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- PDB-9bct: Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bct
タイトルCryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 11
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • RNA
  • Transcription termination factor FttA
  • non-template strand DNA
  • template strand DNA
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / KH domain / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N ...Transcription termination factor CPSF1, archaea / KH domain, archaeal / KH domain / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / : / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / Transcription termination factor FttA / Transcription elongation factor Spt5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / Transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者You, L. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination.
著者: Linlin You / Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Konstantin Kuznedelov / Xinyi Miao / Breanna R Wenck / Paul Ulisse / Travis J Sanders / Craig J Marshall / Emre Firlar / Jason T Kaelber / ...著者: Linlin You / Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Konstantin Kuznedelov / Xinyi Miao / Breanna R Wenck / Paul Ulisse / Travis J Sanders / Craig J Marshall / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Thomas J Santangelo / Richard H Ebright /
要旨: The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre- ...The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre-termination complex comprising FttA, Spt4, Spt5 and a transcription elongation complex (TEC). The structure shows that FttA interacts with the TEC in a manner that enables RNA to proceed directly from the TEC RNA-exit channel to the FttA catalytic centre and that enables endonucleolytic cleavage of RNA by FttA, followed by 5'→3' exonucleolytic cleavage of RNA by FttA and concomitant 5'→3' translocation of FttA on RNA, to apply mechanical force to the TEC and trigger termination. The structure further reveals that Spt5 bridges FttA and the TEC, explaining how Spt5 stimulates FttA-dependent termination. The results reveal functional analogy between bacterial and archaeal factor-dependent termination, functional homology between archaeal and eukaryotic factor-dependent termination, and fundamental mechanistic similarities in factor-dependent termination in bacteria, archaea, and eukaryotes.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase subunit F
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
G: Transcription elongation factor Spt5
I: Transcription elongation factor Spt4
J: Transcription termination factor FttA
M: Transcription termination factor FttA
5: non-template strand DNA
6: template strand DNA
7: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)589,22027
ポリマ－588,67218
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 11種, 11分子 ABCDEFHKLNP

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A' / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N


分子量: 103038.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE33
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit B


分子量: 127468.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE32
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A" / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C


分子量: 43727.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE34, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D


分子量: 29657.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit E / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7


分子量: 21893.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 株: TS559 / 参照: UniProt: Q5JIY4
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit F


分子量: 14519.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit H / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5


分子量: 9522.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE31, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit K


分子量: 6583.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11


分子量: 11013.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE88, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10


分子量: 7601.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJC9, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit P / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12


分子量: 5553.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDM8, DNA-directed RNA polymerase

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Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 GI

#12: タンパク質 Transcription elongation factor Spt5


分子量: 16776.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: spt5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JH33
#13: タンパク質 Transcription elongation factor Spt4


分子量: 8561.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: spt4, TK1698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JIY5

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DNA鎖 , 2種, 2分子 56

#15: DNA鎖 non-template strand DNA


分子量: 11096.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 template strand DNA


分子量: 11060.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JM7

#14: タンパク質 Transcription termination factor FttA / Cleavage and polyadenylation specficity factor subunit homolog


分子量: 73473.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK1428 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JH24
#17: RNA鎖 RNA


分子量: 13649.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#19: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FttA-dependent transcription termination complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.556 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171269 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 79.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002340688
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.526955326
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04276205
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00486917
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.91916118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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