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- PDB-9bd2: MAGE-A3 MHD crystal soaked with KL861 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bd2
タイトルMAGE-A3 MHD crystal soaked with KL861
要素Melanoma-associated antigen 3
キーワードONCOPROTEIN / MAGE-A3 / Melanoma-associated antigen 3 / MAGE / MAGE-A3 MHD / KL861
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase binding / negative regulation of protein processing / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of autophagy / histone deacetylase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Melanoma-associated antigen 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Butrin, A. / Krone, M.W. / Li, K. / Bond, M.J. / Linhares, B.M. / Crews, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Development of Ligands and Degraders Targeting MAGE-A3.
著者: Li, K. / Krone, M.W. / Butrin, A. / Bond, M.J. / Linhares, B.M. / Crews, C.M.
履歴
登録2024年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoma-associated antigen 3
B: Melanoma-associated antigen 3
C: Melanoma-associated antigen 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5564
ポリマ－71,0263
非ポリマー5301
水1,20767
1
A: Melanoma-associated antigen 3

A: Melanoma-associated antigen 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3512
ポリマ－47,3512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
2
B: Melanoma-associated antigen 3
C: Melanoma-associated antigen 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8813
ポリマ－47,3512
非ポリマー5301
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.659, 103.402, 325.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

21A-334-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Melanoma-associated antigen 3 / Antigen MZ2-D / Cancer/testis antigen 1.3 / CT1.3 / MAGE-3 antigen


分子量: 23675.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAGEA3, MAGE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43357
#2: 化合物 ChemComp-A1AL3 / (furan-2-yl)[4-({(5P)-5-(1H-indazol-4-yl)-2-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]phenyl}methyl)piperazin-1-yl]methanone


分子量: 529.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H35N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MAGE-A3 MHD was buffer-exchanged into 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5 buffer using 10 kDa MWCO Centricon and concentrated to 5 mg/mL. MAGE-A3 MHD was crystallized using the hanging drop ...詳細: MAGE-A3 MHD was buffer-exchanged into 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5 buffer using 10 kDa MWCO Centricon and concentrated to 5 mg/mL. MAGE-A3 MHD was crystallized using the hanging drop vapor diffusion method in 16% PEG8000, 40 mM potassium phosphate, 20% glycerol. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed with an equal volume of well solution and incubated at 4 C. Once the crystals reached their maximum size, they were transferred to a cryo-protectant solution (well solution containing 30% glycerol and 1 mM KL861) and soaked with KL861 for 3.5 hours. The soaked crystals were flash-frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→81.42 Å / Num. obs: 46101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 53.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / Num. unique obs: 2251 / CC1/2: 0.321

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→81.42 Å / SU ML: 0.3531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.2304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 2335 5.07 %
Rwork0.2181 43745 -
obs0.2202 46080 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→81.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4960 0 39 67 5066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00365131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71676964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7427694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.280.39071130.33692535X-RAY DIFFRACTION99.66
2.28-2.330.34411430.32062546X-RAY DIFFRACTION99.89
2.33-2.390.35411300.29342510X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.440.38121320.28522584X-RAY DIFFRACTION99.89
2.44-2.510.30071180.29392533X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-2.580.35961130.30492590X-RAY DIFFRACTION99.96
2.58-2.670.34131420.28582557X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.760.3491570.25632499X-RAY DIFFRACTION99.89
2.76-2.870.28171430.24682539X-RAY DIFFRACTION99.89
2.87-3.010.28081540.22842519X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.160.25521700.23962558X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.360.28541160.24962597X-RAY DIFFRACTION99.96
3.36-3.620.27351410.21262580X-RAY DIFFRACTION99.82
3.62-3.990.25831570.20562580X-RAY DIFFRACTION99.71
3.99-4.560.24221310.18042599X-RAY DIFFRACTION100
4.56-5.750.22371400.19112647X-RAY DIFFRACTION99.96
5.75-81.420.2021350.1872772X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.935114769740.3956015559840.3085883305374.61098943752-0.2199475524761.729903622960.4108033963930.258682245884-0.46324091459-0.8260477097210.317985057673-0.5898634891110.8024848518590.0343638177508-0.6225063818410.784252775177-0.11551940226-0.1555650248280.478036283370.01098150539540.541704665061-12.955948374810.320259741559.3836928744
22.253028556820.3576262716860.8976211402270.696237137696-0.0736873337310.7131118470830.01381241726720.02026574095690.131890264773-0.5330180792430.3181099055650.3314801946820.5045004813780.0209287778934-0.2383012603240.64253977968-0.136911764689-0.1292997240160.5323723700110.116509961360.487054490502-19.4057677816.204172703960.5113727251
33.46702399185-0.2782481139780.5782286441911.697574021920.3841445376661.92699300648-0.0340791422402-0.3477324818040.218318642890.1163198416270.07686931679040.07381160023950.0629223904248-0.267217773844-0.04283355819660.288647553417-0.0281021971047-0.0213404377240.4960072487250.02874084251720.438259405556-10.974321237422.80273812484.3323297423
41.55746187697-1.772948497791.332573161535.579189400921.196648599574.73522795669-1.00338230613-0.3731724498230.2833183018151.24115282244-0.0402721758218-0.7915193095190.9978292618940.5726718813460.3049414289670.478202207601-0.08367541283360.01521584311770.638234063023-0.1592446243110.656990606617-40.86414729227.9496722763789.0288968802
56.07706931935-0.6114289374931.147046538712.29594117619-0.2270663026252.576860720220.250116548205-0.388546489976-0.345663993671-0.0946099200002-0.06665024288280.3239130211450.262492798723-0.339818085935-0.008355716379290.5755949595610.03635709234260.03399317887880.5680185563490.05773802531890.531729473146-53.066299490419.03747753518.49219830202
63.789037358581.30717901515-1.330984392484.021800702560.8471277225632.4546349553-0.3479643526430.304034488-0.363462968506-0.5484021981830.0892861782838-0.4403893841940.2720028263340.1561517318610.2568459625340.5872605984960.05991043962370.08726968538790.6691957316930.08662688192850.528675082365-42.868044103121.05181484230.964345989738
71.10731890577-0.01791813841951.010080392160.860544254195-1.542643497270.926355849982-0.15046640889-0.02856495754910.221325283085-0.134112985781-0.106349963247-0.2073987942430.1733395750390.1924220474560.2122762504490.5089344775190.06152354271580.0393646564530.6387699959520.03278503567980.400846628548-42.827260735923.672789832610.6181870145
81.80404608676-0.8795035685770.1571916518113.53586337033-0.8179500628394.25139785697-0.00310200921493-0.2289812797930.08409088825330.379501121512-0.318744457613-0.228605676958-0.138158855267-0.637032473340.2524947167710.441505782218-0.0671728667184-0.06008716124840.534459728863-0.00543408688320.454237420115-38.836751797318.822919625935.2619740279
94.603025373262.05326098939-0.8830822352684.242926450041.839524303841.89158814713-0.4449529203970.8007993548480.1961667287220.150525196147-0.118849935659-0.276421642742-0.594386317765-0.08630700921860.2372570257490.8454553975230.17015051753-0.1068788702420.6106199343990.08455573499240.674916386518-41.59884935533.302600739125.3764317816
101.26640812511.38648374707-1.274118103421.50893841393-1.64373571215.07110370346-0.2896795153190.191159166627-0.7276467073110.9220311724310.0118307479191-1.020457634260.67139348951-0.3438275892080.1235721865140.657918170109-0.2174410246970.1090950743280.707813631957-0.0834679056110.855959282785-65.562547378139.025446219834.8051668539
114.334016196242.166882321151.169088370866.02048084485-0.5920930363411.96217645519-0.3641035329260.4490426881960.409239273757-0.1464503632190.5702427970731.225895112260.0390425972576-0.371249064062-0.07965931076580.640204726643-0.131872186767-0.003418553082030.4899487488690.1009208834340.501816874393-42.6179081308-10.004314010447.2333290995
123.057792512311.52819079284-0.4205991895897.08508123981-2.99680529194.92743708433-0.243398588989-0.1315025598770.531764411310.76048245389-0.153401735080.4160769179520.149831143205-0.1716703648780.2322269066881.04258558689-0.208600418096-0.03468084231820.6351802163590.008293586194010.439834358809-36.1204103391-4.749512304856.2827320612
132.160791126471.40148916895-0.009807384845924.31577756491-3.620118416014.422277422930.160968196931-0.150971144905-0.4759344592870.568153677576-0.299253636126-0.304501901838-0.609421593218-0.7632906305950.400631205120.603936472502-0.169193447535-0.00706038035810.4206396115270.003067471097990.424552942865-37.1583860351-14.25785028548.7894687807
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 39 )AA1 - 391 - 39
22chain 'A' and (resid 40 through 82 )AA40 - 8240 - 82
33chain 'A' and (resid 83 through 192 )AA83 - 19283 - 192
44chain 'A' and (resid 193 through 209 )AA193 - 209193 - 209
55chain 'B' and (resid 1 through 24 )BB1 - 241 - 24
66chain 'B' and (resid 25 through 39 )BB25 - 3925 - 39
77chain 'B' and (resid 40 through 97 )BB40 - 9740 - 97
88chain 'B' and (resid 98 through 181 )BB98 - 18198 - 181
99chain 'B' and (resid 182 through 193 )BB182 - 193182 - 193
1010chain 'B' and (resid 194 through 209 )BB194 - 209194 - 209
1111chain 'C' and (resid 1 through 24 )CC1 - 241 - 24
1212chain 'C' and (resid 25 through 39 )CC25 - 3925 - 39
1313chain 'C' and (resid 40 through 61 )CC40 - 6140 - 61
1414chain 'C' and (resid 62 through 193 )CC62 - 19362 - 193
1515chain 'C' and (resid 194 through 209 )CC194 - 209194 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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