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- PDB-9bcj: Crystal structure of human hemoglobin in complex with the HbpA re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bcj
タイトルCrystal structure of human hemoglobin in complex with the HbpA receptor from Corynebacterium diphtheriae
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • Membrane protein
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / Hemoglobin / heme / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.691 Å
データ登録者Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI161828 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of hemoglobin binding and heme removal in Corynebacterium diphtheriae.
著者: Mahoney, B.J. / Lyman, L.R. / Ford, J. / Soule, J. / Cheung, N.A. / Goring, A.K. / Ellis-Guardiola, K. / Collazo, M.J. / Cascio, D. / Ton-That, H. / Schmitt, M.P. / Clubb, R.T.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5639
ポリマ－52,9593
非ポリマー1,6046
水4,846269
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Membrane protein
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,12718
ポリマ－105,9186
非ポリマー3,20812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area17660 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.925, 58.925, 286.146
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Membrane protein


分子量: 21918.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A31S, TEV cleavage scar
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP2330 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NEE5

-
非ポリマー , 4種, 275分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG-2000 MME, 100 mM Tris, 240 mM TMAO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.691→19.596 Å / Num. obs: 43427 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 11.33 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.999 / CC1/2 anomalous: -0.198 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.0284 / Rrim(I) all: 0.0955 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.749 / Net I/σ(I): 12.86 / Num. measured all: 492180 / % possible anomalous: 94.6 / % possible ellipsoidal: 94.5 / % possible ellipsoidal anomalous: 94.6 / % possible spherical: 75.1 / % possible spherical anomalous: 73.8 / Redundancy anomalous: 6.18
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
5.227-19.5969.870.060531.812142521425217021700.999-0.0910.020.06390.69799.199.699.199.699.16.0399.6
4.116-5.22710.830.062233.122353323533217221720.998-0.2990.01950.06530.65910099.810099.81006.2199.8
3.579-4.11611.440.067431.932484724847217221720.998-0.3050.02070.07060.6761001001001001006.41100
3.24-3.57911.260.074926.912443924439217021700.992-0.2140.02340.07870.6871001001001001006.23100
2.998-3.2410.460.088321.142271822718217121710.997-0.1680.02850.0930.71399.599.599.599.599.55.7499.5
2.816-2.99811.50.105117.862497524975217221720.998-0.0870.03280.11020.7231001001001001006.27100
2.671-2.81611.750.126815.582551625516217221720.997-0.10.03860.13270.7311001001001001006.41100
2.552-2.67111.960.158712.432594625946217021700.996-0.1480.04790.1660.7321001001001001006.49100
2.45-2.55212.180.186511.162646626466217321730.994-0.0690.05550.19480.7591001001001001006.57100
2.363-2.4512.320.22189.612675526755217121710.993-0.1220.06570.23160.7251001001001001006.64100
2.288-2.36312.30.26758.32672726727217321730.992-0.040.07880.27910.7741001001001001006.63100
2.221-2.28810.520.29376.822282222822217021700.986-0.0270.09390.30890.77299.910099.910099.95.62100
2.16-2.22111.280.3516.162449224492217121710.988-0.0480.10860.36780.7661001001001001006.04100
2.106-2.1611.730.45555.142545925459217021700.979-0.0520.13770.47630.7710099.910099.91006.2399.9
2.057-2.10611.870.54954.472577525775217221720.974-0.0330.16460.5740.7911001001001001006.35100
2.012-2.05712.010.66163.852607526075217221720.96-0.0060.19660.69070.78598.598.498.598.498.56.3998.4
1.967-2.01212.050.86333.152617026170217121710.9390.0160.25530.90090.80792.992.492.992.492.96.492.4
1.91-1.96711.840.86363.152571925719217221720.932-0.0080.25740.90190.80172.672.872.665.965.26.3372.8
1.835-1.9111.130.90092.862416624166217221720.918-0.0710.27650.94350.77779.279.279.243426.0179.2
1.691-1.8358.361.18941.811815518155217121710.695-0.0580.4221.26630.79973.270.473.217.6174.5470.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSBUILT=20220820データ削減
XSCALEデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUCCANEER1.6.5モデル構築
Coot0.9.3モデル構築
BUSTER2.10.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.691→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 2174 -RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1898 43427 75.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3796 Å20 Å20 Å2
2--0.3796 Å20 Å2
3----0.7592 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.691→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3582 0 109 269 3960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093805HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.915182HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1258SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes696HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3805HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion475SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3383SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.3
LS精密化 シェル解像度: 1.691→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 42 -
Rwork0.274 --
obs--11.35 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0356-0.2933-0.33130.71930.33981.85370.01250.05840.23750.05840.04910.09380.23750.0938-0.06160.00710.0295-0.0045-0.01960.0074-0.0289-32.8658-45.868512.3822
20.70760.3296-0.34562.1749-0.78252.98810.06760.1641-0.60760.1641-0.0167-0.1467-0.6076-0.1467-0.05090.09420.05010.0178-0.1114-0.0233-0.0401-39.3228-15.78143.2935
31.35710.0205-0.52721.2499-1.14183.6231-0.02740.0749-0.02980.07490.1992-0.4559-0.0298-0.4559-0.1719-0.10390.00940.00820.08940.0576-0.0727-59.1084-47.290131.3708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A201
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 142
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B201
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C36 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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