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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bcu | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | You, L. / Ebright, R.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination 著者: You, L. / Ebright, R.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bcu.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bcu.ent.gz | 793.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9bcu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/9bcu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 44439MC 9bctC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 11種, 11分子 ABCDEFHKLNP
#1: タンパク質 | 分子量: 103038.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE33 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 127468.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE32 |
#3: タンパク質 | 分子量: 43727.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE34, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 29657.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
#5: タンパク質 | 分子量: 21893.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JIY4 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14519.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
#7: タンパク質 | 分子量: 9522.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE31, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 6583.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
#9: タンパク質 | 分子量: 11013.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE88, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 7601.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJC9, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5553.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDM8, DNA-directed RNA polymerase |
-Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 GI
#12: タンパク質 | 分子量: 16776.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: spt5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JH33 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 8561.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: spt4, TK1698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JIY5 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 56
#15: DNA鎖 | 分子量: 11096.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 11060.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JM7
#14: タンパク質 | 分子量: 73473.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: TK1428 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JH24 #17: RNA鎖 | | 分子量: 16032.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 9分子
#18: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#19: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: FttA-dependent transcription termination complex containing 52 nt RNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.556 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48.33 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 977159 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137835 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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