa Ciol / Andressa P A Pinto / Diego A Leonardo / Humberto D'Muniz Pereira / Napoleão F Valadares / Rodrigo V Portugal / Bruno P Klaholz / Richard C Garratt / Ana P U Araujo / 要旨: Septins are filamentous nucleotide-binding proteins which can associate with membranes in a curvature-dependent manner leading to structural remodelling and barrier formation. Ciona intestinalis, a ...Septins are filamentous nucleotide-binding proteins which can associate with membranes in a curvature-dependent manner leading to structural remodelling and barrier formation. Ciona intestinalis, a model for exploring the development and evolution of the chordate lineage, has only four septin-coding genes within its genome. These represent orthologues of the four classical mammalian subgroups, making it a minimalist non-redundant model for studying the modular assembly of septins into linear oligomers and thereby filamentous polymers. Here, we show that C. intestinalis septins present a similar biochemistry to their human orthologues and also provide the cryo-EM structures of an octamer, a hexamer and a tetrameric sub-complex. The octamer, which has the canonical arrangement (2-6-7-9-9-7-6-2) clearly shows an exposed NC-interface at its termini enabling copolymerization with hexamers into mixed filaments. Indeed, only combinations of septins which had CiSEPT2 occupying the terminal position were able to assemble into filaments via NC-interface association. The CiSEPT7-CiSEPT9 tetramer is the smallest septin particle to be solved by Cryo-EM to date and its good resolution (2.7 Å) provides a well-defined view of the central NC-interface. On the other hand, the CiSEPT7-CiSEPT9 G-interface shows signs of fragility permitting toggling between hexamers and octamers, similar to that seen in human septins but not in yeast. The new structures provide insights concerning the molecular mechanism for cross-talk between adjacent interfaces. This indicates that C. intestinalis may represent a valuable tool for future studies, fulfilling the requirements of a complete but simpler system to understand the mechanisms behind the assembly and dynamics of septin filaments. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bht.cif.gz | 341.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bht.ent.gz | 264.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bht_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9bht_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9bht_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bht_validation.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bht | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44552MC 9bhwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50766.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: タンパク質 | 分子量: 49661.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6V5P8 #3: タンパク質 | 分子量: 48769.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2Y169 #4: 化合物 | ChemComp-GDP / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ciona intestinalis Septin Hexameric Complex SEPT2/SEPT6/SEPT7 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Ciona intestinalis (ゆうれいぼや) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304274 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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