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- PDB-9bd3: Structure of the MAGEA4 MHD-RAD18 R6BD Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bd3
タイトルStructure of the MAGEA4 MHD-RAD18 R6BD Complex
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RAD18
  • Melanoma antigen A 4
キーワードCELL CYCLE / Rad18 / MAGEA4 / TLS / E3
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad6-Rad18 complex / positive regulation of chromosome segregation / Y-form DNA binding / nuclear inclusion body / DNA damage tolerance / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex ...Rad6-Rad18 complex / positive regulation of chromosome segregation / Y-form DNA binding / nuclear inclusion body / DNA damage tolerance / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / replication fork / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / single-stranded DNA binding / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / damaged DNA binding / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Rad18 / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain ...E3 ubiquitin-protein ligase Rad18 / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / Rad18-like CCHC zinc finger / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma antigen A 4 / E3 ubiquitin-protein ligase RAD18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Forker, K. / Zhou, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of MAGEA4 MHD-RAD18 R6BD reveals a flipped binding mode compared to AlphaFold2 prediction.
著者: Forker, K. / Fleming, M.C. / Pearce, K.H. / Vaziri, C. / Bowers, A.A. / Zhou, P.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoma antigen A 4
B: E3 ubiquitin-protein ligase RAD18
C: Melanoma antigen A 4
D: E3 ubiquitin-protein ligase RAD18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7074
ポリマ－56,7074
非ポリマー00
水1,47782
1
A: Melanoma antigen A 4
B: E3 ubiquitin-protein ligase RAD18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3532
ポリマ－28,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11880 Å2
手法PISA
2
C: Melanoma antigen A 4
D: E3 ubiquitin-protein ligase RAD18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3532
ポリマ－28,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.210, 85.210, 206.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Melanoma antigen A 4 / cDNA / FLJ94494 / Homo sapiens melanoma antigen / family A / 4 (MAGEA4) / mRNA


分子量: 24997.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGEA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RN33
#2: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase RAD18 / Postreplication repair protein RAD18 / hHR18 / hRAD18 / RING finger protein 73 / RING-type E3 ...Postreplication repair protein RAD18 / hHR18 / hRAD18 / RING finger protein 73 / RING-type E3 ubiquitin transferase RAD18


分子量: 3355.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NS91, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8000 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide, pH 7.5, 200 mM Ammonium sulfate, 10% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→42.6 Å / Num. obs: 26114 / % possible obs: 98.23 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 53.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0654 / Rpim(I) all: 0.0284 / Net I/σ(I): 19.04
反射 シェル解像度: 2.58→2.672 Å / Rmerge(I) obs: 0.8175 / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Num. unique obs: 2606 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.3607

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→42.6 Å / SU ML: 0.3733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 25.4442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1305 5 %
Rwork0.1912 24780 -
obs0.1929 26085 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 0 82 3725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57065067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9102514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.680.3531440.30872734X-RAY DIFFRACTION98.56
2.68-2.810.32671450.24342752X-RAY DIFFRACTION98.71
2.81-2.950.25821460.23282777X-RAY DIFFRACTION98.62
2.95-3.140.31591460.2462778X-RAY DIFFRACTION98.92
3.14-3.380.24581450.1982746X-RAY DIFFRACTION98.43
3.38-3.720.24121440.18562736X-RAY DIFFRACTION97.56
3.72-4.260.19671450.16442763X-RAY DIFFRACTION98.41
4.26-5.360.17861450.15962753X-RAY DIFFRACTION98.2
5.36-42.60.19921450.18522741X-RAY DIFFRACTION96.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.398276337761.108211176932.637585450591.522861529760.3122085598222.914608017960.109921728676-0.165339581560.09944326691830.234605518974-0.169897109149-0.148151380497-0.0501377917550.194682209870.05301574851650.447272679631-0.0280155199295-0.03860708779810.354694912450.03289722105530.422463422339-23.979890607326.3972657633-4.07971354278
22.820063277770.190651492588-0.2821969296393.80267805398-1.070914736833.88291798673-0.03973906429630.143228733275-0.343434183182-0.2434592330120.03173746801520.3508264539250.637819485289-0.357049251770.03777851255160.465066687671-0.0457566838528-0.07582455610810.335812192514-0.004778064103720.390028905522-42.50814466528.02134582958-12.447087876
34.265672766210.2004805883474.876071777175.175458103391.644988609686.19596565076-0.106666380523-0.158386829940.289998416573-0.358152030505-0.0727837066725-0.239119906874-0.1218937049690.908838155118-0.1421382318040.4409251085350.08718460716560.01506305991820.400435621710.01030839234910.40660905639-25.31361564438.78517762885-16.5532755411
44.513672314972.730788528362.653868072427.199448986965.102517210913.784287249920.8477376451720.276844272481-1.306307578160.332734297450.449548109139-1.150982292821.272797679340.521774267267-1.003549577110.7317855782680.0522984544211-0.2421910897080.609178291248-0.02312560207820.76626964231-10.322473268117.99691545142.84242107044
57.184282925390.432967193392-0.6265201700599.291765467192.171587136372.250902635050.11013388747-0.4454310266220.3978694173511.60770475997-0.246101227716-0.5582296456050.7483082208630.9059678825320.03222004641860.611104772787-0.00416205387154-0.1446775638690.4602181562150.06521224988950.484222808828-28.632318951910.4604805613-0.862064660267
64.314937467332.05742276814-2.333797001872.88313788607-1.771021095383.7255364448-0.08398343097380.4975491804760.117066041576-0.01086350104920.00436524977542-0.213262252279-0.093834559370.1201511760110.03314817075050.3684462385130.0736671777990.01901778777750.5587235771260.0769073416110.43259525255-31.59009862140.0265049271-29.8359920541
75.8969884855-1.681162779460.5746280537372.42329423223-0.7213283508454.374126864650.008155607526810.258179750102-0.296094464355-0.0123468631232-0.03291761883760.408061521709-0.020092249862-0.8620254940860.01466138633550.3830959764950.01700719672720.004695088606050.538959938079-0.01729299922560.40086855096-58.034993683435.454125302-22.6034491989
87.567034220693.84681924444-6.367588664896.8666759256-3.549777758589.192778491350.0462288501102-0.1052452688810.9354087719960.1607663835020.2527061922810.103491491564-0.2611072390350.137993556064-0.1662604475620.434702756270.1400131932430.06703032703480.398340804550.01575090355240.492393062854-46.790296137847.3820904234-16.105066968
96.92669497371-1.29414326041-5.879526188821.000025447681.940844975327.164570414541.4861562734-0.520291608692.00143827827-0.5449769574260.1626518540020.250809067234-0.7029272054870.568011761328-1.183915443470.9626435517290.1266559812930.2744460735190.5848788385540.1012148745080.744585948739-30.178760870956.2137974754-34.9238327951
102.956451292-0.937771864006-4.635532179745.32413044163.102165731648.027290316120.108924168171.136254309870.0687782126499-0.359645719066-0.423971479358-0.155242932654-1.11634177971-0.513517954134-0.03417043257870.4116273503180.0780998477715-0.012320003790.7584387059690.18030464180.58997720573-47.422662432946.4270818173-32.27047494
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 100 through 199 )AA100 - 1991 - 100
22chain 'A' and (resid 200 through 283 )AA200 - 283101 - 184
33chain 'A' and (resid 284 through 296 )AA284 - 296185 - 197
44chain 'A' and (resid 297 through 312 )AA297 - 312198 - 213
55chain 'B' and (resid 347 through 366 )BB347 - 3661 - 20
66chain 'C' and (resid 101 through 199 )CC101 - 1991 - 96
77chain 'C' and (resid 200 through 283 )CC200 - 28397 - 180
88chain 'C' and (resid 284 through 296 )CC284 - 296181 - 193
99chain 'C' and (resid 297 through 312 )CC297 - 312194 - 209
1010chain 'D' and (resid 347 through 366 )DD347 - 3661 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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