PDB-9beb: Tungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9beb

タイトル

Tungstate binding protein (Tungbindin) from Eubacterium limosum with eight Tungstates bound

要素

Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Tungsten / metal binding / metal oxyanion / hexamer

機能・相同性

Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / molybdate ion transport / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / TUNGSTATE(VI)ION / Molybdenum-pterin-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Eubacterium limosum (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhou, D. / Rose, J.P. / Chen, L. / Wang, B.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Storage of the vital metal tungsten in a dominant SCFA-producing human gut microbe Eubacterium limosum and implications for other gut microbes.
著者: Shao, N. / Zhou, D. / Schut, G.J. / Poole, F.L. / Coffey, S.B. / Donaghy, A.P. / Putumbaka, S. / Thorgersen, M.P. / Chen, L. / Rose, J. / Wang, B.-.C. / Adams, M.W.W.

履歴

登録	2024年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9beb.cif.gz	288.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9beb.ent.gz	195.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9beb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9beb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9bedC 9belC 9bemC 9bjfC 9d2cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

B: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

C: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

D: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

E: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

F: Molybdenum-pterin binding domain-containing protein

ヘテロ分子

51.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.816, 74.816, 156.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-267- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 1 - 68 / Label seq-ID: 1 - 68

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 1 through 69)	A	A
2	2	chain 'B'	B	B
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 69)	C	C
4	4	chain 'D'	D	D
5	5	(chain 'E' and resid 1 through 69)	E	E
6	6	chain 'F'	F	F

#1: タンパク質	Molybdenum-pterin binding domain-containing protein / Molybdopterin-binding protein / Tungstate binding protein / Tungbindin 分子量: 8224.404 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium limosum (バクテリア) 遺伝子: C7955_103236, SAMN04515624_10415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FVB3
#2: 化合物	ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION 分子量: 247.838 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 15%(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.846→39.08 Å / Num. obs: 67407 / % possible obs: 92.48 % / 冗長度: 18.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 42.92
反射シェル	解像度: 1.846→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / Num. unique obs: 1258 / CC_1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / R_pim(I) all: 0.149 / R_rim(I) all: 0.297 / % possible all: 66.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21	モデル構築
PHENIX	1.21	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.21	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.08 Å / SU ML: 0.1734 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.4294
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	3650	5.41 %
R_work	0.1608	63757	-
obs	0.1622	67407	92.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2984	0	40	464	3488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0143	3018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6766	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0784	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9214	430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.2373	75	0.2248	1312	X-RAY DIFFRACTION	49.68
1.87-1.9	0.2921	100	0.3117	1692	X-RAY DIFFRACTION	64.41
1.9-1.92	0.2632	113	0.2028	2005	X-RAY DIFFRACTION	74.13
1.92-1.95	0.2424	121	0.2019	2132	X-RAY DIFFRACTION	82.29
1.95-1.98	0.2156	136	0.1692	2318	X-RAY DIFFRACTION	88.24
1.98-2.02	0.1934	137	0.1362	2473	X-RAY DIFFRACTION	91.87
2.02-2.05	0.1581	151	0.1388	2545	X-RAY DIFFRACTION	96.94
2.05-2.09	0.1883	145	0.1459	2619	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.09-2.13	0.2007	153	0.1581	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.1908	152	0.1551	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.24	131	0.2521	2274	X-RAY DIFFRACTION	85.83
2.22-2.27	0.2794	150	0.2605	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.27-2.33	0.27	131	0.2413	2244	X-RAY DIFFRACTION	84.94
2.33-2.39	0.2419	149	0.157	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.39-2.46	0.1919	147	0.1496	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.54	0.1754	150	0.1373	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.63	0.1884	149	0.1395	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.63-2.73	0.1815	150	0.1492	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.73-2.86	0.1893	157	0.1466	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.86-3.01	0.1706	146	0.1488	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.01-3.2	0.1529	154	0.1544	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.2-3.45	0.1966	145	0.1549	2612	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.45-3.79	0.1574	154	0.1519	2574	X-RAY DIFFRACTION	97.15
3.79-4.34	0.1418	152	0.1213	2599	X-RAY DIFFRACTION	98.46
4.34-5.46	0.1388	153	0.1297	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.47-39.08	0.1955	149	0.1833	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.324559672079	-0.168111533955	0.244347599139	0.149666598502	-0.150168810763	0.191321324447	0.0213083970163	0.114636519936	-0.0627000667701	-0.163510981031	0.0213655544302	-0.076759319939	-0.119239150598	-0.0737988221731	-0.00122949735032	0.193309715641	0.0204225531169	0.0336819980612	0.222879249247	0.0203845742112	0.14431468025	25.9967089901	-9.602712605	-5.65926019642
2	0.107488307311	0.0114550141831	0.0286811082958	0.312320277504	-0.25291491056	0.197666130085	0.0421181375652	0.168114714862	-0.0946999354198	-0.173139436065	-0.109218205289	0.0124987261482	0.179466899928	0.0291973667541	-0.0967624951946	0.155714251338	0.0160217837894	-0.00509150195001	0.24572571439	-0.0386507390392	0.115372995269	14.1533282219	-23.0701901829	-7.28534231989
3	0.271594204996	-0.040757864732	-0.118146520543	0.24923496722	-0.0114847156581	0.0804297820564	0.154569012918	0.0325033500929	-0.0674823876702	-0.123808772593	0.0109470071455	0.00798891850259	0.239662194453	0.039942207271	0.0452220378379	0.179426503346	0.0755266360113	-0.026247341842	0.251035683963	-0.0438188622139	0.12565163011	13.19008603	-24.7874882994	-3.96570559454
4	0.0315758352859	0.026343550129	0.0173312454997	0.0199212468427	0.0245774791142	0.0188814040166	0.00534058789004	0.141944932896	-0.186145185556	-0.0954193225093	0.0294707636903	0.0696834888644	0.0858468496861	-0.199400134139	-0.000110593869735	0.152761304706	0.0286581245207	-0.0273574839807	0.218406456064	-0.0205275115655	0.113849915025	9.2184242825	-17.8885095413	-3.25520133136
5	0.246492640432	0.00436669613851	-0.0173384620911	0.0305868084839	-0.036534017377	0.0710699399716	-0.0687849625162	0.20905573791	-0.00167858074868	-0.0713833944838	-0.0710203953043	-0.065904879086	0.141560242314	0.0543108233417	-0.109296080788	0.106229847481	0.0373388123321	0.0217964295336	0.213172031349	-0.0211225417085	0.116359314142	20.6788884554	-21.7633900472	-2.37695300187
6	0.00487786303188	0.0064670166987	-0.00197223902428	0.0129496824587	-0.000673051483559	0.00140587499759	-0.0771469512039	0.0438432778959	-0.103799608545	0.0815982119604	0.0138406914882	-0.0690685699782	0.097482802112	0.0120479774164	-0.00298072634012	0.152191920699	-0.0149768763996	0.0256322410268	0.208019494087	-0.0177344106904	0.204626394894	18.8113021374	-30.6442493006	9.239875496
7	0.0196119599481	-0.0280660712974	0.015883292969	0.0382655813232	-0.0183056026505	0.017927939921	-0.0748764564572	0.0827545835319	-0.0303379542009	-0.0223902647373	0.0344361381304	-0.0204593074218	0.0872674552076	0.0657888196694	-0.0326619032488	0.140885787169	0.07750702464	0.0467055051021	0.217862328988	0.00813815839198	0.168366106407	33.8608425251	-25.1325740811	1.32014029376
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29	0.0218963486664	-0.0077994156759	-0.0419529072187	0.0457688419706	-0.03209718948	0.133907476483	0.0131542256918	0.0786227906899	-0.0892976390292	0.0302890420759	0.00700185663007	0.0242839188537	-0.162036011994	-0.120394356965	-0.0106677024235	0.125292970924	0.0574678545589	-0.00395954328105	0.203744684424	0.0328651073545	0.159730113444	6.39366692661	-2.09141082835	9.4362833226
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33	0.0136976683661	-0.001710165442	0.0016571263155	0.126927019624	-0.00430963550504	0.0696680264823	-0.0288648503721	-0.0237900646541	0.1413932793	-0.153520411511	0.0148278197771	0.043036598111	-0.161366875707	0.0909122840005	-0.0170593819975	0.0977366008437	0.0451388529691	-0.00775018671612	0.117885502764	0.0354608599321	0.147347550862	19.0276832839	-3.78512458799	6.07325293091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 6 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 7 through 18 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 19 through 33 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 34 through 46 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 47 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 6 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 18 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 19 through 33 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 34 through 46 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 47 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 69 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 6 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 7 through 18 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 19 through 32 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 33 through 46 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 47 through 70 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 6 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 7 through 18 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 19 through 32 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 33 through 46 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 47 through 69 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 6 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 7 through 18 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 19 through 32 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 33 through 46 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 47 through 53 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 54 through 71 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 6 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 7 through 18 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 19 through 32 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 33 through 46 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 47 through 53 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 54 through 69 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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