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万見
- PDB-9bd6: PaMsbA in an occluded, outward conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bd6
タイトルPaMsbA in an occluded, outward conformation
要素ATP-dependent lipid A-core flippase
キーワードTRANSLOCASE / MsbA / zinc / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP transmembrane transporter activity / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / lipid A biosynthetic process / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP METAVANADATE / ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Bahramimoghaddam, H. / Laganowsky, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138863 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139876 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM1454316 米国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis for the Activation of MsbA by Divalent Metals.
著者: Jixing Lyu / Hanieh Bahramimoghaddam / Tianqi Zhang / Elena Scott / Sangho D Yun / Gaya P Yadav / Minglei Zhao / David Russell / Arthur Laganowsky /
要旨: Proteins involved in the biogenesis of lipopolysaccharide (LPS), a lipid exclusive to Gram-negative bacteria, are promising candidates for drug discovery. Specifically, the ABC transporter MsbA plays ...Proteins involved in the biogenesis of lipopolysaccharide (LPS), a lipid exclusive to Gram-negative bacteria, are promising candidates for drug discovery. Specifically, the ABC transporter MsbA plays a crucial role in translocating an LPS precursor from the cytoplasmic to the periplasmic facing leaflet of the inner membrane, and small molecules that inhibit its function exhibit bactericidal activity. Here, we use native mass spectrometry (MS) to determine lipid binding affinities of MsbA from (PaMsbA), a Gram-negative bacteria associated with hospital-acquired infections, in different conformations. Unlike the transporter from , we show that the ATPase activity of PaMsbA is stimulated by Zn, Ni, and Mn and successfully trapping the protein with vanadate requires one of these metal ions. We also present cryogenic-electron microscopy structures of PaMsbA in occluded and open outward-facing conformations determined to resolutions of 2.58 and 2.44 Å, respectively. The structures reveal a triad of histidine residues, and mutation of these residues abolishes Zn binding and stimulation of PaMsbA activity by metal ions. Together, our studies provide insight into the structure of PaMsbA and its lipid binding preferences and reveal that a subset of divalent metals stimulates its ATPase activity.
履歴
登録2024年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent lipid A-core flippase
B: ATP-dependent lipid A-core flippase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,74010
ポリマ－133,2942
非ポリマー1,4478
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent lipid A-core flippase / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 66646.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: msbA, PA4997 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 A1
参照: UniProt: Q9HUG8, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AD9 / ADP METAVANADATE


分子量: 527.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P2V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MsbA from Pseudomonas aeruginosa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.23 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21 A1 / プラスミド: pCDF
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 100mM NaCl, 20mM HEPES, 0.02% DDM
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50.73 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3138

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
4cryoSPARC4.4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4分類
14cryoSPARC4.4３次元再構成
画像処理詳細: Image processing and reconstruction was performed using cryoSPARC.
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1915839
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232095 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial local fitting was done using Chimera, manual model building in Coot, and one round of real space refinement in Phenix
原子モデル構築PDB-ID: 4WFF

4wff


PDB chain-ID: A / Accession code: 4WFF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.58 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039178
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61812444
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6741258
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411464
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0161572

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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